騎士團的新人中，一部分在加入騎士團之前便已是久經沙場的老手了，而那些真正欠缺經驗的年輕人將接受至少一年的軍事訓練，所用教學語言為法語而非拉丁語。12世紀廣泛流傳的一種說法表示：培養騎士一定要從娃娃抓起，如果孩子在學校待到12歲，那他只能去做教士而非騎士了。不過騎士也並非都是焚琴煮鶴的粗人，他們並不排斥文化知識。正如阿伯特·菲利普（Abbot Philip）在1168年給佛蘭德斯伯爵腓力的信件上所說：對我們中的多數而言，騎士制度並不排斥文化學習，書本知識也不會妨礙騎士制度。在德語版的《蘭斯洛特傳奇》（蘭斯洛特為十二圓桌騎士之一）中，也曾描繪他的監護人將他送至僧侶處接受讀寫教育。從12歲起，對年輕騎士的教育就開始側重於騎術、紀律、使用長矛盾牌、規避敵人攻擊等方面。12世紀的馬上長矛比武和錦標賽漸漸地不再是一種軍事演習，而變成了貴族騎士熱衷的體育項目。但醫院騎士團的團規對騎士比武並不推崇，只有大團長在場時方可舉行。醫院騎士也被禁止打獵，除非是捕獵獅子（在中東地區，獅子依然經常為禍鄉裡），不過到了13世紀這一項禁令已經相當鬆弛了。十字弓的使用也被嚴格限定，要求只能與軍事訓練或戰鬥有關，而不能用於狩獵。
中世紀騎士最有力的武器當屬騎士長槍，與盾牌搭配使用後（通常左手持盾，右手持槍），其威懾力不容小覷。平持長槍不僅能提高殺傷力和穿甲能力，更重要的是可以將敵人直接刺下馬來，有時候甚至可以連人帶馬一起放倒。但木質的矛柄往往無法經受如此巨大的衝擊力，刺中後便會碎裂，因此騎士通常會令侍從攜帶幾支備用長矛。馬上衝鋒需要良好的紀律性與長期訓練，醫院騎士一般集體受訓，這也有助於增加袍澤之誼。[關於中世紀騎士比武、作戰的規範和細節，可參閱：約阿希姆·布姆克，《宮廷文化：中世紀盛期的文學與社會》，何珊 劉華新 譯，生活·讀書·新知三聯書店，2006年，211-218頁。]
當長矛用盡後，騎士便只能拔劍作戰[與東方的穆斯林騎兵長期看重騎射不同，歐洲的騎士蔑視弓弩，認為這是懦夫的武器。1139年第二次拉特蘭宗教會議上，教皇宣布禁止在與基督徒作戰時使用弓弩，違者將被革出教門。因此歐洲騎士一般不會接受弓術訓練，也不裝備弓弩。]（偶爾也下馬作戰），因此其劍術也很重要。中世紀的歐洲劍士大部分劍盾並用，少部分才雙手持劍。與現代彬彬有禮的擊劍運動不同，中世紀的劍術兇悍實用，偏愛重劍，強調破甲，刺擊一般指向對手面部，而劈砍瞄準腿腳，防禦時則劍盾並用。因為騎士普遍身披重甲，故當時劍術手冊普遍認為刺比砍更具殺傷力。
13世紀末期的騎士比武，來自《馬內塞古詩歌抄本》（Codex Manesse，約成書於1304年）
中世紀歐洲貴族之間的戰鬥，或許還講究幾分「騎士風範」，而十字軍國家面對的穆斯林對手卻不可能心慈手軟。中東一帶戰場的腥風血雨遠遠超過西歐諸國。奮戰在聖地的醫院騎士對掛彩負傷早有心理準備，尤其是歐洲罕見的面部箭傷（因為歐洲騎士很少面臨如此多的弓箭襲擊）。另外，戰爭中馬匹的損耗也非常巨大，令騎士團苦惱不已。雖然重甲騎士能夠獨力主宰戰場的說法甚至在西歐也顯得過於理想主義，雖然騎兵離不開優秀步兵的支援配合，但在十字軍國家中，騎士（不論他是重裝輕裝，抑或僅僅是騎馬步兵）在各兵種裡依然享有更優越的地位。
