胃腸道與外界相通，其黏膜表面附著各種細菌和病毒。黏膜含有各種組織溶解酶，而且胃黏膜呈酸性，腸黏膜偏鹼性，因此在進行免疫細胞化學染色過程中，必須注意以下幾個環節 ：
一、抗原的穩定性
免疫細胞化學和組織化學就是檢查、鑑定、定位和示蹤組織中各種抗原成分。在組織加工過程中，必須保持抗原的形態、結構、抗原性和在組織中的位置保持不變，不引起組織產生自發螢光及其它非特異性著色。原則上越新鮮的組織越適於進行免疫細胞化學和免疫組織化學研究。
1．組織切片標本經胃鏡、小腸鏡和大腸鏡等內窺鏡取材可以在直視下根據研究的內容在不同部位進行取材，即準確又方便。一般組織塊直徑多在0.5～1.0mm左右，適合進行各種抗原的研究。
（1）取材方法：將取材部位調整到內窺鏡視野中央，使活檢鉗與黏膜面垂直，然後鉗取。活檢鉗應儘量下壓深取達黏膜全層。取出活檢鉗並打開活檢器時要輕，防止黏膜撕裂。立即將活檢組織輕輕在粘在濾紙上，並儘量使黏膜面與濾紙平行。
（2）組織固定：根據所查抗原的種類採取相應的固定方法。我們的體會是：對某些蛋白類抗原，如免疫球蛋白、SC、CEA等一般用95%冷酒精固定較好。95%乙醇不但能固定蛋白抗原，而且保持與抗體的免疫反應能力，同樣可以進行HE染色。除組織有部分收縮外，組織成分和抗原位置沒有大的改變，組織塊可以在冰箱內長期保存。我們對保存26個月的冷酒精固定組織進行CEA和SC的研究，效果仍很好。對多肽類激素的研究可以用4%多聚甲醛緩衝淮，Bouin 緩衝液或福馬林緩衝液進行固定，或直接液氮固定後冷凍切片。冷酒精固定的組織不宜進行多肽類激素的研究。對陳舊性福馬林的固定的組織可以在抗原表面形成蛋白衣，直接影響抗原抗體反應。有人用胰酶消化後暴露抗原部位，進行胃泌素細胞的免疫細胞化學染色，也獲得較好結果。要進行胃腸道多肽類神經的免疫組化研究，可用含Triton的固定液和冰凍切片。對小白鼠等動物可向血管內注射多聚甲醛等固定劑，然後處死取材。進行細胞膜抗原的單克隆抗體研究時最好用Cryostat冰凍切片，然後丙酮或乙醇固定10min左右。
（3）組織加工：溫度對抗原抗體均有影響。一般在4℃進行脫水和透明。包埋選用低熔點蠟（52℃～56℃），浸蠟時間以20min左右為宜（因組織塊較小）。脫蠟和脫二甲苯也應在低溫下進行。
（4）組織保存及切片：石蠟包埋或其它方法加工後最好立即進行切片和免疫細胞化學染色。根據不同的抗原也可以在低溫下保存一段時間後再染色。組織切片的免疫細胞化學染色實際上使切面的抗原暴露後直接與抗體相結合，一般組織切片厚度以5～7μm為宜。如果觀察神經纖維則以10～20μm為好。太厚則透射光不易通過，影響觀察，易出現自發螢光。如果進行免疫電鏡觀察，最好超薄切片。
2．塗片或印片標本拉網和內窺鏡下獲得的胃腸道分泌物等可直接塗片，空氣乾燥，再用乙醇固定後進行免疫細胞化學染色。塗片和印片缺乏明確的組織結構，標本中常常混有不同形態的組織細胞和其它蛋白等無定形成份，很容易造成假陽性，觀察時應當特別注意。
3．組織分離細胞將手術或活檢組織塊用機械研磨或膠原酶消化等方面可分離出細胞，加入培養基，在試管內進行活細胞免疫螢光或免疫酶等免疫細胞化學染色。流式細胞儀進行定量和定性分析。此法對細胞膜抗原的研究有較大價值。我們在試管內用免疫螢光技術對周圍血分離的單核樣細胞進行T淋巴細胞亞群和B淋巴細胞的研究中，發現OKT3、OKT4、OKT8和Ia的螢光均分布於細胞膜，隨著細胞的滾動，猶如火球，非常清晰。
