懶人神器教你如何細胞計數,告別血平板和計數器

2021-01-13 小張聊科研

上一回，我們講了如何用ImageJ計算細胞劃痕面積，有很多同學後臺留言，問各種應用，例如細胞計數，免疫組化結果統計，transwell ，流式細胞周期統計以及凋亡相關實驗應用等，本仙將為大家一一解鎖。

數細胞就像數星星


今天我們就來細緻的學習一下：ImageJ之細胞自動計數

為什麼要講這個細胞計數呢？因為不想如下這樣啊，眼都花了！！！

看著上面漂亮的細胞螢光圖，有沒有心動，這些圖我們該如何計算細胞呢？

Image J細胞計數，簡直就是懶人神器，簡單5步走，細胞計數就是這樣簡單，告別肉眼苦計，告別計數器，科學又快速。

 

以下圖為例：

 

1、導入圖片：File→open：打開要測量的劃痕圖

2、轉換圖片格式：Image→Type→8-bit (調成灰度圖片，此步驟非常重要，必須轉換)

3、調節圖像閾值，選擇定計數對象：Image→Adjust→Threshold

a勾選框1中的黑色背景（如果待計數圖像為白色背景則不需要勾選），計數圖像變為下圖：

 

b 將框2中參數選為紅色，即：Default→Red

c 適當調節框3中的滾動條，細胞顯示紅色即為選中的計數對象

PS：一般默認即可，如果有幹擾可在默認值的基礎上左右微調,餘下步驟還會對計數對象進行篩選

d 點擊框4應用：Apply, 圖像變為下圖：

 

4、分開黏連細胞：Process→Binary→Watershed


PS：此處圖示不如在電腦上明顯，加上此步驟後會提高計數準確度        

 

5、結果分析：Analyze→Analyze Particles


 

框1中的參數與待計數的細胞大小有關，可自己摸索設置，本例10X物鏡拍攝，設置成150-Infinity時，邊緣未過半的細胞將不被計數；

將框2中Display Results、Summarize以及Add to Manager打鉤

將框3中Show值參數改為Outlines

最後點擊OK

 

6、結果出來啦:

左上圖藍黑色圓點即為計數的細胞，右上為計數細胞示意圖，上圖紅色框內的數值即為我們測得的細胞總數。

 

PS：在第5步中，如果框1參數設置過小，某些非細胞物質以及圖片邊緣只漏出丁點痕跡的細胞也會被計數；相反如果參數設置過大，很多細胞將會被漏數。

此時可採取：

a 關掉結果示意圖及上述「Results」以及「Summary」，如下圖所示：


b 清除計數結果：Analyze →Clear Results

c 點擊計數圖片，計數圖片將自動恢復至第4步，即白底黑點圖：

d 再回到第5步重新設置其框1中的數值，重新計數。

 

本文分享完了，你學會了嗎？

 

軟體下載地址：

連結：http://pan.baidu.com/s/1o83LiEQ 密碼：2ojb

 

Image J的其他懶人功能等待本仙一個一個解鎖吧！

 

相關閱讀：


參考文獻:

Circular Non-Coding RNA HIPK3 Mediates Retinal Vascular Dysfunction in Diabetes Mellitus[J]. Circulation, 2017:CIRCULATIONAHA

Perfluorocarbon nanoparticles enhance reactive oxygen levels and tumour growth inhibition in photodynamic therapy. Nature Communications, 2015

 

 

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