中國古代中醫成功地把五行理論巧妙地運用於醫學領域，以五行辯證的生克關係來認識、解釋生理現象，適應內部自然規律用於養生，掌握人體運行機制以防病、治病，取得了豐富的經驗和成果。
原始的五行物質元素說上升為五行學說之後，基本上已經不是單純地指五種物質本身，而是作為事物屬性的抽象概念來應用了。
首先，中醫將事物的性質與五行的特性進行類比，如事物與木的特性相類似，則歸屬於木；與火的特性相類似，則歸屬於火。
如以五臟配五行，由於肝主升而歸屬於木，心陽主溫煦而歸屬於火，脾主運化而歸屬於土，肺主降而歸屬於金，腎主水而歸屬於水。
肝屬於木，肝主筋並開竅於目，因此筋和目也歸屬於木；心屬於火，因此脈和舌也屬於火；脾屬於土，因此肉和口也屬於土；肺屬於金，因此皮毛和鼻也屬於金；腎屬於水，因此骨和耳也屬於水。
五行學說認為屬於同一五行屬性的事物都存在著一定的聯繫，如方位的東和自然界的風、木以及酸味的物質都與肝有關。
中醫用五行說明臟腑的生理功能與相互關係，如肝喜條達，有疏洩的功能，有木生發的特性，因此以肝屬木；心陽有溫煦的作用，有火的特性，因此以心屬火；脾為生化之源，有生化萬物的特性，因此以脾屬土；肺氣主肅降，有清肅、收斂的特性，因此以肺屬金；腎有主水、藏精的功能，有潤下的特性，因此以腎屬水。
在五行之間存在著相生、相剋的聯繫。所謂相生，即相互滋生、促進、助長之意；所謂相剋，即相互制約、克服、抑制之意。
生克是五行學說用以概括和說明事物聯繫和發展變化的基本觀點。
中醫用五行說明人體臟腑組織之間生理功能的內在聯繫，如腎（水）之精養肝（木），肝（木）藏血可以濟心（火），心（火）之熱可以溫脾（土），脾（土）化生水谷精微可以充肺（金），肺（金）清肅下行可以助腎水。這是五臟相生的關係。
肺（金）氣清肅下降，可以抑制肝（木）陽的上亢；肝性條達，可以疏洩脾（土）的壅鬱；脾（土）主運化，可以制止腎水的泛濫；腎（水）主滋潤，可以防止心火的亢烈；心（火）主陽熱，可以制約肺（金）清肅得太過。這就是五臟相剋的關係。
在我國傳統文化中，中醫理論是陰陽五行成功運用的典範。它不是把人體的器官看成個體的獨立系統，而是用陰陽五行學說把它們巧妙地、有機地聯繫起來，從而形成了完整的中醫理論。
一個成功的中醫本身就是一個陰陽家，如名醫扁鵲巧妙地利用中醫完整的陰陽理論，精於望診。
在中醫看來，人體外為陽，內為陰；表為陽，裡為陰； 背部為陽， 腹部為陰；五臟心、肝、脾、肺、腎為陰，六腑膽、胃、大腸、小腸、膀胱、三焦為陽 ；五臟為陰，五情喜怒悲憂驚為陽。
當年，扁鵲路過蔡國都城時，見到蔡國國君蔡桓公氣色不好，就斷定他體內已經生病，便直言不諱地對他說：「主公有病在膚表，如不速治，病情會加重的。」
蔡桓公聽了，不以為然地說：「我好好的，有什麼病啊？」
扁鵲見他不聽醫囑，只得走了。
這時，蔡桓公對左右的人說：「凡是醫生都是貪圖名利的。他們沒有本事，就把沒病的人當有病的人來治，藉以顯示本領，竊取名利。」
過了五天，扁鵲又來見蔡桓公。觀察一番之後，扁鵲對蔡桓公說：「主公的病已經到了血脈，如果不抓緊治療，病情會加重的。」
蔡桓公聽了這話，很不高興，根本沒把扁鵲的話放在心上，扁鵲只得無言而退。
又過了五天，扁鵲又來見蔡桓公。經過細緻的觀察，扁鵲嚴肅地對蔡桓公說：「主公的病已經進入腸胃，再不治就沒救了！」
蔡桓公聽了這話，十分生氣，沒理睬扁鵲的話。 等到扁鵲第四次來見蔡桓公時，只看了一眼就慌忙跑開了。
蔡桓公見扁鵲不理他，就派人詢問原因。
扁鵲回答說：「病在膚表，用湯熨可以治好；病入血脈，用針灸可以治好；病到腸胃，用酒劑也能治癒。如今主公的病已經深入骨髓，再也無法醫治，我只好走開了。」
果然如扁鵲所言，五天後，蔡桓公病重而死。
扁鵲精通陰陽，熟知表裡，因此能瞧病於初起之時。