元朝末年，掀起反元狂潮的紅巾軍最早是依靠在中原地區秘密傳教的白蓮教組織，當以韓山童、劉福通為代表的起義軍正式拉響滅元的衝鋒號角後，其起義鬥爭便不可避免地連累到了佛教及其他教派。
因此，在各地鎮壓白蓮教徒的元軍常常採取寧可殺錯，不可放過的策略，把途經的寺廟視為眼中釘，放一把火燒毀。
元至正十二年（1352年），位於安徽鳳陽縣城北的皇覺寺又被路過的元軍燒成了一片焦土，一位年輕的名叫朱元璋的僧人看著寺裡剩下的斷垣殘壁，無可奈何之下，他只好去投靠了紅巾軍領袖郭子興所率領的部隊，從此開始了縱橫天下的生涯。
朱元璋剛出道時，信仰的是神佛，那時在長江以北的紅巾軍以白蓮教徒為主，而白蓮教徒信奉的是彌勒佛，作為紅巾軍一員的朱元璋也未能免俗，在戰時也隨聲附和地向彌勒佛、明王祈求勝利。
後來，朱元璋在軍中脫穎而出，拉起一支隊伍獨擋一面時，已經對白蓮教的那一套學說感到厭倦，很快便改轅易轍，不再向彌勒佛祈禱，至於被譽為「明王出世」的小明王韓林兒，在朱元璋眼裡只不過是一個相隔千山萬水的毛頭小子，不會給自己帶來什麼好運氣。
因此，朱元璋在渡江南下之後就果斷地拋棄白蓮教那一套理論，轉而推崇儒教，並在部隊中廣泛宣傳儒家學說，據《明實錄》記載，朱元璋多次指示軍中將士應該親近儒者，多聽儒家的道理。
朱元璋很像歷史上其他王朝創建者一樣，特別希望能得到聖賢的輔佐，他每到一處就招攬當地名士以謀大業。
至正十七年（1357年），朱元璋率領大軍出徵浙東，途經徽州時親自到石門向精通《易經》的儒士朱升請教逐鹿天下的計策。
至正二十年（1360年），朱元璋攻下金華，按照慣例招攬儒士輔政，禮聘儒士劉伯溫出山。劉伯溫來到軍營，有針對性地提出十八條有關時局的對策，稱為「時務十八策」，朱元璋得之後大喜，特意修築了一座禮賢館來安置劉伯溫等儒士，當作聖賢式的人物而推崇備至。
除了儒士外，朱元璋還在軍中招攬了佛、道教的奇人異士，比較有名的是鐵冠道人和周顛仙人。朱元璋在稱帝後，還專門寫了一篇《御製周顛仙人傳》，來懷念當年這位仙人對自己帝業的幫助。有興趣的讀者可閱讀筆者早些日子前發布的這篇文章：朱元璋軍中的奇人異士，除劉伯溫外，還有一位道人，一位仙人
因此，朱元璋在建立大明王朝後，充分利用那些對政權有利的宗教，佛、道二教自然未能置之事外。比如佛教，他設置了僧錄司這個機構管理國中有關佛教與僧倡的事務。對於道教，他任命龍虎山第四十二代天師張正常管理全國道教，以為已用。
但是，在儒、道、佛三教之中，朱元璋最重視的還是儒教，他極力提倡以儒教治國。這個早年做過僧人的皇帝親自撰寫的《釋道論》，對儒、佛、道三教的關係發表過自己的看法，他在文中分別對儒教之祖孔子，佛教之祖釋迦牟尼、道教之祖老子作過評論，大意如下：
「儒、佛、道三教，只有儒教是國家不可或缺的。孔夫子生於東周，修改、訂立綱常等倫理道德，並制禮作樂，作為政治和生活的準則，對國家造福無窮，所以後人立廟祭祀孔夫子。不過，只有儒官到孔廟祭祀，普通老百姓對此不太關心。」
「佛祖釋迦牟尼與老子的玄幻傳說流傳萬世，老百姓焚香拜祭，無所不至。而佛道二教的神靈最初顯現化身時，對蒼生是有求必應，於是感動了無數的平民，即使是那些處於偏僻之地的百姓，不懂國家的法律，也知曉佛道二教倡議的生死之罪，以至於做善事的人多而作惡的人少。所以佛道二教對國家的治理是有益無損的。」
「遺憾的是，後來佛道二教的教徒，精研本教教義的人少了，倒是有越來越多的人娶妻生子，放縱本身的欲望而不加節制，這些人居於塵世，所造的罪孽有過於平民，又反過來連累了自己所在的宗教，他們號稱出世修行，而道行反而比不上俗家弟子。」
朱元璋這番話的意思是說，儒教對國家的作用最大，不過真正信仰儒教的只有官僚士大夫階層，可謂曲高和寡。
佛、道兩教的玄幻神話既能滿足大眾的好奇心，而善惡報應等理論又容易被平民所接受，就此而言，佛、道兩教在百姓之中的影響又勝於儒教。因為佛、道兩教能夠導民向善，所以同樣可以輔助儒教治理國家。不過為了防止出現不法之徒利用宗教作好犯科，要對其嚴加管理。
因此，我們就不難理解，朱元璋在那些紅巾軍出身的部屬之前以「明王出世」的宗教領袖自居，因為那些人沒多少文化，只好向他們灌輸這些玄幻的神話便能控制他們的思想。
而當面對像劉伯溫這類的儒士時，朱元璋便嚴格按照儒教的綱常理論來行事，努力將自己打扮成為「聖王」 ，從而成為官僚儒士階層的領袖。
有意思的是，朱元璋不但在人間一言九鼎、日理萬機，還喜歡插手神仙厲鬼的事務。他稱帝之初，便組織人手對祭祀制度都做出了統一的安排，原則上規定天下神，只有有功於民，才允許祭祀，無功於民的，一律視為淫祠，禁止祭祀。
後來，朱元璋又認為國家給神仙封官晉爵的行為不太妥當，便下令全部革去，只以神仙的本名稱呼，唯一的例外是以孔子為萬世師，仍保留封之號，這反映了儒教獨尊的地位。
洪武二年（1369年），朱元璋在當皇帝的第二年，就在南京的雞籠山建造了一座「功臣廟」以表彰開國有功的將士，廟中群英薈萃，最引人注目的便是專門設立的二十一名高級將領的牌位，即徐達、常遇春、李文忠、燈愈、湯和等人，這些人有的已死去，比如像常遇春，而大多數人還活在世上，朱元璋規定「死者塑像，生者虛其位」，不論生與死，一律供奉。
朱元璋做的「功臣廟」，完全是按照儒教的祭禮行事，並排斥佛、道等異教的方外人士，無論鐵冠道人、周顛仙人等人有多大的本領，立過多大的功勞，都未出現在被供奉的行列裡，這也反映出了朱元璋獨尊儒教的態度。
本文參考自：《明史》、《大明戰神譜》