TISCH || 腫瘤免疫單細胞中心

2021-03-02 單細胞天地

作者 |  周運來

男，

一個長大了才會遇到的帥哥，

穩健，瀟灑，大方，靠譜。

一段生信緣，一棵技能樹，

一枚大型測序工廠的螺絲釘，

一個隨機森林中提燈覓食的津門旅客。

腫瘤免疫單細胞中心(TISCH)是一個專注於腫瘤微環境(TME)的scRNA-seq資料庫。TISCH在單細胞水平提供了詳細的細胞類型注釋，使不同癌症類型的TME得以探索。

http://tisch.comp-genomics.org/home/

資料庫主要有:

Home(http://tisch.comp-genomics.org/home)Dataset(http://tisch.comp-genomics.org/gallery)Gene(http://tisch.comp-genomics.org/search-gene)Documentation(http://tisch.comp-genomics.org/documentation)Statistics(http://tisch.comp-genomics.org/statistics)

在Dataset 中我們可以搜索感興趣的數據集：

在 gene 中我們可以檢索：

並給出熱圖和小提琴圖：

在Documentation中，有設計的思路。

和細胞類型的層級：

所以研究腫瘤的老師可以參考啦。

如果你對單細胞轉錄組研究感興趣，但又不知道如何入門，也許你可以關注一下下面的課程


看完記得順手點個「在看」哦！

生物 | 單細胞 | 轉錄組丨資料

誰在溫暖世界

相關焦點

  • 突破 | 中國學者建立大規模腫瘤免疫單細胞資料庫
    傳統的測序技術只能在群體水平進行測序，單細胞轉錄組測序技術的出現，極大地提高了腫瘤微環境圖譜的解析度，使得研究人員可以在單細胞層面探究腫瘤微環境中的細胞組成以及基因表達調控的異質性。近幾年腫瘤病人組織的單細胞轉錄組數據迅速累積，但目前還沒有一個綜合的資料庫將這些已有的數據資源整合起來。
  • 單細胞測序——「刻畫」肝癌免疫微環境的動態特徵
    HBV的慢性感染是中國肝細胞癌發生的主要原因，其感染導致腫瘤微環境常伴隨慢性炎症。免疫逃逸被認為是癌症發展的標誌之一，目前研究表明，腫瘤存在多種免疫逃逸機制，提出了研究腫瘤微環境中不同免疫細胞狀態的重要性【2】。而單細胞測序技術則是研究不同類型免疫細胞的狀態和動態的有力手段。
  • 北京大學張澤民課題組發表關於單細胞測序刻畫肝癌免疫微環境動態...
    北京大學生命科學學院、北京未來基因診斷高精尖創新中心（ICG）、生物醫學前沿創新中心（BIOPIC）張澤民課題組、首都醫科大學附屬北京世紀壇醫院彭吉潤課題組以及德國藥企勃林格殷格翰（Boehringer Ingelheim）公司腫瘤免疫與免疫調節部門多位科學家，在國際期刊Cell上發表了題為Landscape
  • [Nature] 開啟單細胞組織病理學新篇章,Hyperion助力臨床腫瘤分類...
    在臨床上，對腫瘤的分類是癌症診斷、判斷預後以及治療方案選擇的重要依據。目前這種分類主要是依據腫瘤組織學特徵以及少量Marker的表型進行的。近年來，隨著單細胞分析技術的發展，腫瘤患者個體間以及個體內普遍存的異質性被不斷被揭示出來，這些複雜的單細胞表型及空間信息並未反映在組織學分類中。
