哈布斯堡家族是世界歷史上最著名的皇室近親繁殖的案例之一。哈布斯堡家族的歷史，可以追溯到中世紀，其影響一直延續到20世紀初。歐洲史上的一些最著名人物，都與這個家族有關，比如瑪麗·安託瓦內特(Marie Antoinette)、弗朗茨·斐迪南大公(Archduke Franz Ferdinand)都是哈布斯堡家族的成員，而斐迪南大公的死，引發了第一次世界大戰。
哈布斯堡王朝的權力，在16和17世紀達到頂峰。哈布斯堡家族的西班牙和奧地利血統統治著歐洲，他們互相通婚，以保持血統的純正。堂兄弟和表親之前結婚，叔叔和侄女結婚已經習以為常。
哈布斯堡王朝的近親婚姻直接導致身體和精神上的疾病，最終導致皇室的不孕不育。令人困惑和著迷的哈布斯堡王朝，於是就這樣自生自滅了。
這一切都始於十三世紀
哈布斯堡王朝的建立，歸功於魯道夫一世，他於1273年成為德國國王。他是哈布斯堡家族的一員，因而這個家族從11世紀開始就存在了。隨著他被選為國王，他將廣闊的日耳曼土地集中在一個人的領導之下。1276年，當他佔領奧地利時，他控制的領土開始擴大。1281年，他把他在奧地利的財產給了他的兒子阿爾伯特。從那時起，奧地利和哈布斯堡王朝就聯繫在了一起。哈布斯堡王朝將波希米亞和匈牙利加入到他們不斷壯大的帝國中，並通過軍事行動和外交，在幾個世紀中繼續獲得土地和權力。
聯姻是帝國發展的關鍵
1477年，神聖羅馬帝國皇帝腓特烈三世的兒子馬克西米利安一世，迎娶了法國國王查理一世的女兒瑪麗，也因此哈布斯堡家族極大地擴展了他們在歐洲的影響力。這樁婚事的結果是馬克西米利安後來成為神聖羅馬帝國的皇帝，控制了荷蘭、盧森堡和法國的部分地區。在瑪麗死後，他娶了米蘭公爵的女兒比安卡。
瑪麗的去世給馬克西米利安帶來了種種麻煩。他必須通過鬥爭來維持對荷蘭的控制，因為這是他通過與她的婚姻而獲得的。他也努力維持對匈牙利的控制，儘管他最終做到了。然而，到1518年他去世時，他在瑞士失去了領土。
馬克西米利安對哈布斯堡王朝最大的貢獻，可能是確保了他兒子菲利普與卡斯提爾的喬安的婚姻。喬安是西班牙的費迪南德和伊莎貝拉的女兒，帶著大量的金錢、土地和威望來到這裡。哈普斯堡家族滲入的大片土地和皇室之中，直接導致了近親繁殖的文化，並最終毀滅了家族。
奧地利的菲利普和卡斯提爾的喬安，籤訂了西班牙和奧地利的協議
馬克西米利安的兒子菲利普在1496年娶了卡斯提爾的喬安。作為西班牙費迪南和伊莎貝拉的女兒，喬安為哈布斯堡王朝帶來了大量的財產和威望。當喬安在1504年母親去世後，繼承了卡斯提爾，她的父親擔任攝政王。到1506年，菲利普積極爭取控制權，他與費迪南達成協議，將卡斯提爾完全移交給喬安。由於他妻子的精神健康狀況不佳，菲利普獲得了卡斯提爾的完全權威，從而正式將西班牙和奧地利的哈布斯堡家族，聯繫起來。
而關於喬安的精神健康，根據《人文精神病學雜誌》的一篇文章，女王了解到很多人都認為她瘋了，於是寫了一封信「否認她精神錯亂，並說她只是嫉妒，她認為這可能是從她母親那裡遺傳來的。」目前尚不清楚她是患有心理疾病，還是政治的傀儡。不過可以肯定的是，她是表親婚姻的產物，並可能導致了她的某一心理障礙。