兵馬未動糧草先行。騎士團出徵前對駐地的馬匹、馱獸、牲畜、補給情況也十分關注，原則上戰前準備由大元帥負責，在一些倉促發生的戰鬥中也可以讓掌旗官代理。聯合軍事行動中，醫院騎士團和聖殿騎士團常常負責提供大篷車隊與後衛部隊。例如，在第三次十字軍東徵期間的阿爾蘇夫戰役中，醫院騎士團便擔任後衛，負責保護補給。
具體的行軍布陣方面，雖然醫院騎士團的資料有所缺失，但我們擁有聖殿騎士團的相關信息，二者大同小異，亦可作為參考。根據聖殿騎士團的條令，行軍時，騎士位居最前列，軍士居後並攜帶輜重（包括騎士的武器與備用戰馬）。行軍中以掌旗官的軍旗為標誌。醫院騎士團稱自己出徵時會攜帶教士（很可能來自本團），他們充當了類似監軍或政委的角色，維持紀律，確保不會出現洗劫等情況，並令所有戰利品都得到合理分配與保管。由於騎士的全套裝備過於沉重，行軍中他們的鎧甲武器與本人是分開運輸的。當進入敵境後他們才會拿起盾牌，臨近接敵時才戴上頭盔。聖殿騎士團對於行軍中的各種小細節也有規定。例如，一位戰士要在隊列中臨時更換位置時，必須保證自己順風前進，這樣才不會激起煙塵妨礙友軍的視野。和平時期騎士可以在溪流邊自行飲馬，但進入敵境後則必須在掌旗官同意休息時方可。當警報響起，最近的戰士要立即上馬持矛備戰，而稍遠一些的戰士則向大團長靠攏。宿營時的情況與之大同小異。當騎士團紮營時，騎士駐守在營區內，由僕役外出負責尋找水和木柴，但他們不能距離過遠，必須在聽力所及的範圍內。雖然醫院騎士團與聖殿騎士團在作戰藝術上被認為十分類似，但在穆斯林眼中二者依舊存在微妙的差別。例如，波斯歷史學家伊馬德丁·伊斯法哈尼在記錄薩拉丁與十字軍交鋒時，有趣地描述說聖殿騎士衝鋒時像蜜蜂一樣低吟，而醫院騎士卻像狂風般怒吼。
通常在騎士少年時期，軍事訓練的量並不算大，師父們將更多的精力放到了培養他們的騎士禮儀上。西方傳統騎士文化培養出的年輕人往往傲慢自大，喜歡逞匹夫之勇，重視個人榮譽超過集體的勝敗。但聖地騎士常年與穆斯林作戰，戰場的慘烈令騎士團對成員紀律的要求提高到了新的高度。例如，聖殿騎士團團規要求，一旦戰端開啟，無人可以擅自離開戰位，除非是為了測試戰馬、馬具或援助遇險的戰友；如果有士兵要與團長談話，必須下馬步行，並儘快歸位—這是為了避免騎馬穿過軍陣而引發混亂。騎士團一般以「中隊」（eschielles）為基本作戰單位，並由相應隊長指揮。略大一級的單位叫作「柯華」（conroi），一般由20—40人排成2—3列，多個柯華組成一個「巴塔伊」（bataille，大概相當於「騎兵連」）。
因主要同異教徒作戰，醫院騎士團並不受教宗弓弩禁令的約束，他們也組建了自己的弓兵部隊。為了克服十字弓射速慢的缺點，弩手們一般採取齊射的方式對抗輕裝的伊斯蘭騎兵。此外醫院騎士團中也包括相當一部分重甲步兵（多屬於軍士階層，雖然騎士偶爾也下馬作戰）。在得到步兵和弓箭手的支援後，憑藉醫院騎士團嚴格的訓練和優良的紀律性，它的騎兵在對抗穆斯林弓騎兵時遠比歐洲同行強悍與穩定，並得到了多位歐洲國王的讚許。