  • 宸安生物CEO:臨床成功率提升三倍,質譜流式技術撬開百億腫瘤免疫...
    腫瘤免疫三大挑戰藏機遇，質譜流式診斷技術受青睞 宸安生物創立於2016年，其實單細胞技術的概念在在2007年就已經出現了，但之所以選擇在這個時候創立宸安生物，是因為我們看到了幾個重要的產業趨勢，促使我們做出了這個決定。
  • 食管鱗狀細胞癌腫瘤微環境的免疫抑制圖景
    癌症免疫治療已經徹底改變了癌症治療的方式，免疫治療很大程度上依賴於對腫瘤微環境(TME)免疫景觀的全面理解。單細胞轉錄組分析提供了一種方式，全方面研究這些腫瘤微環境（TME）中的免疫細胞。癌症免疫治療已經徹底改變了癌症治療的方式，免疫治療很大程度上依賴於對腫瘤微環境(TME)免疫景觀的全面理解。單細胞轉錄組分析提供了一種方式，用於全方面研究這些腫瘤微環境（TME）中的免疫細胞。  本研究納入7例病理診斷為ESCC的患者進行單細胞RNA-seq分析，手術切除後立即獲得配對的、新鮮切除的ESCC腫瘤和鄰近食管組織。鄰近組織離腫瘤組織至少5cm。
  • .| 「宸安生物」獲825萬美元A輪融資,發力腫瘤單細胞質譜流式診斷
    據悉，質譜流式技術可以在單細胞水平進行高通量蛋白質組和轉錄組分析，能評估腫瘤、免疫系統和治療體系的相互作用，從而為新療法的開發和臨床使用提供更多參考。要知道，人類的免疫細胞、腫瘤細胞等均具有異質性，通常不能用單一的標誌物來區分它們，需要多個標誌物同時使用才能將細胞更精細的分群和研究。
  • 單細胞質譜流式技術解析生物材料體內免疫應答
    該研究運用單細胞質譜流式技術分析了兩種生物材料(聚丙烯補片和絲素補片)在軟組織修復過程中的系統性免疫反應特徵，比較了兩組外周血免疫細胞的比例以及與免疫細胞中激活、遷移相關的功能標誌物表達情況，顯示絲素補片具有更好的生物相容性。　　生物材料已經在臨床被廣泛應用，如腹部疝修復使用的補片，軟骨修復中使用的支架，肌腱重建中使用的人工韌帶等等。
  • 北京新抗元的新抗原:大數據驅動的腫瘤免疫新藥
    但目前為止，絕大部分的腫瘤治療方案都無法真正做到精準治療。 新抗原的理論基礎非常完備——首先，腫瘤細胞都攜帶DNA突變；其次，根據分子生物學最基本定理「中心法則」，DNA的突變會導致蛋白質突變。而人體免疫系統主要功能就是監控突變蛋白，並殺死攜帶突變蛋白的細胞，也就是腫瘤細胞。由於種種原因，腫瘤細胞「聰明」地逃避了免疫系統的監控，從而發生、發展成為惡性疾病。
  • 腫瘤中癌細胞的異質性,或是免疫治療成敗的決定性因素
    而且，他們還發現，在黑色素瘤中，相比於腫瘤突變負荷（TMB）等因素，腫瘤內異質性對免疫治療的效果影響更大。甚至腫瘤內異質性對免疫治療療效的預測，比TMB更好。這項重要的研究成果發表在頂級期刊《細胞》上[1]。
  • 樊嘉院士團隊揭示肝癌原發腫瘤和早期復發腫瘤的免疫微生態系統...
    國際頂級生物學期刊《細胞》（Cell）近日在線發表了復旦大學（中山醫院）肝癌研究所樊嘉院士團隊與深圳華大生命科學研究院合作的最新成果「早期復發肝癌微生態系統的單細胞全景分析」，首次揭示肝癌原發腫瘤和早期復發腫瘤的免疫微生態系統存在顯著差異。
  • 肝癌領域研究取得重大突破 專家：腫瘤治療已經進入免疫治療時代
    RNA測序技術，從單細胞水平上揭示了早期復發性肝癌的免疫特徵和腫瘤免疫逃逸機制。腫瘤細胞與免疫系統博弈的微觀過程更是堪比精妙的諜戰情節。研究團隊推斷，復發性肝癌的腫瘤免疫逃逸機制與原發性肝癌不一樣。單細胞測序技術為微觀解讀細胞的行為與免疫機制提供了全新的工具，使得我們能更好地了解復發腫瘤的免疫特性，從而有可能從腫瘤復發監控和用藥方面更好地應對。
