1931年九一八事變後，故宮博物院文物安全問題日益嚴峻。故宮文物南遷迫在眉睫，準備工作千頭萬緒。幾百萬件文物不可能全部運走，也不可能細細篩選，結果有些精品未被收入，次品卻整箱帶走。這些被選中的文物包括書畫、銅器、瓷器、象牙、琺瑯、善本等，共分5批，計13491箱62萬件。
由當時的故宮博物院院長易培基負責，開始做文物遷運前的篩選打包工作，為此他們還專門聘請了極富這方面經驗的文物古董商指導。打包文物採用的方法是，根據文物的形狀用稻草做襯，以棉花貼緊，外面包上優質棉紙，這種專業的文物打包方式經得起長途跋涉和劇烈顛簸。幾十萬件文物在上萬裡的運輸過程中竟一件未損。
1933年2月5日晚間，北平全城戒嚴。13491箱文物從神武門廣場出發，由幾十輛板車輪流運往火車站，軍隊全程護送，沿途軍警林立。不到120天的時間裡，五批文物循序運往上海，後又輾轉至南京朝天宮。
但隨著戰事不斷深入，南京也不是安全之地，文物繼續分三路西遷，因為沒有交通工具，最後剩3000多箱滯留南京。"這次西遷歷時8年，行程萬餘裡，運送文物的車輛、人員艱難行走於四川蜀道。沿路敵機轟炸，遭遇匪類，不斷臨時更改行走路線和臨時存放地點。最後以微小的損失完成了這場歷時長久、數量巨大的文物遷徙之路，被國內外人士稱為奇蹟。"
故宮大批文物南遷後，總務處長張庭濟奉命留守。日偽政權下的故宮博物院艱難維持，盡力周旋。1937 年 11 月，淪陷初期張庭濟曾代表北平留守職工向國民政府行政院匯報現狀，尋求保護。目睹當時情況的美國漢學家珍妮特、沈大偉說："日軍在 1937 年 9 月佔領北平的時候，故宮博物院院長馬衡已帶了部分珍寶西遷，……以後馬衡不在的日子裡，負責故宮工作的是總務處處長張庭濟。
日本方面妄圖派日本人擔任故宮的院長或顧問，但由於遭到故宮工作人員的堅決抵制而未果。日本人也不得隨意進入故宮，除非帶有介紹信，否則會被留守的工作人員拒之門外。"在這淪陷的八年中，"留守人員雖然不像隨文物南遷的人員那樣辛苦奔波、風餐露宿，但在日偽統治下也非常難得，不卑不亢，可以說是不辱使命。"由於大量文物珍品外遷，加上日偽的幹擾、破壞，只能勉強維持分路開放，但遊人寥寥，門庭冷落。
1938年6月，憲警兩次闖進故宮博物院太廟圖書館搬走撕毀大批圖書資料，書籍242種，340冊，雜誌369種，10682冊。書籍中有反日抗日、談及日偽政權和滿洲的一律銷毀，包括大量印有國民黨青天白日標誌的圖書，另外含有共產主義、馬克思主義等內容的絕對銷毀；有關司法、教育、財政等的書籍雜誌也必須銷毀。這次查沒銷毀對故宮文獻資料庫藏是一個巨大打擊，日本希望藉助這種方式推行奴化教育。
不久的獻銅運動再次把故宮博物院拖入泥潭。1945年3月，侵華日軍北京陸軍聯絡部致函偽北京特別市市長，要求"北京特別市官民"，"獻納（供出）各自存有之一切銅類，以資直接增強戰力，藉以實現大東亞共榮圈之確立。"各家各戶和單位被強行徵收銅鐵，作為日軍造炮彈和子彈使用。"這個運動波及到千家萬戶，故宮這樣的文化機關也沒有倖免。"
儘管多次抵制，最終為確保故宮整體安全起見，不得不將一些散落於各院落無號的銅缸銅炮等1095斤交了出去。但金品獻納委員會和日軍對此量均不滿意，要求故宮必須捐獻更多，因為僅北京一市日本軍部下的銅鐵徵集任務就高達40萬公斤。日偽華北政務委員會最終命令將不能斷明年代的銅缸 54 件以及 2 尊銅炮運走檢送。
1949年4月，遷臺文物登記造冊，統計文物總數為231910件又27張692頁。國民政府兩院理事會延續了故宮博物院的點查制度，先後出版《中華文物集成》 《故宮書畫錄》 《故宮名畫300種》等著錄。1962年，臺北故宮博物院在臺北近郊雙溪建成，定名為中山博物院。至今已五次擴建。1989年至1991年，臺北故宮博物院院藏文物清點計劃研究小組成立，開始對文物全面清點，1991年完成時，對外發布數字為：歷代文物總數645784件（後有又多方捐贈擴充）。
曾任臺北故宮博物院院長18年的秦孝儀在接受媒體訪問時說："1949 年搬過來的都是書畫、細軟，重的東西搬不動嘛。北京故宮以宮殿，器物等大東西見長，我們這邊以書畫文物見長。書畫在文化方面最具分量。"北京故宮博物院院長單霽翔認為："文物只有在原生地展示，才最有尊嚴，如果像孤魂野鬼一樣流失海外，就沒有尊嚴。"故宮流失的文物，又豈止在海峽那邊。
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