騎士團的衝鋒並非個人的單打獨鬥，而需要精心的組織及相互默契配合。衝鋒前掌旗官會收攏隊伍，排成緊密隊形，並清點多餘的戰馬。精銳的騎士位於最前線，軍士有時也隨他們一起衝鋒，後方是負責支援策應的土科波騎兵。騎士衝鋒與電影或小說中演繹的高速奔襲也大相逕庭，多數時間為了節省體力，騎士都會控制速度讓馬匹小跑，只有即將接敵時才開始全力加速。一旦交戰不論是否側後遇襲甚至負傷，騎士都不許擅自撤出戰鬥。
基督教與伊斯蘭教雙方的史料都承認，要擊倒一位重甲歐洲騎士是很困難的。於是穆斯林戰士另闢蹊徑，他們選擇集中力量攻擊戰馬而非騎士。歷史學家阿布·沙馬（Abu Shama）如此描述哈丁會戰：「一個法蘭克騎士如果戰馬完好，幾乎是不可阻擋的。他從頭到尾披著鏈甲，看上去像個鋼鐵罐子，即使最有力的重擊也對他無可奈何。然而一旦殺死了他的戰馬，他便很容易被俘虜。戰後我們清點了上千名騎士俘虜，其中戰馬倖存的寥寥無幾。」在這種環境下，保持團隊作戰而不落單就顯得至關重要了。騎士條令中甚至要求，如果自家的戰旗傾覆，切忌各自為戰，應立即奔向附近友軍的旗幟，與他們合兵一處。
聖地密布著十字軍的要塞城堡，圍城、守城戰役不可避免。但在近距離的白刃戰中，騎士的馬上作戰技藝將無從發揮，因此，醫院騎士團更傾向於動用軍士或僱傭兵來承擔守土任務。當薩拉丁圍攻貝爾沃城堡時，抵禦他的並非騎士而是200名十字弓手。在1291年馬穆魯克圍攻阿卡時，醫院騎士團和聖殿騎士團也出動了僱傭兵反攻敵人的兩翼（雖然未獲成功）。
馬爾他人扮演的醫院騎士團長戟兵
醫院騎士團的城堡在最初是用於軍事擴張的基地（雖然也可用作避難所），但到了十字軍歷史的後期，隨著穆斯林的勢力蒸蒸日上，它們便更多地承擔了保境安民的任務，並且可用於騷擾敵方的補給線。大多數醫院騎士團的城堡都修築在易守難攻的險要地形上，但這並不能確保萬無一失。合理的地勢或許可以避免大型攻城器械的進犯，但穆斯林更喜歡動用小股步兵從多個方向不斷騷擾守軍，直至後者崩潰。中世紀的圍城戰也是一場心理戰。醫院騎士團深諳圍困中守軍的孤獨無助心理，他們很快學到了穆斯林的信鴿通信系統。1217年當騎士城堡被圍攻時，他們正是利用信鴿傳出消息招來了援軍。1266年的一份蘇格蘭材料也提到騎士團用信鴿向阿卡的總部報喜，他們新近贏得了一場遭遇戰，並獲取了豐厚的戰利品。
1291年阿卡陷落後，醫院騎士團將總部遷至賽普勒斯。但此地十分貧瘠，賽普勒斯王國對醫院騎士團也心存忌憚，大團長不得不考慮謀求新的領土。奇裡乞亞一度作為候選地，但它強敵環飼。騎士團隨後將目光投向了拜佔庭帝國愛琴海上的島嶼。如果企圖向拜佔庭帝國「討要」基地，一支海軍是必不可少的，之前騎士團的海軍幾乎是一項空白。1300年他們開始籌備自己的艦隊，並於六年後獲得了教皇的正式批准。由於財政狀況捉襟見肘，他們壓縮了陸軍開支，限制了騎士人數，終於打造了一支精銳艦隊。第二年，在富爾克的率領下，醫院騎士團發動兩棲攻勢，成功奪取了羅德島。[David Nicolle, Knight Hospitaller (1): 1100-1306, pp.30-47.]
