SisterC可檢測姐妹染色體相互作用

2020-12-05 科學網

SisterC可檢測姐妹染色體相互作用

作者：

小柯機器人

發布時間：2020/9/24 14:55:52

美國麻薩諸塞大學醫學院Job Dekker研究組取得最新進展。他們發現使用SisterC可檢測姐妹染色單體之間以及沿染色單體的染色質相互作用。這一研究成果發表在2020年9月23日的《自然-方法學》上。

他們描述了SisterC，這是一種染色體構象捕獲檢測法，可區分相同姐妹染色單體之間以及沿著同一姐妹染色單體之間的相互作用。SisterC在S期使用5-溴2'-脫氧尿苷（BrdU）摻入以標記新複製的鏈，然後進行Hi-C標記，然後通過Hoechst /紫外線處理破壞含5-溴脫氧尿苷的鏈。在對剩餘的完整鏈進行測序後，這允許根據讀取的鏈將Hi-C產物分為姐妹間和姐妹內相互作用。

他們在有絲分裂的釀酒酵母細胞上進行了SisterC。他們發現著絲粒姐妹染色單體的精確比對。沿臂方向，姐妹染色單體的排列較不精確，姐妹染色體之間，每35kkibase（kb）一個連接。姐妹染色體之間的相互作用發生在黏附蛋白結合位點之間，這些位點之間通常相距5至25 kb。沿著姐妹染色單體，粘著蛋白導致形成高達50 kb的環。SisterC允許研究姐妹染色單體壓縮與其在有絲分裂期間的分離之間的複雜相互作用。

附：英文原文

Title: Detecting chromatin interactions between and along sister chromatids with SisterC

Author: Marlies E. Oomen, Adam K. Hedger, Jonathan K. Watts, Job Dekker

Issue&Volume: 2020-09-23

Abstract: Chromosome segregation requires both compaction and disentanglement of sister chromatids. We describe SisterC, a chromosome conformation capture assay that distinguishes interactions between and along identical sister chromatids. SisterC employs 5-bromo-2′-deoxyuridine (BrdU) incorporation during S-phase to label newly replicated strands, followed by Hi-C and then the destruction of 5-bromodeoxyuridine-containing strands via Hoechst/ultraviolet treatment. After sequencing of the remaining intact strands, this allows assignment of Hi-C products as inter- and intra-sister interactions based on the strands that reads are mapped to. We performed SisterC on mitotic Saccharomyces cerevisiae cells. We find precise alignment of sister chromatids at centromeres. Along arms, sister chromatids are less precisely aligned, with inter-sister connections every ~35kilobase (kb). Inter-sister interactions occur between cohesin binding sites that are often offset by 5 to 25kb. Along sister chromatids, cohesin results in the formation of loops of up to 50kb. SisterC allows study of the complex interplay between sister chromatid compaction and their segregation during mitosis.

DOI: 10.1038/s41592-020-0930-9

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-020-0930-9

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