似於基於3H-胸腺嘧啶核苷摻入的增殖測量，可以通過使用5-溴2'-脫氧尿苷（BrdU）（胸苷的合成核苷類似物）通過FCM監測細胞分裂。為此，將BrdU摻入新合成的複製細胞DNA中（在細胞周期的S期），並使用對BrdU特異的螢光素單抗檢測摻入比例。Ab與BrdU的結合通常需要通過使細胞暴露於酸或熱來使DNA變性。BrdU的測量通常與活性染料和/或DNA染色一起用於細胞周期分析。
儘管看似是一種簡單的測定方法，但對於基於BrdU的細胞分裂檢測，樣品製備和DNA變性必須謹慎進行，因為處理太少會導致信號低，處理過多會影響DNA和所產生的信號 。樣品需要洗淨（至少三遍），因為任何殘留的酸都會使檢測到的抗體變性。此外，BrdU即使在4°C時也不穩定，因此必須新鮮使用。產生典型染色結果圖如下（人PBMC用表面標記結合BrdU評估不同亞群增殖情況）：
步驟
用BrdU（~10μM）孵育細胞30–60分鐘在4°C、冰冷70％v/v乙醇中懸浮至少30分鐘，固定和沉澱細胞（這樣處理之後，最多可保存7天）。離心去上清，用PBS洗滌一次後，在室溫下與新鮮配製的2M HCl孵育30分鐘（偶爾混合一下）。用PBS洗滌細胞兩次，然後用PBS-吐溫（PBS，含0.1％w/v BSA和0.2％v/v Tween 20，pH 7.4）重懸。將通過滴定實驗確定的適量抗BrdU單抗添加至細胞懸液中，並在室溫下避光孵育20分鐘。（一定要注意避光，BrdU是光不穩定的）。用PBS-吐溫洗滌樣品兩次。如果第5步用的抗BrdU單抗是未結合螢光素的，則洗滌後還需要加入二抗，在室溫下孵育20-30分鐘。用PBS洗滌後，將細胞沉澱與RNAse（50μL，100mg/ml）在室溫或37°C下孵育15分鐘。通過FCM分析，每個樣本至少收集10000個事件。
BrdU的替代品是修飾的核苷——EdU（5-乙炔基-2'-脫氧尿苷），與BrdU分析不同，EdU分析不是基於Ab的，因此不需要DNA變性，僅用溫和的固定和去汙劑的透化作用就即可結合DNA，並且其上面結合的螢光素能夠發出足夠高亮度的螢光。
大家可根據自己的科研條件，選擇不同的方法。