普世性宗教佛教的傳入，對列島社會構成了一大衝擊。首先在朝廷內部，以蘇我氏等代表渡來系利益的高官為一方，以中臣鐮子和物部氏等代表土著者利益的高官為另一方，圍繞是否接收佛像佛經，展開了一場激烈爭論。據《日本書紀》記載，飲明天皇而對佛像經卷，詢問諸臣如何因應，蘇我氏的第一人蘇我稻目當即回稟，稱：「西藩諸國（按：指西鄰朝鮮諸國）舉國禮拜，倭國不應單獨拒絕。」
物部尾興和中臣鐮子則主張：「吾王若使鄰國之神（有些書裡寫作藩神）獲得禮拜，必惹怒國神。」結果，欽明天皇恩準「崇佛論者」蘇我稻目作為個人接受佛教信仰、收納佛像。這場論爭，揭開了日本歷史上幾度浮沉的崇佛廢佛論爭」的序幕。蘇我稻目從欽明天皇手中接過佛像後，將其供奉於小墾田的邸宅日日崇拜之後更將其在向原的邸宅用作佛寺。孰料此後不久，當地疫病流行，死者甚眾。
物部尾興等稱，此番災禍皆因崇拜蕃神惹怒國神所致，於是徵得天皇恩準將佛像投棄於難波的堀江，並將伽藍付之一炬。這，就是日本最初的「廢佛毀釋」事件。據《元興寺緣起》記載，此事件發生於蘇我稻目死後的飲明三十年（569年）。事發之後，佛教在日本的流傳受阻，直至敏達十三年（公元584年），鹿深臣（甲賀臣）從百濟獲得一尊彌勒佛石佛後，蘇我稻目之後蘇我馬子才以此為契機使佛教再興。
據《日本書紀》記載，當時蘇我馬子拜高句麗僧惠便為師，在邸宅的東面建起佛殿並將彌勒佛石像供奉其中並舉行法事。令人意想不到的是，此時佛殿驚現舍利，顯示了匪夷所思的靈異。《日本書紀》對此特記，日佛法之啟蒙自此開始。翌年，即公元585年，蘇我馬子又在大野丘（今奈良縣明日香村）的北面建起佛塔，舉行了大規模法事，並將舍利置於塔頂。
此後，蘇我馬子在各地建造佛堂佛塔，經常舉行大型法事，使崇佛在列島不像其先人那樣僅是一種個人行為。然而，佛教在日本註定命運多蹇，剛如枯木逢春又再次遭難。在一次法事後，蘇我馬子因有恙在身，遂向彌勒佛石像求拜，祈延年益壽。然此時，國內再度疫病流行，死者甚眾。物部尾興和中臣鐮子之後物部守屋和中臣勝海向敏達天皇奏訴，稱疫病流行，禍起佛教信仰。敏達天皇準奏，敕令禁教。
於是，物部守屋親往佛寺，推倒佛塔，燒毀佛殿，將佛像投入難波堀江。佛教僧尼也因此遭到彈壓。上述事件，在《日本書紀》和《元興寺緣起》中均有記述，經專家考證，可為信史。