Nature:揭示DEAD-box ATP酶是相分離細胞器的調節因子

2020-11-27 生物谷

2019年9月3日訊/

生物谷

BIOON/---細胞中存在許多種細胞器。一些細胞器是有膜包圍的,比如細胞核、線粒體、溶酶體、內質網、高爾基體和葉綠體等。還有一些細胞器是無膜包圍的,比如核仁、處理小體(processing body)、P顆粒(P granule)和應激顆粒(stress granule)等。科學家們想要了解細胞如何快速可逆地將通過區室化讓它的組分形成無膜的細胞器。

2009年,Clifford P. Brangwynne等人提出細胞內通過液-液相分離(liquid-liquid phase separation, LLPS)過程提供一種特定的方式使得細胞內的特定分子(比如,RNA和蛋白)聚集起來,從而在混雜的細胞內部形成一定的次序。近年來,液-液相分離成為生物醫學研究的一個熱點。越來越多的研究表明液-液相分離是細胞產生無膜細胞器的物理化學基礎,而且它也在一些疾病的發生過程中起著非常重要的作用。

近年來,蛋白和核酸經歷液-液相分離的能力已成為解釋這個問題的一種重要的分子原理。針對這些細胞器的組裝和周轉如何受到控制以及這些生物凝集物(即無膜的細胞器)如何選擇性地招募或釋放組分,人們知之甚少。

圖片來自Nature, 2019, doi:10.1038/s41586-019-1502-y。

在一項新的研究中,來自瑞士蘇黎世聯邦理工學院(ETH Zurich)的研究人員發現大型高度豐富的RNA依賴性DEAD-box ATP酶(DDX)家族的成員是原核生物和真核生物中含有RNA的相分離細胞器的調節因子。相關研究結果近期發表在Nature期刊上,論文標題為「DEAD-box ATPases are global regulators of phase-separated organelles」。

通過開展體外重建和體內實驗,這些研究人員證實DDX在它們的ATP結合形式下促進相分離,而ATP水解誘導區室周轉和RNA釋放。這種無膜細胞的器調節機制揭示了一種從

細菌

到人類中保守的細胞組織原理。此外,他們發現DDX控制進入和離開相分離細胞器的RNA通量,因此提出細胞中存在的一種動態的受到DDX控制的區室網絡建立生化反應中心,為細胞提供各種RNA處理步驟的空間和時間控制,從而能夠調節核糖核蛋白顆粒的組成和命運。(生物谷 Bioon.com)

參考資料:Maria Hondele et al. DEAD-box ATPases are global regulators of phase-separated organelles. Nature, 2019, doi:10.1038/s41586-019-1502-y.

