先說答案：科學的方法證明不了上帝不存在，因為科學和上帝的存在本來就是對立的，對立的雙方用自己的方法證明對方的錯誤是不會令人信服的。按照矛盾律，對立的雙方只能鬥爭和妥協統一，這也解釋了為什麼許多著名科學家甚至偉大科學家還信奉上帝的原因。
牛頓的科學觀中存在上帝
牛頓比如說牛頓研究了一輩子的科學，出了那麼多科學成果，但是他在晚年篤信上帝，甚至在解釋物體（天體）最初的運動從何而來，即「第一推動力」的科學問題上，他堅信最初是上帝先推了一下，這就是著名「上帝是第一推動力」說法的由來。
因為牛頓力學理解的小質量天體如果不做圓周運動，則總是落向大質量天體，這樣大到宇宙到最後也必須由上帝來託著，並且像機械鐘錶一樣，上帝要定時給宇宙上上弦，撥動一下，否則宇宙會最終停下來，所有物質聚於一點。這說明物體一開始的運動肯定是上帝推動的。所以最終牛頓信了神學，因為他研究到最後覺著確實離不開上帝。
實際上不只是這個問題，每當他研究的科學問題走入死胡同時，他都歸入上帝或幽靈。在解釋萬有引力是如何傳遞的問題時，他簡單粗暴地歸咎於超距作用，因為無論多麼遙遠天體之間的引力都是不需要時間的觀念與直觀相符合（無論各運動天體之間，還是地球上物體在運動變化中感受到的「重力」作用都是持續的，絲毫感不到作用時間）。但這個「超距作用」在物理上和作用機理上是很難解釋的，所以才被愛因斯坦稱為「幽靈」。
「幽靈」當然也屬於上帝之流的東西，可見偉大如牛頓也照樣陷入科學與上帝、真理與迷信之間的迷茫。那愛因斯坦又如何呢？
愛因斯坦的宇宙觀
愛因斯坦確實在「第一推動力」和「引力的本質和傳遞」等問題上比牛頓研究的更深入了。他顛覆了牛頓的絕對時空觀，建立了相對時空觀。他在創立了狹義和廣義相對論後提出了「有限無界」的靜態宇宙模型，無界即無外，宇宙自給自足自洽，沒有給上帝留下位置。時間上沒有開端和結束，因此更不需要上帝來推第一下。總之，上帝是不存在的。
關於引力的問題，他認為引力只不過是時空彎曲的幾何效應。小天體圍繞大天體作圓周運動，看起來很像是因為受到了大物體的引力作用。而實際上這是小的天體在沿著大天體周圍的空間作「測地線」運動，「引力」可以說是不存在的。
引力既然不存在，當然就不會存在小天體在大天體引力作用下最終落向大天體的問題，除非它選擇的就是奔向大天體的路徑。也不需要上帝來經常拔動，並且運動是物質的存在形式，是與物質同生的，因此也不需要上帝來推動第一下。
另外，「引力」雖然被認為是一種效應（即引力場），但這是大質量天體引起周圍時空彎曲產生的幾何效應，因此無論是天體使時空彎曲、還是天體自身的變化（比如星體併合或加速運動）產生的引力波動，都會有個向外傳遞的過程，
愛因斯坦認為這個傳遞不是超距的，是需要時間的，它是有速度的，它的速度是光速。關於引力波的傳播速度是光速的預言已經在2016年黑洞併合和2017年的雙中子星併合觀測中得到證實。至於引力場以光速傳播的第一個觀測證據是我國科學家於2012年發現的。
愛因斯坦的局限
由上可知，愛因斯坦確實在引力本質和傳遞問題上做了非常有益的探索。第一推動力和引力傳遞的問題似乎得到了解決。愛因斯坦用科學的方法似乎證明了上帝是不存在的。那麼在愛因斯坦心中就沒有什麼困惑和擔憂嗎？
他覺得自己是完全能悟透這個宇宙、主宰這個宇宙的人嗎？答案當然是「不」。愛因斯坦還有很多問題沒有解決，或者說沒有徹底解決。比如說，為什麼大質量天體會彎曲時空？又是如何彎曲時空的？
宇宙是膨脹的，因此就不能說宇宙體積是靜態不變且「有限」的；現在主流觀點認為宇宙（包括時間和空間）是大爆炸產生的，因此就不能說時間沒有開端；有的人對「無界」也有不同看法，
比如多重宇宙、平行宇宙、蟲洞相連黑洞和白洞的正反宇宙等概念的產生，還有，在超過我們四維時空的高維空間生物看我們的宇宙根本就不是「無界」，所有這一切都給了上帝存在的機會和位置，
因為我們對這些到目前為止還不清楚，我們實在不能用科學的方法證明上帝存在或者不存在，科學還需要完善發展。
小結
總之，上帝存在與否的問題會和科學長期並存下去，沒有任何科學的方法能證明上帝是不存在的。當然，反過來，宗教信仰也永遠戰勝不了科學。也沒有任何方法能證明科學的失敗和對它存在性的質疑。我相信，一般人心目中的那種上帝是不存在的，科學雖然不能證明，但隨著科學的極度發展，科學上會創造出一個個超越上帝的神話。