Cell|跨代傳遞的組蛋白H4K16乙醯化決定未來基因激活

2020-12-05 BioArt生物藝術

撰文 | 胖胖企鵝

合子基因組激活(zygotic genome activation,ZGA)之前,靜態基因組經過重編程過渡到轉錄活性狀態。在此過程中,組蛋白乙醯化對於促進轉錄激活非常重要。與其他組蛋白促進轉錄激活不同,H4K16ac在體外抑制染色質壓縮,但在ZGA前這種修飾作用的動態平衡與生理意義尚不明確。

為了進一步研究早期胚胎發育中H4K16ac的詳細作用及機制,2020年6月4日,德國馬普研究所Asifa Akhtar團隊在2020年6月4日Cell在線發表了題為Intergenerationally Maintained Histone H4 Lysine 16 Acetylation Is Instructive for Future Gene Activation的研究,表明H4K16ac通過母源生殖細胞進行跨代傳遞,並在胚胎早期通過調控染色質可及性控制未來基因激活。

首先,作者探究在配子形成期間H4K16ac的沉積狀態(圖1),發現在果蠅成熟卵母細胞中有大量H4K16ac,但精子形成過程的後期則缺失。不過,在卵原核和精原核中也檢測到了H4K16ac,提示精原核中的H4K16ac沉積只能發生在受精之後。另外在受精卵第一次及後續分裂過程中均檢測到H4K16ac,表明H4K16ac狀態在果蠅中能夠跨代維持。

圖1 果蠅胚胎形成過程的各個階段

在進化上更高級的果蠅的卵母細胞與小鼠的初級卵母細胞、次級卵母細胞受精卵及二細胞期都觀察到高H4K16ac水平。說明在果蠅和哺乳動物中,從卵母細胞到早期胚胎都維持H4K16ac狀態。

隨後,作者分析對比ZGA前(st3-4)、囊胚期(st5,ZGA)、原腸胚(st7)和胚胎發育後期(st15),發現H4K16ac在ZGA前就已經出現(圖2),提示H4K16ac可能參與染色質結構調控而不是直接調控轉錄激活。

圖2 胚胎發育各階段H4K16ac水平

過去報導發現H4K16乙醯化主要由MOF蛋白(males absent on the first)完成。MOF與MSL3和MSL1共同組成MSL亞複合物。H4K16ac水平對生殖細胞中MOF和MSL3的缺失非常敏感。而該研究在此基礎上發現,當母源MOF缺失時H4K16ac水平顯著降低,並且核小體可及性也大大降低,表明H4K16ac在ZGA前參與建立開放狀態的核小體構象。

進一步地,作者通過對MOF缺失的st5胚胎進行RNA Pol II ChIP-seq發現,RNA Pol II顯著減少且RNA Pol II募集效率降低,表明H4K16ac通過控制核小體可及性和RNA聚合酶募集效率來為下一代重要基因的轉錄激活做好準備。

在明確H4K16ac表達量降低所導致的一系列缺陷後,作者提出疑問:若在胚胎中再表達MOF來恢復H4K16ac,是否能使表型回復?首先,作者構建了母源MOF完全缺失的受精卵,發現80%胚胎致死,並且在ZGA之後利用轉基因再表達MOF,仍無法恢復胚胎缺陷(圖3)。

圖3 生殖細胞mof突變導致胚胎致死率增加,在ZGA再表達MOF仍無法恢復胚胎缺陷

由於已知在果蠅中MSL複合物參與X染色體劑量補償,因此作者在最後欲探究H4K16ac在此過程中的作用。實驗發現X染色體上的高親和位點富含H4K16ac,是MSL複合物結合的重要位點。這種由H4K16ac介導的高親和位點核小體可及性是起始劑量補償的第一步,也是必不可少的環節。

總的來說,該研究證明H4K16ac能夠從母源生殖細胞到受精卵進行跨代傳遞,並且H4K16ac在轉錄激活之前,就通過調節核小體可及性來為將來的基因激活做好準備。在合子期誘導MOF的表達無法恢復母源H4K16ac的作用表明這種修飾作用在胚胎早期發揮著重要的調控作用。

