1928年4月，南京國民政府批准設立中央研究院，任命蔡元培為院長。歷史語言研究所是中央研究院最早成立的幾個研究所之一，傅斯年長期擔任中央研究院歷史語言所（簡稱「史語所」）所長，為史語所贏得了較高的學術聲譽和國際影響。
「把歷史學語言學建設得和生物學地質學等同樣」
1926年冬，30歲的傅斯年從德國學成歸國，應戴季陶、朱家驊、顧孟餘邀請，擔任廣州中山大學文學院院長兼史學系主任，後又兼國文系主任。他創辦了中山大學語言歷史學研究所，主編《中山大學語言歷史學研究所周刊》，延聘顧頡剛、楊振聲、吳梅、丁山、羅常培等擔任文學院和研究所教授和研究員。中山大學語言歷史學研究所可以說是中央研究院歷史語言研究所的雛形。
1928年4月，蔡元培出任中央研究院院長後，邀請傅斯年襄助院務，並委託傅斯年、顧頡剛、楊振聲負責籌辦歷史語言研究所，三人均為蔡元培執掌北京大學時文科高才生。10月，中央研究院歷史語言研究所在中山大學成立後，遷址廣州東山恤孤院后街35號柏園，傅斯年辭去中山大學職務，專任中央研究院歷史語言研究所所長，創辦主編《中央研究院歷史語言研究所集刊》，將史語所分為史料學、文籍考訂、民間文藝、語言學、文字學、考古學、人類民俗學、敦煌學等8個研究小組。
關於辦所緣由和目的，傅斯年在1928年度報告書中稱：「中央研究院設置之意義，本為發達近代科學，非為提倡所謂固有學術。故如以歷史語言之學承固有之遺訓，不欲新其工具，益其觀念，以成與各自然科學同列之事業，即不應於中央研究院中設置歷史語言研究所，使之與天文、地質、物理、化學等同倫。今者決意設置，正以自然科學看待歷史語言之學。」
關於辦所宗旨，集中體現在傅斯年撰寫的《歷史語言研究所工作之旨趣》（以下簡稱《旨趣》）一文中，該文以「所籌備處」名義，發表於1928年10月出版的史語所集刊創刊號上。《旨趣》以近代實證科學的觀點和方法，比較中西歷史學和語言學的發展歷程，提出三條標準：一、凡能直接研究材料，便進步。凡間接研究前人所研究或創造的系統，而不繁豐細密地參照所包含的事實，便退步。二、凡一種學問能擴張它所研究的材料，便進步，不能便退步。三、凡一種學問能擴充它所研究時應用的工具，便進步，不能便退步。
由三條標準得出三條宗旨：第一條是繼承顧炎武、閻若璩遺訓。第二條是擴張研究材料。第三條是擴張研究工具。最後提出學術革新的立場和抱負：「一、把些傳統的或自造的『仁義禮智』和其他主觀，同歷史學和語言學混在一氣的人，絕對不是我們的同志！二、要把歷史學語言學建設得和生物學地質學等同樣，乃是我們的同志！三、我們要科學的東方學之正統在中國！」
傅斯年後來在《史學方法導論》中，從創建現代新史學的立場出發，表達了與《旨趣》基本相同的看法，即由他奠定和領導的「史料學派」的理論基礎：一、史的觀念之進步，在於由主觀的哲學及倫理價值論變為客觀的史料學。二、著史的事業之進步，在於由人文的手段，變為如生物學地質學等一樣的事業。三、史學的對象是史料，不是文詞，不是倫理，不是神學，並且不是社會學。史學的工作是整理史料，不是做藝術的建設，不是做疏通的事業，不是去扶持或推到這個運動或那個主義。其中心思想即是「史學便是史料學」。
史語所考古學領軍人物李濟認為：「他（傅斯年）告訴研究所的同仁一個原則，要大家找新材料。他說，有新材料才有新問題，有了新問題必須找解決問題的辦法；為了解決新問題必須找新材料，新材料又生新問題，如此連環不絕，才有現代科學的發生。他這一原則我想歷史語言研究所的同仁到現在還一直遵守的。」
「上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西」
中央研究院歷史語言研究所1928年10月在廣州成立後，傅斯年便確定了「動手動腳找東西」的研究路徑和發展方向，強調搜集整理新材料和採用實證科學新方法的重要性。
1929年春，史語所遷址北平北海靜心齋後，傅斯年整合研究力量，成立了三個研究組，第一組歷史學，聘陳寅恪任主任；第二組語言學，聘趙元任任主任；第三組考古學，聘李濟任主任。其時，北平故宮散出的內閣大庫檔案已由所裡購得；趙元任制定了大規模調查全國方言計劃；董作賓已主持完成了河南安陽殷墟的首次發掘。傅斯年便將這三大課題確定為三個組的工作重點，整理內閣大庫檔案方面，由陳寅恪、徐中舒負責，抗戰前已初步完成分類整理工作，並擇要刊布《明清史料》甲、乙、丙各編，每編10冊，內容包括政治、軍事、社會、經濟、文化等方方面面，引起明清史專家關注。調查各省方言方面，由趙元任、李方桂負責，抗戰前已完成湖北、湖南、廣西、江西、安徽等省方言調查，抗戰時又完成了雲南、四川等省方言調查，並先後刊布調查報告，受到語言學界重視。安陽殷墟考古發掘方面，由李濟、董作賓、梁思永負責，抗戰前在安陽共進行了15次發掘，獲得龜甲、骨骼、器物等原始資料極為豐富，《安陽發掘報告》《殷墟文字》等陸續刊布，引起學術界轟動。此外，第一組的《明實錄》校勘整理工作，第三組的山東章丘縣龍山鎮城子崖發掘工作，也引起學術界廣泛關注。