歷史學家推測，喬安可能患有抑鬱症或躁鬱症，但也有可能是她的丈夫和父親，為了自己的利益而誇大了這一點。菲利普在宣布，喬安無法勝任卡斯提爾的王位後，只活了幾個月。在她最後的幾個月裡，費迪南重新掌權，並將喬安關進監獄，而這可能導致她的精神健康出現問題。費迪南死於1517年之後，喬安的兒子查爾斯，即後來的神聖羅馬帝國皇帝查理五世，繼承了卡斯蒂利亞和西班牙的其他領地。
表親結婚並不是新鮮事，但當一個國王娶了他的侄女，事情就變得很奇怪
在16世紀早期，哈布斯堡王朝的聯姻開創了一個王朝，這個王朝影響了西歐大部分地區，並進一步開拓了新世界。除了西班牙查理一世成為神聖羅馬帝國的皇帝查理五世之外，他的妹妹伊莎貝拉嫁給了丹麥王室，他的哥哥費迪南娶了波西米亞和匈牙利的安妮，費迪南後來也成為神聖羅馬帝國的皇帝。
考慮到哈布斯堡家族的廣泛影響力，人們對維持權力的效果感到擔憂，而且很難通過婚姻來維持。1548年，查爾斯五世的女兒，西班牙的瑪利亞嫁給了她的堂兄，馬克西米利安(費迪南德和安妮的兒子)，他的兒子菲利普娶了他的外甥女、瑪麗亞和馬西米蘭的女兒、奧地利人安娜為妻。保持血緣聯繫，是王朝權力的理想，儘管這樣的聯姻，開啟了日益緊密的血緣關係。
也就是說，表兄妹之間結婚，並不是什麼新鮮事，也不是什麼醜聞。在12世紀，阿基坦的埃莉諾嫁給了她的四表哥，路易七世娶了他的表妹康斯坦斯，亨利八世娶了幾個親戚，而西班牙的伊莎貝拉和費迪南是表親。
16世紀的婚姻，都是家族婚姻
在16世紀，儘管當時沒有人知道，但哈布斯堡家族內部日益緊密的王朝婚姻關係，從基因的角度來看已經成為了問題。有趣的是，天主教會禁止近親結婚，但教皇可以，而且也經常允許皇室。
由於叔叔和侄女結婚，比如1570年西班牙菲利普二世娶了奧地利的安妮，1571年奧地利查爾斯二世娶了巴伐利亞的瑪麗亞安娜，因而家族的圈子也越來越小。而這兩次婚姻的產物，奧地利的菲利普三世和瑪格麗塔後來又結為了夫妻。
西班牙的查理二世是他的堂兄
哈布斯堡家族結婚次數越多，亂倫的婚姻就越嚴重。西班牙的菲利普三世和奧地利的瑪格麗塔，是一對叔侄夫婦的孩子，他們有兩個孩子，都嫁給了親戚。他們的女兒，西班牙的瑪利亞·安娜，在1631年嫁給了神聖羅馬帝國的費迪南三世，他們的兒子，菲利普四世娶了費迪南德三世妹妹的女兒，奧地利的瑪利亞娜，瑪利亞娜是費迪南三世的侄女。
最著名的哈布斯堡家族，西班牙查理二世就是這樁婚姻的產物。他出生於1661年，他的一位祖母也是他的姑媽，還有另一位也是他的曾祖母。他的曾祖父母都是同一對夫婦——菲利普一世和喬安的後裔。
到查理二世出生時，西班牙和奧地利的哈布斯堡家族的血統，交織在了一起，並造成了一場基因災難。查理二世患有不齒症，因為舌頭很大，他幾乎不能說話，下頜偏齒，牙齒無法碰到，直到他幾乎完全長大，他才能夠行走，但他行走困難，經常摔倒。查理二世是哈布斯堡王朝西班牙的最後一位統治者，在奧地利王朝延續的同時，他標誌著哈布斯堡王朝統治的結束。
神聖羅馬帝國既不神聖也不羅馬——它就是哈布斯堡王朝
