最新型的低成本、便攜設備助力單細胞測序臨床應用已被開發出來

2020-11-27 電子發燒友

最新型的低成本、便攜設備助力單細胞測序臨床應用已被開發出來

發表於 2019-05-20 15:36:58

日前，在一項發表於Nature Communications期刊的最新研究中，來自紐約基因組中心（NYGC）和紐約大學（NYU）的科學家成功開發出一種低成本、可攜式的新型3D列印微流控設備，並成功應用於臨床實踐，進一步推動了單細胞測序技術的廣泛應用。

為了驗證這一便攜設備在臨床環境的實用性，研究人員利用該設備對類風溼關節炎（RA）患者的滑膜組織進行了單細胞測序，真正意義上實現了微流控技術的低成本常規應用。此外，該設備連同其電子和氣動元件，總成本僅為600美元左右。且該設備的佔地面積也很小，大小几乎與紙巾盒相差無幾。

目前，基於液滴微流控技術的單細胞RNA測序已經成為大規模並行細胞分析的強大工具。在臨床領域中，單細胞測序為了解疾病組織的細胞異質性帶來了突破，但成本效益及儀器友好性等問題仍阻礙了其廣泛應用。同類商業微流體儀器成本大多十分昂貴，並非所有實驗室都能配備。「為了解決這個問題，我們開發了一種低成本的3D列印微滴微流控設備，並將其部署在臨床環境中，對5個類風溼關節炎患者的滑膜組織進行了單細胞轉錄組分析，」研究人員在論文中寫道。

紐約技術創新實驗室的高級研發工程師William Stephenson博士領導開發了這一設備，他表示：「我們設計的儀器內含微滴級別的微流控晶片和Drop-seq獨立技術，可滿足大規模並行單細胞RNA測序需求。」此外，設備的便攜性允許臨床人員在手術現場或手術後對患者樣本進行實時處理，最大限度地減少了處理和運輸環節以優化樣本質量。

根據論文，研究人員對20,387個單細胞進行了測序，並在轉錄組水平上揭示13個不同的細胞群。此外，研究人員還確定了以前未識別的成纖維細胞亞群並辨別了其在滑膜內的空間位置，為風溼性關節炎的藥物開發帶來了潛在的靶點。值得關注的是，所有患者組織的單細胞測序工作均在手術切除後大約一個小時進行。

從手術室到測序的工作流程

據介紹，該研究是構建全面RA滑膜組織「細胞圖譜」（cell atlas）的一個重要步驟。下一步，研究人員將搜集更多其他類型風溼性關鍵炎患者的數據，目標是從其他關節炎患者獲取患者樣本，如銀屑病關節炎和骨關節炎。此外，他們還計劃使用CITE-seq（NYGC技術創新實驗室開發的一種新型基因組工具），通過轉錄組以外的細胞表面蛋白更精確地對細胞類型進行分類。

研究人員還表示，該技術將有助於描繪難以在標準實驗室中研究的樣本，例如生物防護設施中的高度傳染性或在實地研究環境中收集的樣本。為了方便技術在科學界的廣泛使用，該技術已經完全「開源」。儀器的相關說明和裝配手冊可以在Metafluidics存儲庫中找到。Stephenson博士最後說道：「我們希望，這一設備能最終解決基礎研究和臨床環境中執行單細胞轉錄組分析實驗的障礙。」

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