若澤·博韋(Jose Bove)先生，法國一位五十多歲的普通農民，必然將伴隨今天這場關於轉基因作物的宣傳戰而進入歷史。1998年和1999年，為了反轉基因作物和反全球化的事業，沒受任何人的派遣，他在自家門口開著拖拉機搗毀了兩片土地上的轉基因作物；1999年春天，他帶領一大夥人砸了一家麥當勞餐廳。後來他成了領袖人物，成為反轉基因作物和反全球化的符號。
地球的另一端，方舟子，一位三十多歲的留美生物學博士後，在博韋先生的反轉基因作物宣傳事業開始傳入中國之時，他在自己的「新語絲」網站，開闢了一塊為基因作物辯護的宣傳陣地。並不斷將之移植到傳統媒體，與日漸聲勢浩大的反基因作物宣傳對抗。儘管在中國支持轉基因作物推廣的隊伍中，有學術成就和學術成就遠高於方的人，譬如袁隆平先生，但在今天這場宣傳戰中，方成了一種符號和代表人物。
今天，中國這場關於轉基因作物的宣傳戰也許還只處於熱身階段，我們將綠色組織的代表性觀點和方舟子等人的觀點一一對應列舉出來，讓讀者自己辨識，畢竟，轉基因生物，有害還是有利，受影響的是我們每一個人。
轉基因食品是否有害於人體健康
綠色和平：轉基因食品不是更好吃、更有營養或更便宜，但卻更有健康風險，你為什麼要冒這個不必要的風險？直到現在為止，轉基因食品在推出市場前都沒有經過長遠的評估，人類長期食用是否安全仍然存疑，科學界對這些食品是否安全也沒有共識。
世界糧農組織、世界衛生組織及經濟合作組織這些國際權威機構都表示，人工移植外來基因可能令生物產生「非預期後果」。即是說我們到現在為止還沒有足夠的科學手段去評估轉基因生活及食品的風險。
方舟子：「天然」食品同樣不可能排除有害的可能性：海鮮可能導致過敏，膽固醇可能引起心臟病。目前並無任何證據表明轉基因食品會比同類非轉基因食品更有害健康，相對而言，轉基因技術則能讓食品更安全。
在技術上手段要求上，轉基因食品的安全體現為，儘可能採用基因剔除技術、改變已有基因的表達、轉入其他可食用作物的基因、讓轉入的基因只在非食用的組織表達、必須證明轉基因所生產的蛋白質是對健康無害的。
從轉基因食品的效果上，抗蟲害轉基因能減少或消除農藥汙染、抗病害轉基因能減少食物中真菌、病菌分泌的毒素的含量、改變食物(例如花生)的成分消除過敏、改變種子油的成分降低飽和脂肪酸的含量、降低重金屬在果實、種子中的沉積。
轉基因作物是否破壞生態環境
綠色和平：轉基因的動植物是人造的生物，而不是自然界原有的品種，它們對地球的生態系統來說，都屬於外來品種。由於轉基因的生物一樣具有反之及近親交配能力，它一旦被釋放到環境中(例如在農田種植)，後患莫測，一旦出錯，也難以補救。
目前已有足夠證據證明，讓轉基因生物在自然環境中生長，會造成無法挽回的影響。這些生物會造成基因汙染，可能對環境造成循環不息、層層遞增的人造災難。任何擁有一種或多種農作物物種多樣化中心的國家都必須立法，禁止引入和栽培轉基因品種。即使是小規模的田間實驗也會有新基因擴散的危機，因此應該完全禁止田間實驗。
一個種植轉基因作物的國家，會不經意或非法把轉基因生物輸入鄰國。例如，墨西哥是玉米的物種多樣化中心。與墨西哥一線之隔的美國栽種了各種轉基因玉米。結果有大量轉基因玉米以進口、走私或花粉傳播等形式進入墨西哥，汙染了玉米的故鄉。