躊躇滿志的富爾克甚至希望組建一支包含1000名騎士、4000名十字弓手的大軍，並以羅德島為基地，打造一支60艘槳帆戰艦組成的艦隊（每年有8個月可出海戰鬥）。他還希望能開闢一條前往印度的陸上商路，從而打擊極度依賴東西方貿易的埃及的經濟。
富爾克的宏偉藍圖儘管看上去十分吸引人，但它大大超出了騎士團的能力範圍。希望醫院騎士團稚嫩的海軍徹底封鎖埃及就幾乎是天方夜譚。艦隊從羅德島或賽普勒斯啟程前往埃及至少需要5—6天，地中海一年中最適合海軍活動的時節在夏季，而夏季的高溫會加速食物補給的損耗。同時，若長期勞師遠徵，部隊的健康情況也很難保證。騎士團經受不起這樣的消耗戰，最終，他們的戰略還是回歸了現實：不再劍指整個東地中海，而將目標集中在愛琴海海域。例如，1375年醫院騎士團就策劃了一次對希臘地區十字軍國家的軍事援助。在這次行動中，醫院騎士團共集結了125名法國騎士、108名義大利騎士、73名伊比利亞騎士、38名英格蘭及愛爾蘭騎士、32名德意志騎士、17名匈牙利騎士，此外還有兩人來自希臘地區。加上跟隨騎士的侍從，這已經算騎士團動員能力的上限。不過這樣的兵力規模和奧斯曼帝國蘇丹的軍隊相比，只能相形見絀。
與此同時，騎士團的海軍也漸漸發展為一支令人尊敬的軍事力量。不過它的規模還是太小，通常只有4艘加萊戰艦（即槳帆船），難以獨自承擔大的軍事行動。其海軍的優先任務是防衛羅德島。1402年伊茲密爾（Izmir）被帖木兒攻佔以後，騎士團擴建了海軍以應對新的威脅。由於奧斯曼帝國被帖木兒的大軍橫掃，醫院騎士團得以利用海軍對土耳其的商業貿易線發動襲擊。博德魯姆城堡的修建也為他們在小亞細亞西部本土提供了一個可靠的海軍基地。此後騎士團海軍一度自由航行在愛琴海，令土耳其人望洋興嘆。
在醫院騎士團的敵人看來，這就是不折不扣的海盜行為。作為報復，土耳其人每年也爭鋒相對地發動反攻。他們的海軍蹂躪羅德島及其附屬島嶼，砍伐果樹，破壞農田，劫掠人口及牲畜，以此來破壞騎士團的經濟。作為回應，騎士團不得不修建了大量的小型要塞及塔樓為當地民眾提供避難所。在加裡波利的土耳其海軍基地，大團長還安插了眼線，一旦土耳其艦隊起錨便能及時向羅德島報警。當1480年「徵服者」穆罕默德二世蘇丹對羅德島發起圍攻時，由於帝國在其他戰線還有戰事，無法派出全部主力。儘管如此，騎士團的海軍依然沒有全力攔截土耳其艦隊，而是主動後撤，保存有生力量以便維持與外界的聯繫。騎士團的陸海軍在這場大戰中經受了考驗，並笑到了最後。
醫院騎士團海軍在16世紀初最偉大的勝利是1510年在尤穆爾塔勒克海灣對抗馬穆魯克艦隊時取得的。不過戰術上的勝利並不能掩蓋戰略上的失敗。騎士團本與埃及建立了良好外交關係，此戰不僅令兩國間的信任消耗殆盡，而且給了奧斯曼帝國可乘之機。僅僅七年之後，土耳其蘇丹塞利姆二世便擊潰了馬穆魯克主力並趁勢進軍開羅。馬穆魯克王朝末代蘇丹突曼兵敗被殺，埃及正式被奧斯曼帝國吞併。此後除了威尼斯人和熱那亞人，在東地中海地區就只剩醫院騎士團獨自對抗土耳其了。威尼斯人奉行貿易優先的國策，基本對奧斯曼帝國採取和平策略。但醫院騎士團的宗教色彩使他們不可能與奧斯曼帝國完全和平共處，而羅德島的地理位置又嚴重威脅了從伊斯坦堡到埃及的商路，令奧斯曼土耳其政府如鯁在喉，這也導致了1522年蘇萊曼大帝對羅德島的第二次大圍攻。
