模式微生物基因組可以免費測序了

2020-09-05 中國生物技術網

自從2018年1月起，在《國際系統與進化微生物學雜誌》(IJSEM）雜誌上發表微生物的新種，都需要提供基因組測序數據了。

依託於中國科學院微生物研究所的世界微生物數據中心（WFCC-MIRCEN World Data Centre for Microorganisms, WDCM）在2017年底啟動了全球微生物模式菌株基因組測序計劃（GCM2.0），目前已經有16個國家的25家微生物資源保藏中心的正式加入。2019年3月5日，WDCM與《國際系統與進化微生物學雜誌》(IJSEM）正式籤訂了合作協議，為廣大分類學家提供了一個針對新物種基因組的免費測序分析平臺。我們能夠提供包括DNA提取、基因組測序、數據分析、數據投遞到國家微生物科學數據中心平臺(www.nmdc.cn)的一站式服務，數據可以直接用於在IJSEM雜誌上發表新種文章。

WDCM與IJSEM雜誌正式合作

數據在IJSEM雜誌發表

01 請將需要測序的潛在新物種菌株郵寄至中國普通微生物菌種保藏中心CGMCC http://www.cgmcc.net/ 保藏。

02 詳細閱讀新種測序服務的說明http://gctype.wdcm.org/sequencingnovel.jsp。

03 請在WDCM GCM 系統(http://gctype.wdcm.org/register.jsp）中註冊、登錄，並在系統中填寫菌株的基本信息（包括原始編號、種屬名、分離源、分離時間、樣品採集地點、採集國家及保藏人姓名、單位等信息。請在「菌株接收編號「一欄填寫：CGMCC），隨後請等待審核確認回覆郵件。WDCM相關事務聯繫人: 何晴，電話：15726637270, 電子郵箱：heq@im.ac.cn

04 WDCM將在收到您的樣本後三個月內將符合IJSEM發表要求的測序結果發送至註冊帳戶郵箱（包括原始序列文件，組裝，G+C含量，OGRI, N50和IJSEM要求的其他注釋結果，以及GCM發布的基因組序列登記號）。

05 將GCM基因組序列號寫在您提交的文章中，當文章投稿後，請通知WDCM團隊，WDCM按照您的要求在國家微生物科學數據中心網站上www.nmdc.cn發布原始數據和注釋數據以供審稿人審閱。

06 如果相關論文未在IJSEM等刊物上發表（包括未向期刊投稿，作者撤回或被編輯拒稿），WDCM會在測序後的第18個月將測序數據在NCBI/EMBL/DDBJ/GCM資料庫中發布。

07 WDCM的模式菌株資料庫gcType （http://gctype.wdcm.org/）還為大家提供了一站式的模式菌株基因組數據檢索、分析、下載和新種鑑定服務。

模式菌基因組資料庫

在線新種鑑定分析流程

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