  • 腫瘤免疫治療研究中心首個NK免疫細胞治療項目啟動啦!
    今天，腫瘤免疫治療研究中心的首個項目---NK細胞製劑治療多線治療失敗惡性腫瘤的臨床研究啟動會在我院舉行。中科大生命科學與醫學部肖衛華教授團隊，藥物臨床試驗機構工作人員等參加會議，會議由副院長潘躍銀主持。
  • ...醫學轉化研究論壇 | 腫瘤微環境、異質性與個體化免疫治療大事記!
    腫瘤免疫、腫瘤微環境、腫瘤異質性、腸道微生態、人類及疾病的表型組學、RNA轉錄組學等科研熱點在精準界層出不窮，如何將基礎科研成果應用到機制/靶點發現、個體化用藥、臨床決策中，是行業專家亟需發展的方向。
  • 【綜述】盤點單細胞測序研究——續篇
    2018.11.30 研究人員使用優化的單細胞多組學測序來更好地了解結腸癌腫瘤的異質性 與中國多個機構有聯繫的一組研究人員發現，使用優化的單細胞多組學測序可以更好地揭示結腸癌腫瘤的異質性。
  • 單細胞測序技術「遍地開花」 精準醫療「如虎添翼」!
    單細胞測序技術在腫瘤、發育生物學、神經科學等領域有重要應用，是現今生命科學研究的焦點。單細胞測序技術的應用單細胞測序技術助力腫瘤研究1.Cell：以色列研究團隊使用單細胞轉錄組測序揭示黑色素瘤腫瘤浸潤T細胞的轉錄組異質性和分化途徑。
  • 樊嘉院士團隊獲新突破:首次揭示肝癌原發腫瘤和早期復發腫瘤的免疫...
    早期腫瘤復發是指手術後兩年內出現的復發，佔肝癌術後復發的三分之二以上，預後差。探索肝癌術後復發和轉移的相關機制，有助於發現更有效的肝癌治療新策略。2020年12月23日，國際頂級生物學期刊《Cell》在線發表了復旦大學（中山醫院）肝癌研究所樊嘉院士團隊與深圳華大生命科學研究院合作的最新成果「早期復發肝癌微生態系統的單細胞全景分析」。
  • 單細胞測序技術「遍地開花」,精準醫療「如虎添翼」!
    單細胞測序技術在腫瘤、發育生物學、神經科學等領域有重要應用，是現今生命科學研究的焦點。1.Cell：以色列研究團隊使用單細胞轉錄組測序揭示黑色素瘤腫瘤浸潤T細胞的轉錄組異質性和分化途徑。以色列Ido Amit實驗室李漢傑博士等發現，癌症中免疫細胞的異質性對免疫治療的效果有重要影響，功能失調的CD8 T細胞在腫瘤微環境中處於動態分化和高度活躍的狀態，而且很可能驅動著腫瘤特異性免疫應答。該團隊通過對25名黑色素瘤患者腫瘤中免疫細胞，進行單細胞轉錄組測序和單細胞TCR測序分析，繪製黑色素瘤詳盡的免疫細胞圖譜。
  • Cell:科學家利用新方法鑑定腫瘤免疫治療新靶點
    ，利用TCR測序和質譜流式（CyTOF）等技術對細胞特定轉錄本和表面30多個蛋白Marker進行檢測分析，繪製了早期肺腺癌腫瘤微環境中免疫細胞的詳細圖譜。根據測序比對和質譜流式的分析結果，發現早期的腫瘤就已經開始在改變其微環境中的免疫細胞組成和表型了，尤其是T細胞、天然殺傷細胞和腫瘤浸潤髓系細胞（TIM）。
  • 隱秘的角落:腫瘤免疫治療光環下的副作用
    長按圖片掃描二維碼閱讀論文近些年，腫瘤免疫治療的發展如火如荼，被人們寄予厚望。尤其是在美國科學家詹姆斯艾利森和日本科學家本庶佑獲得2018年諾貝爾生理學或醫學獎之後，多個免疫治療藥物獲批更是引發了巨大的轟動。然而，評價一種療法除了看療效，還要看副作用。