製版人:琪醬

相關焦點

  • 代際維持的組蛋白H4第16位賴氨酸乙醯化影響子代的基因激活
    代際維持的組蛋白H4第16位賴氨酸乙醯化影響子代的基因激活 作者:小柯機器人 發布時間:2020/6/7 0:26:36 德國馬克斯普朗克研究所Asifa Akhtar研究組的一項最新研究發現,代際維持的組蛋白H4第16位賴氨酸乙醯化影響子代的基因激活
  • 組蛋白高度乙醯化可打亂核心基因調控結構
    組蛋白高度乙醯化可打亂核心基因調控結構 作者:小柯機器人 發布時間:2019/12/2 13:48:31 美國國立衛生研究院Javed Khan、Berkley E.
  • Cell:乙醯化在基因活性調節中的機制
    組蛋白乙醯轉移酶(HAT)及脫乙醯基酶(HDAC)調節組蛋白和轉錄因子的乙醯化水平,從而在控制細胞生命活動中發揮著重要作用。乙醯化是組蛋白激活開始轉錄的標記,可以說HATs是基因表達被激活的標記,而HDACs是基因表達失活的標記。在本研究中,Zhao教授研究小組通過全基因組掃描的方式鑑定與乙醯化組蛋白相關的活性基因。
  • Cell | 定量檢測基因表達跨代遺傳性
    相反,僅僅依據巧妙的統計規律,對具有共同起始狀態的多個細胞集群在一定時間內動態演化後的終末狀態的分布特徵進行描繪,就能夠很好地推知基因表達遵循的變化邏輯。在這一點上,對基因表達的跨代(細胞分裂)遺傳穩定性的研究就是一個很好的例子。
  • HDAC 組蛋白去乙醯化
    HDAC 組蛋白去乙醯化 衰老研究所下期的視頻要講到HDAC組蛋白去乙醯化這個概念,我們提前把HDAC 組蛋白去乙醯化給大家交代一下
  • J.Immunology:酪氨酸蛋白激酶Btk乙醯化調控研究
    中科院上海生命科學院、上海交通大學醫學院健康科學研究所的研究人員發現了酪氨酸蛋白激酶Btk轉錄調節的新機制:組蛋白乙醯轉移酶p300介導的組蛋白乙醯化正調,而組蛋白去乙醯化酶1介導的組蛋白去乙醯化負調Btk轉錄及表達。這些結果拓展了對Btk調節及其功能的認識,並有益於對相關疾病的研究。
  • Cell:挑戰常規!揭示表觀遺傳記憶跨代傳遞新機制
    但是我們證實存在一種主動過程調節著表觀遺傳反應的跨代遺傳。」應激代際傳遞研究人員一直著重關注應激、創傷和其他環境暴露的影響如何在幾年內傳遞給下一代。小RNA分子---調節基因表達的短RNA序列---是參與調控這種遺傳的關鍵因子之一。
  • 【重大發現】表觀遺傳修飾家族又添新成員 & 組蛋白丁醯化新功能詮釋
    進一步的染色質沉澱實驗和基因表達測序發現伴隨著組蛋白三羥基丁酸修飾的升高,一些跟飢餓生理反應相關的基因的表達被上調,比如胺基酸代謝、脂肪酸代謝、氧化還原的穩態、生物鐘的調控等。該研究結果表明,三羥基丁酸修飾的變化靈敏地反映著體內外環境的變化,尤其是能量代謝的改變。機體能夠通過組蛋白的修飾轉化為對基因轉錄的調控,從而幫助機體快速調整並適應環境帶來的變化。
  • 【重大發現】表觀遺傳修飾家族又添新成員 & 組蛋白丁醯化新...
    進一步的染色質沉澱實驗和基因表達測序發現伴隨著組蛋白三羥基丁酸修飾的升高,一些跟飢餓生理反應相關的基因的表達被上調,比如胺基酸代謝、脂肪酸代謝、氧化還原的穩態、生物鐘的調控等。該研究結果表明,三羥基丁酸修飾的變化靈敏地反映著體內外環境的變化,尤其是能量代謝的改變。機體能夠通過組蛋白的修飾轉化為對基因轉錄的調控,從而幫助機體快速調整並適應環境帶來的變化。
  • 組蛋白修飾