文藝復興時期的劍與匕首，與中世紀時期的造型已發生明顯變化，大都會博物館收藏，彭琴華拍攝
進入16世紀後，全身板甲也開始遭遇挑戰，主要原因是火器的進步及廣泛應用。不過即使在這以前，中世紀晚期的劍客也已開始研究破解板甲的訣竅。為了應對精良的盔甲，當時的劍變得更重更鋒利，造型也更加尖銳。在劍術的運用上，開始更加強調突刺而不是劈砍的作用。新的劍術形成於義大利，甚至有專門的論文問世，這也對騎士團的甲冑產生了新的威脅。所幸騎士團的主要對手並非基督徒，而是奧斯曼帝國。奧斯曼人長期以來並不強調甲冑的作用，雖然它也從歐洲進口先進武器，卻不包括全身板甲—很多奧斯曼步兵甚至是完全不披甲的。因此在同奧斯曼帝國的交鋒中，醫院騎士團依舊維持著裝甲防護上的優勢。
1444年醫院騎士團擊退馬穆魯克進犯的英雄事跡，成了西班牙小說家若阿諾特·馬託雷爾（Joanot Martorell，1413—1468）的著名騎士小說《白騎士》（Tirant lo Blanc，1460—1468年間完成於瓦倫西亞）[《白騎士》一書雖為騎士小說，但作者採訪了多位歷史事件親歷者，細節十分真實，可信度頗高，歷來是歷史學家看重的參考文獻。其英文版可參閱：Joanot Martorell, Tirant Lo Blanc, David Rosenthal(trans.), Schocken, 2013.]的素材。在這部膾炙人口的著作中，作者繪聲繪色地描述了很多戰場的細節：騎士們枕戈待戰甚至帶甲入睡；戰斧被證明是破甲的最佳利器；工兵在城牆附近挖掘反地道並安放銅盞，這樣敵人的坑道兵一旦靠近便能預警；夜晚他們大量點燃羊毛和羊脂，利用惡臭的濃煙去擾亂敵人的戰馬、牲畜……《白騎士》被西班牙大文豪塞萬提斯（《堂吉訶德》的作者）譽為「古往今來第一騎士小說」，它的暢銷成為對醫院騎士團絕佳的宣傳。
14世紀以後，地中海的海戰也發生了不小的變化。加萊船上，傳統的單人單槳制逐步演變為多人單槳制（即5—7人操縱一支更加大型化的船槳）。15世紀後期，醫院騎士團擁有僅次於威尼斯的最大型的加萊船。但他們與威尼斯共和國海軍仍然有一些差距，後者的艦隊幾乎是全天候的，甚至在冬天也能正常執勤。雖然加萊船直到16世紀依舊是騎士團艦隊的主力，但新型的克拉克帆船也開始嶄露頭角。1478年第一艘克拉克帆船進入騎士團海軍服役。1507年他們意外俘獲了一艘埃及的巨型克拉克武裝商船，它隨即被改造為騎士團旗艦「聖瑪麗」號，參加了1522年羅德島戰役，直至1531年方才退役。1524年服役的醫院騎士團「海上巨無霸」「聖安娜」號是那個年代噸位最大的戰艦，整整一代人的時間裡，它都是醫院騎士團的一面旗幟和地中海各國海軍豔羨的對象。
十二群島自身的木材足以維護騎士團的海軍，但羅德港的造船廠並不足以生產整個艦隊所需船隻。因此，大部分醫院騎士團的艦隻還是從熱那亞或馬賽等地訂購，甚至一些船隻的配件也需要進口。例如，15世紀末，大團長就曾經命令義大利薩沃納的指揮官向羅德島派遣2艘槳帆船（包含滿員水手），並特意叮囑攜帶下列貨物：400塊棉布（其中200塊用於製作槳帆戰艦的帆布，200塊用於普通商船）、300支船槳、2艘槳帆船所需的繩索。
