發nature communications了不起嗎

2021-02-20 生信技能樹

剛才某上海地區的粉絲突然發信「責問」我為什麼沒有發他們課題組成果的宣傳稿,我表示「一臉懵逼」,想起來原來是前些天他也是這樣「隨意」委託過我,說課題組剛剛發了一篇nature communications,其它公眾號bioart,測序中國等等都會跟進報導宣傳,「希望」我們生信技能樹也同步宣傳。

我沒有理會,本來就不熟,我們公眾號的定位又不是學術成果宣傳,一大堆的CNS正刊文章我都沒有時間看,朋友圈動輒就是驚世駭俗的新聞,某上海醫院連發3篇新英格蘭,廣州醫科大學連發3篇cell,我都懶得看,更別說分享它們了!更何況我們現在主推的科研新寵:單細胞技術,平均一個月三十多篇高IF文章啊!!!

誰管nature communications?更何況學術界一大堆瓜

關鍵是我們定位是生物信息學數據處理技術分享,其它一切形式的宣傳都看心情!

是的,你沒有看錯,我就是看心情,哪管你多牛,你以為我的十萬粉絲是天上掉餡餅獲得的,是我連續6年(2000多天)筆耕不輟的一點一滴真情實感分享積累的。

這樣的我有權利選擇去宣傳誰!

學好單細胞,你也可以有CNS

如果是10X儀器的單細胞轉錄組數據走cellranger流程,我們在單細胞天地多次分享過流程筆記:

如果是smart-seq2技術,首先走單細胞下遊分析標準流程啊,就是那些R包的認知,包括 scater,monocle,Seurat,scran,M3Drop 需要熟練掌握它們的對象,:一些單細胞轉錄組R包的對象 ,分析流程也大同小異:

step1: 創建對象

step2: 質量控制

step3: 表達量的標準化和歸一化

step4: 去除幹擾因素(多個樣本整合)

step5: 判斷重要的基因

step6: 多種降維算法

step7: 可視化降維結果

step8: 多種聚類算法

step9: 聚類後找每個細胞亞群的標誌基因

step10: 繼續分類

完整文字版教程了

所以你其實可以不需要購買視頻了,除非你對我的聲音有特殊的愛好,或者其他我不知道的原因:

第一單元:文獻背景及課程介紹 第二單元:常規轉錄組基礎知識回顧 第三單元:單細胞3大R包的學習 第四單元:重複文章圖表 第五單元:結合公共資料庫 學好表達晶片的公共資料庫挖掘你很容易畢業升職加薪

GEO數據挖掘技巧,基本上該分享的都在B站和GitHub了,目錄如下:

第一講:GEO,表達晶片與R

第二講:從GEO下載數據得到表達量矩陣

第三講:對表達量矩陣用GSEA軟體做分析

第四講:根據分組信息做差異分析

第五講:對差異基因結果做GO/KEGG超幾何分布檢驗富集分析

第六講:指定基因分組boxplot指定基因list畫熱圖

第七講:根據差異基因list獲取string資料庫的PPI網絡數據

第八講:PPI網絡數據用R或者cytoscape畫網絡圖

第九講:網絡圖的子網絡獲取

第十講:hug genes如何找

系列推文感興趣的也可以去看看;

可以選擇參加11月23號周六下午3-6點,上海張江高科的義診,https://mp.weixin.qq.com/s/xIOzD4XT8_G8LCZP0kZxgw

或者11月24號周日上午9-12點的拍賣行,兩種形式都可以幫助你解決生物信息學問題,https://mp.weixin.qq.com/s/wNi-Ips8WKffAAZAmpo3NA

同時我們還會提供一些招聘見面會,比如 https://mp.weixin.qq.com/s/0i51Fv5pdu4f8W06RGIdGQ

號外:生信技能樹全國巡講11月在福州和上海,點擊了解報名哈:(福州、上海見!)全國巡講第19-20站(生信入門課加量不加價)

福州已經停止報名,上海還可以報名,不過位置也不多了,然後下一站是12月底的長沙,歡迎諮詢!

不點讚也不打賞,為什麼呢?

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