1931年九一八事變後，北平日漸危急。1933年4月，史語所暫遷上海曹家渡小萬柳堂。1934年，中央研究院在南京興建辦公場所，史語所再遷南京欽天山北極閣。新增第四組人類學，傅斯年聘吳定良任主任，主要從事少數民族調查和人類體質測量。1937年全面抗戰爆發，南京不保，史語所被迫遷往長沙，再經桂林遷往昆明。
為了營造相對安靜的研究環境，1940年冬，傅斯年將史語所由昆明遷四川南溪縣李莊鎮定居下來，直到抗戰勝利。雖然時局動蕩、條件艱苦，李莊的學術氣氛還是相當濃鬱的，所裡歷年積累的書籍、拓片、標本、古物、儀器等都想方設法運了過去，因此四個組的研究工作都沒有中斷。當時傅斯年還兼任北京大學文科研究所所長，文科研究所不少青年學者亦聚集在李莊，陶孟和領導的中央研究院社會科學研究所和梁思成領導的中國營造學社也入駐李莊。因此，連地圖上都很難找到的李莊，成為大師雲集學人景仰的「人文社會科學研究聖地」。期間，史語所組織了川康古蹟考察團和川康民族考察團，進行考古發掘和民族調查工作，所獲甚豐。又參與組織西北史地考察團和西北科學考察團，還出版了《殷歷譜》《居延漢簡考釋》兩部著作。
抗日戰爭勝利後，傅斯年率史語所於1946年秋遷回南京，1948年冬遷往臺灣，部分研究人員留在大陸。根據史語所1948年度報告，共有研究人員58人，加上職員共84人，在中央研究院13個研究所中人數排第一。20年中，在傅斯年領導下，史語所發展迅速，是中央研究院名副其實的大所和強所，刊行調查報告、資料彙編、古籍考訂、學術專著、文史工具書數十種，編輯出版《中央研究院歷史語言研究所集刊》20多本，還編輯出版《中國考古學報》《人類學集刊》等學術刊物，皆精雕細琢，質量上乘，不少論著成為民國學術史上的精品力作。
「科學的東方學之正統在中國」
傅斯年的摯友羅家倫曾說：「他辦歷史語言研究所時所樹立的標準很高，觀念很近代化。他的主張是要辦成一個有科學性而能在國際間的學術界站得住的研究所，絕對不是一個抱殘守缺的機關……歷史語言研究所的『集刊』和『分刊』，得到國際學術界很高的重視，這研究所的本身也取得了國際學術界很高的地位。這自然是經由許多學者協力造成的，可是孟真領導的力量是不可磨滅的。」
杜維運在《傅孟真與中國新史學》中認為：「自晚清迄今百年間的新史學，其創穫輝煌成績者，不是梁啓超、何炳松所倡導的新史學，而是傅孟真（傅斯年字孟真）先生所實際領導的新史學。找出一個新方向，領導一個學術群體，共同從事史學研究，歷久而不衰，在中國歷史上，甚少前例。有之則自孟真先生領導中央研究院歷史語言研究所始。」
傅斯年和史語所的出色業績，在中央研究院和海內外學術界有目共睹，這一點在第一屆院士選舉中表現得尤為突出。1946年10月，中央研究院召開第二屆評議會第三次年會決定建立院士制度，史語所在人文組院士中佔了相當大份額，專任研究員任院士有傅斯年、陳寅恪、趙元任、李濟、李方桂、梁思永、董作賓，兼任和通信研究員任院士有胡適、陳垣、湯用彤、馮友蘭、顧頡剛、梁思成。人類學家吳定良任生物組院士。
史語所學術地位的奠定，與這些傑出的學術領軍人物自然密不可分，而一大批學術新銳的努力亦功不可沒。這些學術新銳主要通過三種途徑進所，一是由傅斯年「拔尖」錄用，二是由專家推薦，三是通過考試選優，因此起點較高，素質較好。他們初入所，大多是協助各組學術領軍人物完成重大集體項目，經過多年沉潛和積澱，相繼推出自己的代表作品，成為學術界公認的專家，他們中的佼佼者後來在大陸和臺港學術界，也逐漸成長為優秀的學術領軍人物。
多年來，傅斯年對於史語所的籌備創辦、宗旨學風、課題規劃、人才引進、經費籌措、編輯出版、圖書採購、資料保存等諸多事務，都付出了極大的心血，深受全所同仁的敬佩和愛戴。1951年，第二任所長董作賓說：「現在結算一下史語所二十三年的總成績，可以說有贏餘也有外欠。這筆帳看去似乎是許多人的，事實上，是應該全記在孟真先生的名下……他成就了多少青年學者？他刊印了多少各方面的論著？原來預定的計劃都一一付諸實現了，『科學的東方學之正統在中國』，這口氣也爭過來了……有遠大的眼光，有周密的計劃，有淵博的知識，有奇偉的才具，既然『能』，又肯『為』，孟真先生的學問，固然不限於此，但是他的事業卻表現於此。」
（作者系安徽省社會科學院歷史研究所研究員）