我們大家都知道，很多魚類在一定的時節會選擇逆流而上，一方面，魚類通過洄遊能擴展生存空間，另一方面，上遊水質較請含鹽度比較小，適合魚類繁殖，更有利於吸收氧氣。但是隨著三峽大壩的建成，原來的河流系統被分割成多個單元，使得魚類洄遊的通道被阻塞，這就對魚類的遷徙造成了困難。那麼下遊的魚是怎麼遊到上面的呢？難不成大壩的魚一直兩地分居？
水壩的建成的確對水生生物來說的確是最大的威脅，特別是對洄遊類魚類。因為水壩可以導致內陸和海洋生態鏈之間的連通性喪失。比如說，在南美洲和亞洲，都能發現水壩的建成威脅到了河豚的生存。三峽大壩也威脅到了很多洄遊魚類的生存。
三峽大壩的正常蓄水位的海拔是175米，而壩下水位為62米，上下的落差達到了113米，也就是四十層樓的高度。下遊的魚憑藉著自己的努力是根本遊不上去的，這就對魚類的生存繁衍造成了巨大的損害。在2003年5月三峽蓄水以來，中華鱘的繁殖時間逐漸被推遲，從剛開始的一周逐漸推遲到了一個月左右。由於缺乏足夠的時間成長，當中華鱘遊回大海後，存活率會大大降低。
在建壩以前，長江流域是淡水魚類物種多樣性最豐富的地區之一，共有361種魚類分別屬於29個科的131個屬，佔我國淡水魚類的36%。這其中還有177種是特有魚類，25種已經處於瀕危狀態。這些魚類在長江的分布比較均衡。在建壩蓄水之後，因為大壩的阻礙，四大家魚、長吻魚和吻洵等魚類的種類都有所下降，中華鱘、長江鱘和白鱘的數量更是急劇下降。此外，魚類的種群密度也大大增加。
為了更好的保護魚類，三峽大壩主要的措施是建立珍惜特有魚類馴養救護中心和保護區，將珍惜的魚類保護起來，避免滅絕。對於其他無法洄遊的魚類，三峽大壩也有相應的措施幫助它們。比如說，在大壩的兩端修建可供魚類「歇腳「的魚池，這樣一來魚類就可以通過魚梯翻越大壩開啟正常的洄遊之旅。還有一個方法是人工繁殖，進行放流。比如在2018年舉行的中華鱘放流活動中，累計放生了500萬尾中華鱘。在每年的5月-6月，三峽大壩還會進行生態調節，人工製造洪峰，刺激魚類繁衍，這幾項措施目前都取得了一些成效。
綜上所述，三峽大壩的確阻礙了魚類的洄遊，使得很多魚類的種類下降，不少珍稀魚類甚至瀕臨滅絕。為了更好的解決這個問題，人們建立了珍惜特有魚類馴養中心和保護區將魚類保護起來，又在大壩的兩端修建了魚梯，讓魚類可以逐級翻越大壩。此外，人們還會進行人工繁殖和人工製造洪峰，幫助魚類更好地繁衍。