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我們習慣於將細菌與病毒放在一起說，也自然而然地將兩者看作是一回事，可實際上兩者並不相同，甚至可以說是毫無關係。
怎麼會毫無關係呢？最起碼細菌和病毒都是微生物吧？還真不是，細菌是微生物，但病毒並不是，甚至於病毒能不能算是生物都有待探討。沒錯，從本質上來講，細菌與病毒的區別就在於，一個是活的，另一個好像不是。
我們先來看看那個活的，也就是細菌，細菌是什麼呢？細菌是地地道道的微生物，它作為一個生命體，一點爭議也沒有。細菌很小，它小的只有一個細胞那麼大，因為它本身就是一種單細胞生物。在自然界中，細胞共有兩種不同的類型，一類是真核細胞，一類是原核細胞，二者相比，真核細胞的結構要比原核細胞更加複雜一些。
真核細胞大體由細胞核、細胞質、核糖體、各種細胞器以及細胞膜所組成，而原核細胞就要簡單得多了，它們只有細胞質、核糖體以及外部包裹的細胞膜。
如果簡化一下，真核細胞與原核細胞最主要的區別就在於原核細胞沒有細胞核，而細菌就是一種原核細胞生命體。由於沒有細胞核，所以細菌的遺傳物質DNA或者RNA就集中在細胞質中的低電子密度區，周圍是細胞質，細胞質周圍是細胞膜。細菌中的遺傳物質，也就是DNA或者RNA，它控制著細胞質中的所有生化過程。細菌雖然個頭微小，但卻是實實在在的生命體，它能夠自主進行移動，並從周圍的環境中攝取營養，而攝取的營養會用於自身的生長與繁殖，作為一種微生物，細菌的分裂繁殖速度是非常快的，所以當我們被致病菌感染之後，就會體驗到何為病來如山倒。
細菌是實實在在的生命體，為什麼同樣微小的病毒卻不能算是活的呢？
其實，「同樣微小」這個用詞也是有問題的，因為病毒要比細菌小多了，與細菌相比，病毒不僅個頭小，而且結構也極為簡單。病毒並沒有像細菌那樣複雜的組織結構，沒有細胞膜、沒有細胞質，也沒有核糖體，病毒所擁有的只是一團遺傳物質而已，或者可以說病毒本身就是一團遺傳物質。
一團遺傳物質顯然是沒有辦法進行自主的生化反應的，也就是說它沒有辦法進行新陳代謝。一團遺傳物質自然也是不能夠自主移動的，所以病毒只能夠呆在一個地方一動不動。自然，一團簡單的遺傳物質也不可能自主覓食，事實上也不需要自主覓食，因為單憑一團遺傳物質即使攝取再多的營養也不可能實現複製分裂。
病毒不能自主移動、不能進行新陳代謝、不能攝取營養，也不能獨立繁衍，甚至不能夠獨立存在，這樣一種東西又怎麼能夠被認為是「活物」呢？
那麼這樣一團遺傳物質是如何存在並在漫長的歲月中繁衍進化的呢？病毒的一切行為、包括存活、繁衍都要依賴於宿主。當一個病毒與一個細菌相遇之後，病毒會將自己的遺傳物質注入到細菌之中，之後這團遺傳物質會取代細菌細胞內原有的遺傳物質並開始指揮細菌內部的生化過程，通過細菌的生化過程，病毒的遺傳物質被大量複製，大量病毒的後代在細菌的體內生成了，之後它們會以不同的方式離開宿主，去尋找新的宿主。
細菌和病毒都具有很強的繁殖能力，不同的是，細菌的行為是自主的，而病毒則需要依靠宿主來完成。
細菌和病毒的區別簡言之就是一句話，細菌是活的，擁有自主的生命過程，而病毒只不過是一串遺傳代碼而已。
由於病毒必須要通過對宿主的控制來實現自身的複製，所以病毒對於其它生命體而言是有害的，當然病毒並不能感染一切，病毒感染必須要有相應的受體，所以有些病毒會使人類生病，而有些只能夠對特定的動物或植物起作用。病毒雖然都是有害的，但病毒的寄生過程對於促進其它生命體的變異和進化具有積極的意義，如果沒有病毒的存在，地球生命的進化速度可能會大大延緩。
與病毒不同，除了少量的致病菌以外，大多數的細菌都能夠與人類以及其它的動植物和平共處，甚至於還能夠為人類的生存提供便利，比如乳酸菌就是製作乳酸飲品所必不可少的。