醫院騎士團海軍司令掌控整個艦隊，他甚至有權額外僱傭一些戰艦。儘管海軍司令位高權重，但若大元帥在場，他與部下也必須聽從後者的號令。而在登陸戰中，原則上指揮官必須親臨最前線作戰。這也導致了16世紀醫院騎士團參與的幾次大規模跨海遠徵中，軍官的傷亡率常常高於普通士兵。
醫院騎士團海軍艦隻的構型、編制與同期威尼斯、熱那亞海軍大同小異。14世紀時，威尼斯在愛琴海的戰艦一般攜帶30—50名劍士、10—20名十字弓手。艦上的武器裝備數量也有明確的條例規定。1330年左右熱那亞海軍的槳帆船一般擁有176名水兵（包括指揮官）及12名弩手。整條船上裝備了160具胸甲、160具頸甲、170具頭盔、12把十字弓、5000發箭矢，以及長矛、標槍等。當時的水兵對優良甲冑的渴望甚至超過了武器。火炮也漸漸開始普及，1483年後，甚至歐洲朝聖者的槳帆船上也安裝了大炮，以抵禦海盜的侵犯。
16世紀醫院騎士團加萊戰艦模型
到艦船上服役（被稱作carovane）是每一名醫院騎士的義務。他們在船上的部下可謂魚龍混雜：希臘人、義大利人、西班牙人、俄羅斯人，甚至還有來自黑海沿岸的水手。海軍的基本戰略是襲擾敵方海岸和劫掠商船。擁有12—22排划槳的槳帆快船（galiot）尤其適合這種劫掠任務。由於對地中海海域非常熟悉，醫院騎士團的海軍常常能夠事半功倍。他們尤其擅長兩艘戰艦配合作戰，一艘戰船事先埋伏在海角或小島背後，另一艘則去驅趕它的犧牲品，迫使它自投羅網。而在正規的海戰中，醫院騎士團大體上沿用了地中海地區傳統的撞擊戰術，即用船頭的撞角發起襲擊，進而接舷近戰。有時候，這種對敵人海岸的襲擊也會頗具規模。騎士團會組建一支分艦隊，排出緊密隊形，多艘戰艦幾乎同時登陸，讓敵人猝不及防。大規模的艦隊對決是罕見的，不過一旦發生，艦隊通常會排出鬆散隊形，並在後方預留一支預備隊，小型快船則在艦隻間穿梭，傳遞消息。《白騎士》對基督教艦隊同異教徒交戰也做了細緻描繪：船頭掛著大型的網具以防止本方水兵墜海同時降低對方的撞擊破壞力，船舷及船樓上鋪上了厚厚的墊子以防禦早期的火炮，傷兵的盔甲被剝下再次利用，敵人的屍體與傷員則直接被拋入海中……15世紀中期的土耳其詩歌《烏穆爾帕夏之歌》（Destan of Umur Pasha）如此形容基督教戰艦：「它的上桅帆如城堡般高聳入雲。」這裡讓土耳其人動容的巨型戰艦很可能正是新型克拉克帆船。
1523年撤離羅德島後，醫院騎士團陸海軍先後參與了突尼西亞、普雷韋扎、阿爾及爾、的黎波裡、馬爾他、勒班陀、克裡特等會戰，其英勇頑強的表現贏得了敵我雙方的尊重，馬爾他成為抵禦奧斯曼帝國西擴的橋頭堡，而懸掛紅底拉丁十字旗的醫院騎士團艦隻也已成為地中海的一道獨特風景。[David Nicolle, Knight Hospitaller (2): 1306-1565, pp.26-32.， H. J. A. Sire, The Knights of Malta, pp.86-89.]