方舟子：如果按照生物的自然演化才算自然界原有品種的標準看，今天所有的家畜和農作物都是人工培育之物，都是非自然界原有的品種。轉基因技術與傳統育種技術(例如雜交)相比，有其獨特性，比如，它可以打破物種的界限，將動物、微生物基因轉入植物中。但是，從總體上來說，轉基因技術仍是傳統的育種方法的延伸，它所面臨的健康、環保問題，傳統作物同樣也有。我們甚至可以說，轉基因技術在某些方面要比傳統的育種方法更安全可靠，因為當我們用傳統的育種方法將兩種親本進行雜交時，對它們的基因大多數都茫然無知，無法預知其可能的後果；而在轉基因時，轉入的卻是有了透徹了解的特定基因。人們既然並不擔心傳統育種技術會造成危害，為何卻要對轉基因技術吹毛求疵？
所謂基因滲透或基因汙染的問題。例如，轉基因作物的花粉被風或昆蟲帶到野草的花中，會不會使抗除草劑或抗蟲害基因轉入野草中，使得野草也有抗除草劑或抗蟲害的能力？如果兩個物種之間親緣關係很遠，是不可能雜交的，因此這種可能性極低。但如果兩個物種親緣關係很近，或者有一些共同的特徵(例如染色體數目相同)，則有可能產生基因交流。幾乎所有的農作物都有其野生的親緣物種。
在美國，這個問題不大，因為在美國種植的農作物都無野生種，只有棉花是個例外，在夏威夷和佛羅裡達北部有野棉花，可能與棉花雜交，因此美國環境保護局規定不能向這些地區銷售轉基因棉花種子。其他國家對這個問題應該引起更大的關注。2001年11月，美國加州大學伯克利分校兩名研究者在《自然》雜誌發表一篇論文，宣布在墨西哥的玉米中發現了轉基因玉米的一段「啟動子」序列。由於墨西哥是世界玉米多樣性的中心，這個發現引起了很大的關注。其他專家指出這個發現是實驗技術導致的人為假象。2002年4月《自然》雜誌發表社評認為，回過頭來看這篇論文的結果不能成立。
消費者需不需要知情權
綠色和平：轉基因食品每天都被端上無數中國消費者的飯桌。你知道什麼是轉基因食品嗎？你是否知道轉基因食品的安全性在國際上備受爭議，可能會影響你的家人和孩子的健康？關於轉基因食品，消費者有權利知道，也應該知道。
方舟子：有人聲稱歐美企業對中國實行歧視政策，暗示歐美各國把自己不敢吃的轉基因食品傾銷到中國來。事實上，美國不僅是世界上轉基因食品最大的生產國，也是最大的消費國。目前美國市場上的食品中，大約60% 含有轉基因成分。
美國民間一直有人呼籲對轉基因食品進行強制性標記，也有議員提出有關議案，但未獲通過。要求標記的理由是消費者有權知道自己吃的是什麼，也就是國內現在正在熱炒的「知情權」。但是「知情」是建立在獲得準確的信息基礎上的，而不是在有偏見的輿論誤導下提出的不合理的要求。目前並無任何證據表明轉基因食品會比同類非轉基因食品更有害健康，反而有許多證據表明已上市的轉基因食品對人體無害甚至更有益處，那麼，要求強行標記一種無害的成分，就不是一個合理的要求。尊重消費者的「知情權」，也不等於就必須強制標記某種食物成分，有時，甚至對有害成分的這種"知情權"也未能得到滿足，更何況無害成分。
要強制標記轉基因成分，並不只是簡單地貼個標籤，還要有檢測、分流(與非轉基因食品分開)、管理、監督等方面的投入。加拿大政府資助的一項研究表明，這將會使食品價格上漲10%。將這部分額外費用攤在所有消費者身上，對那些並不在意吃轉基因食品的消費者來說，也是不公平的。
對不願吃轉基因食品的人，他們可以去吃有「有機食品」、「綠色食品」或「不含轉基因成分」標記的食物，有這類標記的食物據稱都不含轉基因成分。他們卻強求所有消費者為他們對轉基因的特殊「知情權」買單，就像那些不願吃施過化肥、農藥的食品的人，不去吃「有機食品」、「綠色食品」，卻要求對所有其他食品強行標記「化肥食品」、「農藥食品」一樣，是不合情理的。