位於保護基團的接頭3'端的氨基基團可以防止自身連接、環化或者接頭連接到miRNA的5'端。
●長接頭(80個核苷酸)分別與載體和靶DNA重疊40bp片段。用於在酵母體內構建重組體。在構造不能輕易通過PCR擴增的複雜結構時，這種特殊技術是有價值的(Raymond et al. 2002)。
生物素化的接頭。用來捕獲和克隆活躍在哺乳動物細胞中的調控元件( Boyle et al.2008; Song and Crawford 2010)。在20世紀60年代中期發現的DNA連接酶對於70年代中期分子克隆技術的發展是至關重要的。
在一段時間內人們早已明白，應該存在能夠封閉雙鏈DNA斷裂的酶，可以用於封閉DNA複製、重組和修復過程中引入的切口。到1965年，人們已經開始認真尋找一種可以連接DNA分子的酶。
1967 年年初研究取得了突破，NIH的Marty Gellert研究表明，大腸桿菌提取物可以將λ噬菌體DNA氫鍵環轉換為共價閉合環狀形式。
在短短幾個月內，Gellert 和其他幾個組獨立純化了酶，其活性能夠催化通過Watson -Crick配對保持雙鏈結構的一一條 DNA鏈中的並列3-羥基和5-磷酸端之間形成磷酸二酯鍵(綜述見Lehman 1974)。
DNA的連接是一個三步反應：①形成共價的連接酶-AMP中間體；AMP轉移到DNA的5'-磷酸末端：③並列3'-羥基攻擊AMP-DNA鍵，DNA中的切口被封閉，AMP被釋放(綜述見Pascal 2008)。