醫院騎士團歷來高度重視貿易與後勤工作。騎士團國的大量商品包括軍火都依賴進口，為了吸引貿易商，大團長通常會給予其免稅待遇。大型攻城器械是為數不多的騎士團能自給自足的裝備之一，甚至騎士團的若干要塞便能自行組裝。對戰馬的需求也很旺盛，其實聖地附近也出產良馬，馬匹的確不需完全依賴進口，但通常而言歐洲南部（尤其是西班牙）的馬匹相較中東更為價廉物美。十字軍時期一匹普通戰馬的價格約合12頭耕牛，但馱馬的價格就實惠得多了。13世紀時，醫院騎士團在自己的農場飼養馬匹，但他們依舊不得不從歐洲（騎士團更偏愛西西里）長途進口戰馬和騾子。原則上醫院騎士不能隨意挑選自己的坐騎，而是要服從組織的分配，不過若發現馬匹存在「質量問題」也可以提出調換。
整個12世紀醫院騎士團僅有屈指可數的幾艘運輸艦，貨物運輸能力有限。不過到了1230年左右，他們在法國南部的商港馬賽建立了貿易中心，進而在13世紀中葉於當地設置了艦隊基地，醫院騎士團艦隊指揮官長期駐紮於此，並負責船隻的督造（馬賽也是歐洲造船中心）。他的另一項使命則是安排武裝商船隊每年春秋兩季的聖地之行。這些運輸船的運載量說起來有些令人瞠目結舌（不過得到了多方資料的證實）—普通尺寸的運輸船一次能搭載450名朝聖者，而且收費並不昂貴。第四次十字軍東徵期間甚至有個別巨型運輸艦可搭載1000人，這還不是最高紀錄，曾有威尼斯船隻在緊急情況下搭載過將近1500名難民。1291年阿卡淪陷時的大疏散（難民大多撤往賽普勒斯）中，醫院騎士團發揮了領導作用。
醫院騎士團初次涉及海戰是在阿卡陷落後，經教皇親自下令，數艘騎士團戰艦前往東方巡弋。1300年左右他們在賽普勒斯擁有了一支10艘戰船組成的艦隊，並得到了賽普勒斯王國和聖殿騎士團的支援，以抵禦穆斯林可能的進攻。他們還嘗試著為義大利至埃及的海上商路護航，雖然在教皇看來，與異教徒做生意是非法的，但由於利潤巨大，威尼斯、熱那亞等國家長期陽奉陰違，海上的航線一直相當繁忙。
醫院騎士團總部長期孤懸海外，強敵環飼，這對它的後勤補給能力提出了很高要求。雖然受到技術條件的限制，但總體而言，其後勤保障還是卓有成效的。和平時期，羅德島也是愛琴海上的重要貿易點，並可為其他遠道而來的船隻提供避風港。有羅德港這樣的安全良港存在，發生海難的概率也能降低。愛琴海上經常發生船難，但很多船員與乘客都能及時登上另一條船隻繼續旅行。大型船隻在惡劣天氣下具有更佳的適航性。醫院騎士團的「蒙特茹瓦」號（Mont Joye）曾從1300年至1314年間往返於法國馬賽與賽普勒斯法馬古斯塔，從未發生意外。和平年代，羅德島可從土耳其進口急需的馬匹與馱獸。此外，與希臘諸島的動物貿易也很繁榮。不過，隨著中東的十字軍領土的丟失，以海島為總部的騎士團對馬匹的需求不復以往那樣迫切，或許伊比利亞半島的醫院騎士團是個例外，他們經常要與穆斯林陸戰，所幸他們在米拉韋特（Miravet）等地擁有自己的養馬場。
不論財政是否寬裕，14世紀以後的騎士團依舊保持了回收利用舊裝備的節儉傳統。騎士團的法令中規定，多餘的馬匹、牲畜、馬具、武器、防具、彈藥等都要上繳大團長以便重新分配。服裝及被褥則交給製衣官，有時也交給大醫師長或大司令官。但從另一方面看，這份上交清單也暗示出當時騎士的私生活已經開始走向奢靡。因為赫然在列的竟包括絲綢床單、金絲金線的衣服、森德爾綢（sendal）、金銀餐具等等。部分騎士還擁有自己的珠寶首飾甚至保險柜。種種跡象都表明，此時的醫院騎士早已不再過著苦修生活了。
隨著財富的增加，醫院騎士團同其他騎士團一樣，也需要專人為他們的財產提供法律上的意見和保護。他們可以聘請律師，不過當時律師的價格非常昂貴，所以他們有時候也聘請一些「兼職律師」。另一方面，他們也嘗試著招募一些精通法律的人士加入組織。不過在這一點上他們並不是很成功（畢竟並非所有律師都嚮往天主教的苦修生活）。最後騎士團開始培訓自家騎士成為律師。原本騎士團在巴黎的分部就臨近教會法（Canon law）學校，自1380年起他們也效仿著開設了自己的教會法學校。14世紀末期開始，醫院騎士團高層中通常至少有一人接受過完整的律師培訓。麻雀雖小五臟俱全，在登陸羅德島後，醫院騎士團越來越朝著軍事化國家的方向演變，而不再是過去那個單純的安貧樂道的修士會了。[David Nicolle, Knight Hospitaller (1): 1100-1306, pp.48-50. ， David Nicolle, Knight Hospitaller (2): 1306-1565, pp.41-42.]
本文選自《醫院騎士團全史》