從15世紀到19世紀初，奧地利哈布斯堡王朝，一直控制著神聖羅馬帝國的統治地位。即使在1556年西班牙查理五世退位之後，西班牙和奧地利哈普斯堡家族，與這個角色的關係仍然穩固。
哈布斯堡的統治地位，神聖羅馬帝國皇帝的稱號表明了家族的巨大影響力，這是通過異族婚姻來實現的。為了說明哈布斯堡王朝的勢力擴張，神聖羅馬帝國的皇帝查理六世擁有以下頭銜，這些頭銜都是通過幾個世紀的血緣聯姻和繁衍而獲得的：
那不勒斯國王
西西里國王
薩丁尼亞國王
巴塞隆納伯爵
神聖羅馬帝國皇帝
波士尼亞國王
匈牙利國王
奧地利大公
瓜斯塔拉公爵
帕爾馬公爵
皮亞琴查公爵
隨著家庭的衰落，嬰兒死亡和不孕不育
根據2009年發表在多學科期刊《PLOS One》上的一項遺傳學研究：
「西班牙哈布斯堡家族的死亡率和兒童死亡率非常高。從1527年到1661年，菲利普二世和查爾斯二世分別出生，西班牙王室共有34個孩子，其中10個(29.4%)死於1歲之前，17個(50.0%)死於10歲之前。」
作者認為，哈布斯堡家族嬰兒和兒童的高死亡率，是異族通婚和近親繁殖造成的。他們稱之為近親繁殖係數，隨著時間的推移，很少有新鮮血液進入家族，這使得嚴重的健康問題不可避免。
作者也對出生率進行了研究，發現「8個家庭中有51個懷孕案例：5例流產和死產，6例新生兒死亡，14例在1個月到10歲之間死亡，26例在10歲時存活。」
查理二世是哈布斯堡王朝近親繁殖的頂峰，也是它影響家族的延續的頂峰。他的父母，奧地利的菲利普四世和瑪麗安娜，有五個孩子，其中只有兩個活到成年。到1661年查理出生時，他是唯一倖存的孩子。查理二世結過兩次婚，但都沒有生育能力。
哈布斯堡家族的許多人，都失去了理智
隨著時間的推移，哈布斯堡家族的婚姻產生了越來越多的健康問題。關於瘋子喬安和她的精神狀況的猜測，與她的父母是表兄妹有關。這是哈布斯堡王朝早期的通婚故事。最後，隨著查理二世的出現，哈布斯堡家族創造了17世紀中期的「低能兒」。
在此期間，有關於哪些統治者患有精神疾病的猜測，主要集中在神聖羅馬帝國的魯道夫二世。他出生於1552年，是西班牙人喬安的孫子，他的抑鬱症嚴重阻礙了他的政治權威，因而他被迫把權力讓給他的兄弟，只保留了他的頭銜。
身體畸形通過家族遺傳並加重
哈布斯堡家族因其獨特的物理特性而聞名。哈布斯堡的下巴，據說查理二世出生時，他的舌頭太大，經常流口水，而他的下顎太突出，以至於他的牙齒都無法正常咀嚼。哈布斯堡王朝統治者的畸形，包括畸形的鼻子和下垂的眼瞼。
有趣的是，根據一項遺傳學研究，哈布斯堡家族是歷史上少數幾個，表現出這些面部特徵孟德爾遺傳規律的家族之一。即使有現代知識，遺傳學家也不能百分之百確定這是如何發生的。
哈布斯堡的下巴，出現在21世紀的一個西班牙家庭中
哈布斯堡的下巴被現代醫學定義為凸顎，幾個世紀以來，描繪哈布斯堡王朝的藝術和貨幣一直存在。
1988年發表的一項研究表明，西班牙一個家族的三代人，都有同樣的面部畸形，而且每代人的面部畸形都是一致的，就像哈布斯堡家族一樣。研究指出，家族成員「與哈布斯堡家族成員的下巴驚人地相似。」然而，這家人並沒有表現出困擾已故哈布斯堡家族的精神問題的跡象，也找不到哈布斯堡家族血統的痕跡。