光合細菌的活菌計數和純種分離技術
採用瓊脂固體培養基塗抹培養計數分離法。
條件：無菌室、過濾空氣鼓風工作檯、平皿、接種針、固體培養基、液體培養基、密封玻璃試管、高壓滅菌鍋、加熱器、培養箱等。
步驟：（在無菌室內操作）
1.將適量瓊脂固體培養基高壓蒸煮(120℃)20分鐘後，倒入若干個平皿冷卻到45℃以下，製成固體培養基待用。
2.取待測光合細菌菌液，分別用蒸餾水以10萬倍、50萬倍、100萬倍、500萬倍、5000萬倍、10000萬倍 稀釋。
3.分別從每個稀釋倍液中取1毫升的樣本各10個，均勻塗布於貼好相應標籤的平皿內固體瓊脂培養基平面上。
4.將平皿放入培養箱培養12-50個小時，如菌落未長成，再繼續培養，直到有明顯的菌落長成為止。
5.各種菌的菌落顏色、形狀各不相同，根據光合細菌菌落特徵，找出光合細菌菌落，並計數。取同稀釋倍液10個樣本菌落的平均數，乘以它的稀釋倍數，即可大約得出待測菌液每毫升含光合細菌的活菌數。取各稀釋倍液算出的每毫升含光合細菌活菌的平均數，即可較為準確地檢測出該待測菌液的濃度。實際操作並不如此簡單，因為菌落有雜菌和光合菌交錯在一起的，也有兩個以上光合細菌菌落合在一起的，很難分辨計數。
6.用接種針將光合細菌菌落挑出，用適量蒸餾水稀釋後，再塗布於固體培養基平面上，進行培養，待光合細菌在培養基上再次長成菌落後，在鼓風工作檯內用接種針挑出，接入盛有經高壓蒸煮滅活過液體培養基的試管內，進行密封厭氧培養，培養好的光合細菌就是純菌種。
純菌種的分離是專業性很強的一門技術，只有專業人員，且經驗豐富的，才能識別各種菌落，從中分離出有用的菌株。
光合細菌液體成品的保存方法
成品應放在低溫環境下，15度以下最好，夏季應放在涼爽的地方，並要保持一定的光照度，每天不低於2小時，這是因為PSB在剛剛結束培養時，正處於生長旺盛期，形成了很強的「生長慣性」，如果此時突然沒有了光照或光照很弱，經5~10天後會出現光合作用失衡而導致大量死亡，使菌液發黑，並有惡臭，剛開始發黑時若施以適當光照，即可緩和。所以剛培養好的成品應儘量降溫，逐步降光照，以減少生長慣性，到了生長慣性很弱或沒有慣性時，PSB就進入了穩定期，此時在陰涼避光處可保存6個月。
總之，保存期的長短主要取決於溫度、光度。通常您在正常的連續的生產及使用過程中，對PSB的的保存及留種無須做特別的處理，如：夏天在太陽下培養的產品就放於陽光下，可保2個月，可不斷地再培養，擴大，反覆等。秋天，培養的最後一批產品可保1年之久。