相關焦點

  • ATP酶DEAD-box調節細胞器的相分離
    ATP酶DEAD-box調節細胞器的相分離 作者:小柯機器人 發布時間:2019/8/22 14:42:52 瑞士蘇黎世聯邦理工學院Karsten Weis小組近日取得一項新成果
  • 5篇Cell、Nature論文報導相分離在植物中的功能
    而相分離(liquid–liquid phase separation, LLPS)提供了一個形成此類細胞器的機制:某些蛋白質或者核酸分子可以通過多價相互作用,在原本均一的環境中產生物理化學性質不同的另一相,形成無膜細胞器或者是細胞結構。在絕大多數情況下,這些細胞結構呈現液態特徵,所以被稱為液滴(liquid droplet)或者是液態凝聚體(liquid condensates)。
  • 5篇Cell、Nature論文報導相分離在植物中的功能
    而相分離(liquid–liquid phase separation, LLPS)提供了一個形成此類細胞器的機制:某些蛋白質或者核酸分子可以通過多價相互作用,在原本均一的環境中產生物理化學性質不同的另一相,形成無膜細胞器或者是細胞結構。在絕大多數情況下,這些細胞結構呈現液態特徵,所以被稱為液滴(liquid droplet)或者是液態凝聚體(liquid condensates)。
  • 生命科學學院宋豔研究組揭示轉錄因子通過相分離驅使神經元終末...
    該文揭示了果蠅發育過程中,一個轉錄因子通過液-液相分離「植入」神經前體細胞有絲分裂期染色體,通過促進H3K9me3+異染色質凝聚確保神經元終末分化的新現象和新機制。因此,這項研究所揭示的新現象和新機理可能代表了轉錄因子通過染色體植入驅使異染色質凝縮和細胞終末分化的普適規律。液-液相分離作為細胞內的一種自組織方式,為我們理解許多生物學現象提供了嶄新的視角。然而,在生理條件下相分離是否真正參與調控重要的生物學過程還有待更確鑿有力的證據 [7,8]。
  • 三篇Science揭示相分離與基因轉錄存在密切關聯
    2018年7月29日/生物谷BIOON/---DNA結合轉錄因子(TF)是真核基因表達的典型調節因子。針對轉錄因子的早期研究揭示出它們的結構良好的DNA結合結構域(DNA binding domain, DBD)並鑑定出轉錄所需的功能上至關重要的激活結構域(activation domain, AD)。
  • 中國科學家揭示阻礙健康衰老的保守調節因子
    中國科學家揭示阻礙健康衰老的保守調節因子 作者:小柯機器人 發布時間:2020/2/27 10:50:13 中國科學院神經科學研究所蔡時青和上海巴斯德研究所江陸斌研究團隊合作取得一項新突破。
  • 生物物理所揭示肌醇多磷酸激酶IPMK抑制轉錄因子TFEB的液-液相分離...
    IPMK通過調節轉錄因子TFEB的液-液相分離,進而調控自噬活性和溶酶體產生的機制。細胞自噬(autophagy)是指細胞通過形成雙層膜的自噬體包裹部分細胞質,如受損傷的細胞器或錯誤摺疊的蛋白質等,並運輸至溶酶體進行降解的過程。自噬對細胞應對各種應激條件以及維持穩態平衡至關重要,但目前對自噬在多細胞生物發育過程中的調控機制知之甚少。
  • Nature發現一種前所未知的機制調節分離酶的活性
    分離酶在該過程中起決定性作用。在每個單細胞分裂的過程中,染色體上的遺傳信息必須在新形成的子細胞之間平均分配。分離酶在該過程中起決定性作用。近日,來自拜羅伊特大學的Susanne Hellmuth和Olaf Stemmann領導的研究組發現了一個以前未知的機制,該機制可調節分離的活性。
  • 調節性T細胞CRISPR篩選揭示Foxp3調節因子
    調節性T細胞CRISPR篩選揭示Foxp3調節因子 作者:小柯機器人 發布時間:2020/4/30 13:11:12 美國西北大學Deyu Fang、加州大學舊金山分校Alexander Marson等研究人員合作,利用調節性
  • 【科技前沿】張宏團隊總結膜生物學中的相分離:​有膜細胞器與無...
    細胞膜為無膜細胞器形成提供平臺雖然細胞裡很多凝集體在細胞質或核質內形成並呈球狀,如P小體和應激顆粒;但也存在另一類凝集體可以在膜表面形成,且形狀多數不規則。細胞膜作為細胞內外溝通的關鍵結構,可以直接激活蛋白相分離過程。細胞膜受到外界信號刺激後,通過限制蛋白分子擴散和/或促進蛋白相互作用等途徑,降低下遊蛋白發生相分離的濃度,促進蛋白相分離形成凝集體,以實現特定功能。
