為幫助發展中國家提高對危險廢物和其他廢物的管理和處置技術水平，締約方大會在第一次和第二次會議上均提出建立各區域的培訓和技術轉讓中心的問題。
截至目前，巴塞爾公約在全球共批准建立了14個區域中心和協調中心，均設在發展中國家，這些中心已被公認是促進公約實施的重要機制。巴塞爾公約亞太區域中心是全球14個巴塞爾公約區域和協調中心之一。
2011年，經國務院授權，時任環境保護部周生賢部長（代表中國政府）與巴塞爾公約秘書處執行秘書（代表巴塞爾公約締約方大會）籤訂《關於建立巴塞爾公約亞洲太平洋地區培訓和技術轉讓區域中心的框架協議》，規定了設在清華大學的巴塞爾公約亞太區域中心的法律地位、職責和活動。
為落實上述要求，2012年，原環境保護部與清華大學籤署了《巴塞爾公約亞洲太平洋地區培訓和技術轉讓區域中心建設管理的協議》，將巴塞爾公約亞太區域中心作為我國履行巴塞爾公約的重要技術支持機構。2009年，巴塞爾公約亞太區域中心被《關於持久性有機汙染物的斯德哥爾摩公約》（簡稱「斯德哥爾摩公約」）締約方大會會議批准為斯德哥爾摩公約亞太地區能力建設與技術轉讓中心，亦是全球16個斯德哥爾摩公約區域中心之一。
2015年，原環境保護部函復清華大學《巴塞爾公約亞洲太平洋地區培訓和技術轉讓區域中心議事規則》，規定該區域中心由環境保護部和清華大學共同管理，區域中心主任由汙染防治司（現為生態環境部固體廢物與化學品司）司長擔任。
2018年，生態環境部函復清華大學《關於巴塞爾公約亞太區域中心2018年度會議紀要意見的復函》，進一步明確了區域中心在區域和國家層次的職責範圍，包括承擔我國巴塞爾公約技術支撐及履約支持工作、組建化學品和廢物環境管理智庫等。經過20多年的發展，巴塞爾公約亞太區域中心已逐漸形成了廢物和化學品管理政策和技術研究、能力建設、信息交換等優勢領域，在巴塞爾、鹿特丹和斯德哥爾摩公約聯合締約方大會於2015年和2019年組織的兩次全球14個巴塞爾公約區域中心和16個斯德哥爾摩公約區域中心的評估中均獲得第一名（雙滿分），在國內外影響力日增。