二、抗體的特異性
示蹤抗原的抗體必須具有高度特異性，儘量減少非特異性染色和幹擾。因此染色前必須測定抗體的工作效價，並用嚴格的陽性對照。組織切片應當有連續切片的HE染色作對照。
三、染色技術的選擇性
應當根據設備條件，具備的抗體和示蹤抗原的特點進行選擇。我們的經驗是：因胞漿性抗原含量較多，可以用簡便和廉價的間接法甚至直接法免疫細胞化學染色；對膜抗原及其它一些微量抗原應當選用PAP或ABC法，如果同時進行兩種以上抗原的檢查，最好進行雙標記和多標記免疫細胞化學染色；為了顯示較弱的抗原，可以用對比染色技術，背景為另一種顏色，使陽性抗原著色更突出。
四、結果的可比性
1．陽性結果的判斷要正確判斷陽懷結果，必須掌握研究對象的組織學和病理學知識及光鏡下的形態特點。如研究胃黏膜中抗體產生細胞應當掌握在HE染色時的車輪狀核位於胞漿一側，胞漿特別豐富，染色時僅胞漿著色而核不著色等特點。同時應了解所研究的抗原在組織中的大致定位及分布規律。如分泌5-羥色胺的內分泌細胞多位於固有層間質內，VIP和SP分布在固有層神經末梢及黏膜下層的神經元，胃泌素細胞分布胃腸腺體細胞之間。CEA多分布在腺癌細胞，如果在固有層內出現陽性細胞，要謹慎對待，必須排除汙染、內源酶或自發螢光，同時與連續切片的HE染色切片對比觀察才能作出判斷。
2．陽性結果的定量分析免疫細胞化學和免疫組織化學染色受到的影響因素較多，最好在相同組織加工方面、統一批號抗血清和標記抗體、統一染色技術和結果判定方法，同時對病態和正常組織進行對照觀察才能增加可比性。用免疫組織化學進行抗原定量分析時，可根據著色程度，選用某一基點為標準進行半定量計數，但容易受主觀因素的影響。近年來，數字減影技術的應用，大大提高了定量研究的準確性。對陽性細胞的計數，多採取以下幾種方法：
（1）直接計數法：以10～20個隨意選擇的高倍視野直接進行陽性細胞計數，或計算100～200個總細胞中陽性細胞的數量。由於陽性細胞分布的不均勻性，可能存在一定誤差。
（2）體積計數法：測定單位面積內的細胞數，再算出每立方毫米體積內陽性細胞總數。一般組織切片只有5～7μm厚，與1mm厚度組織切片的細胞密度不可能完全一致。
（3）細胞密度計數法：即計算單位黏膜面積的陽性細胞數。有人提出以0.5mm寬，黏膜切面會層（約0.6mm）作為一個單位。因內窺鏡取材時，組織塊不規則，顯微鏡下要具體選擇有一定困難，。我們用改良的Dellesses公式進行計算比較方便。原公式NV=N（P∑r2）×109，NV代表每立方毫米體積細胞數；N代表細胞總數，r為測微器小方格邊長（μm）；∑為切片厚度（μm）；P為小方格數。我們只計算每平方毫米麵積細胞數，即D=N/（P∑r2）（r單位為mm）。方和邊長為0.5mm的測微器放在目鏡下，物鏡放大4倍，即用測微器去量放大4倍的物體，測出的邊長必須縮小4倍才是物體的真正面積，已知r為0.5mm，將上述數據代入公式，得D=N（r/4）2=16N/(Pr2)=16N/(P(0.5)2)=64N/P。只要計算整個組織切片的細胞數和所佔小方格數，即可得出陽性細胞密度（細胞數/mm2）。組織分離細胞可通過流式細胞儀進行計數。