  • 【科技前沿】張宏團隊揭示自噬調控新機制:IPMK通過抑制轉錄因子...
    蛋白質液-液相分離(Liquid-Liquid Phase Separation, LLPS)介導細胞內多種無膜細胞器或大分子凝聚體的形成。相分離形成的凝聚體起到分隔細胞組分的作用,從而在空間上保證了不同的細胞功能高效、有序的進行。
  • 研究人員發現泛素連接酶Cdh1通過促進Gsc泛素化調節顱面部發育
    2011年鄒衛國在哈佛大學公共衛生學院博士後工作期間,在國際學術期刊《自然細胞生物學》(Nature Cell Biology)發表第一作者文章「The E3 ubiquitin ligase Wwp2 regulates craniofacial development through mono- ubiquitination of Goosecoid」,揭示了泛素連接酶
  • ...肌醇多磷酸激酶IPMK抑制轉錄因子TFEB的液-液相分離調控自噬...
    IPMK通過調節轉錄因子TFEB的液-液相分離,進而調控自噬活性和溶酶體產生的機制。細胞自噬(autophagy)是指細胞通過形成雙層膜的自噬體包裹部分細胞質,如受損傷的細胞器或錯誤摺疊的蛋白質等,並運輸至溶酶體進行降解的過程。自噬對細胞應對各種應激條件以及維持穩態平衡至關重要,但目前對自噬在多細胞生物發育過程中的調控機制知之甚少。
  • 蛋白酶體可發生壓力和泛素化依賴的相分離
    蛋白酶體可發生壓力和泛素化依賴的相分離 作者:小柯機器人 發布時間:2020/2/12 13:11:47 日本東京大學醫科學研究所Yasushi Saeki 和Keiji Tanaka合作發現蛋白酶體可發生壓力和泛素化依賴的相分離
  • Nature Plants | HY5調控光形態建成功能的輔因子——BBX蛋白
    光信號的關鍵抑制因子COP1-SPA ( CONSTITUTIVELY PHOTOMORPHOGENIC 1/SUPPRESSOR OF PHY A-105) E3泛素化連接酶複合體,可以通過降解光形態建成的正向調節因子以抑制光形態建成【1】;而光照會抑制COP1-SPA複合體的活性並導致去黃化的發生。
  • 浙大林愛福團隊建立細胞器非編碼RNA圖譜,並解析其功能
    傳統的細胞器純化方法主要依賴於蔗糖、percoll等介質的密度梯度離心法,根據不同細胞器的不同沉降係數將其分離,但是由於一些細胞器間的沉降係數範圍重疊(如線粒體、溶酶體)難以達到精確的RNA檢測解析度。此外,近來揭示的大量顆粒狀無膜亞細胞結構,尤其是能抵抗RNase消化的RNA granule類顆粒,往往因其更加離散的沉降係數而導致在各細胞器組分中的汙染。
  • 上海交大生命科學技術學院科研團隊在人工無膜細胞器研究方面取得...
    近日,上海交通大學生命科學技術學院、微生物代謝國家重點實驗室科研團隊首次在原核生物構建了人工無膜細胞區室,揭示了類蛛絲蛋白、節肢彈性蛋白等固有無序蛋白液-液相分離區室化的生物大分子機制,建立了螢光蛋白、酶等蛋白融合共定位至區室的功能化平臺。
  • 中國科大揭示α-tubulin末端去酪氨酸酶的催化機制及其在有絲分裂...
    微管是細胞骨架系統的重要組成,微管在維持細胞形態,細胞內物質/細胞器運輸,細胞區室化,有絲分裂等重要生命活動中具有不可替代的作用。微管是由α-tubulin/-tubulin異源二聚體在GTP存在下形成的由13條微管原絲環繞形成的中空管狀複合物(除鞭毛、纖毛中的特質化微管結構)。
  • 線粒體非編碼RNA再登頂刊:浙大林愛福團隊建立細胞器非編碼RNA圖譜...
    傳統的細胞器純化方法主要依賴於蔗糖、percoll等介質的密度梯度離心法,根據不同細胞器的不同沉降係數將其分離,但是由於一些細胞器間的沉降係數範圍重疊(如線粒體、溶酶體)難以達到精確的RNA檢測解析度。此外,近來揭示的大量顆粒狀無膜亞細胞結構,尤其是能抵抗RNase消化的RNA granule類顆粒,往往因其更加離散的沉降係數而導致在各細胞器組分中的汙染。
  • 最新Nature Nanotechnology:給細胞器裝個電壓表
    利用Voltair,作者可以在活細胞中原位測量不同細胞器的膜電位。● Voltair可以潛在地指導生物相容電子學的合理設計,並增強我們對膜電位如何調節細胞器生物學的理解。靶向VoltairIM到特定內吞細胞器的膜接下來,作者利用清道夫受體介導的內吞作用將VoltairIM靶向到溶酶體內途徑的細胞器上。