    組蛋白修飾(histone modification)是發生在組蛋白上的翻譯後修飾,主要發生在核心組蛋白的某些胺基酸殘基上,包括乙醯化、甲基化、磷酸化、泛素化等。特定的修飾狀態可以決定組蛋白的活性,是招募一些蛋白質與之結合,還是解除已結合的蛋白質,從而決定DNA的命運?是打開基因的表達,還是關閉?是進入複製,還是進行修復?這些都有可能受到組蛋白修飾方式的影響。
  • 線粒體乙醯化:蛋白組學,sirtuins去乙醯化酶, 以及對代謝和疾病的影響
    賴氨酸乙醯化是第一個被定義的組蛋白殘基的修飾。組蛋白乙醯化修飾同時受組蛋白乙醯基轉移酶和去乙醯化酶的調控。在過去的20年中,蛋白乙醯化修飾範圍已經從組蛋白擴展到亞細胞結構及細胞各項生命活動中的蛋白。最近的一項蛋白組學研究確定了蛋白乙醯化修飾的3000多個位點,並且認識到乙醯化修飾是各種醯基化修飾的中心,這些醯基化修飾存在於各種生命中,並且調節細胞的轉錄、代謝等過程。
  • Sci Adv|周慶華團隊揭示表觀遺傳修飾調控熱應激跨代遺傳
    既然熱激能夠增加模式生物的抗逆性、有助於蛋白穩態的維持,並延長壽命。而高溫記憶又可通過跨代表觀遺傳傳遞給後代。那麼,熱應激引起的生存優勢是否也有跨代遺傳(TEI)現象呢?如果有,其機制是什麼呢?。並揭示了這種跨代遺傳效應被組蛋白H3K9me3和DNA的N6-mA(DNA上的N6-甲基腺嘌呤)的修飾所介導。
  • Cell:皮膚發育關鍵調控因子組蛋白去乙醯化酶
    研究人員決定將研究重點集中到可調控染色質接近性從而控制基因表達的酶上。在生物中,染色質通常是以核小體為單位組成,每個核小體中的DNA都環繞著一個組蛋白核心。這一結構的緊密程度可影響基因的表達。緊密纏繞的染色質區域的基因通常難以接近並受到抑制,而處於「開放」或「鬆散」區域的基因則容易被激活。組蛋白去乙醯化酶是一類在染色體的結構修飾和基因表達調控發揮重要作用的蛋白酶。
  • 圖解表觀遺傳學 | 組蛋白修飾
    組蛋白修飾是一種以共價方式進行的蛋白質翻譯後修飾(PTM),包括:甲基化(M),磷酸化(P),乙醯化(A)等等。這些修飾都會影響基因的轉錄活性。而組蛋白H3是修飾最多的組蛋白。研究表明,組蛋白精氨酸甲基化是一種相對動態的標記,精氨酸甲基化與基因激活相關。相反,賴氨酸甲基化似乎是基因表達調控中一種較為穩定的標記。
  • 表觀遺傳修飾可跨代傳遞
    2017年7月16日/生物谷BIOON/---我們並不是我們的基因的總和。飲食、疾病或生活方式等環境線索調節的表觀遺傳機制通過開啟和關閉基因在調節DNA中發揮著重要的作用。長期以來,人們都在爭論在整個一生當中聚集的表觀遺傳修飾是否能夠跨代遺傳。
  • Cell:在細胞分裂時,組蛋白化學修飾也可遺傳,並在維持後代細胞身份...
    這些研究人員說,所有細胞都具有一套相同而又完整的DNA,但是每個細胞經編程後激活或沉默某些基因,從而確定它們是成為心臟細胞,還是成為腸道細胞等其他細胞。圖片來自 Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2019.10.009。這項新的研究證實保持細胞身份的機制是基於DNA的包裝方式。人們已知在細胞核中,分子DNA鏈被包裹在核小體(nucleosome)中一組稱為組蛋白的蛋白周圍,所有這一切都位於稱為染色質的較大超結構中。
  • 朱健康組發現DNA從頭甲基化的改變也能穩定跨代遺傳
    DNA甲基化作為真核生物中最常見的表觀遺傳修飾之一,其信息能否跨代傳遞對維持表觀基因組穩定性和表觀等位基因的形成及傳代都是至關重要的。然而現在仍然不清楚親代的DNA從頭甲基化的改變是否能穩定遺傳到子代。
  • 組蛋白研究進展速覽!
    組蛋白上發生甲基化的位點是賴氨酸和精氨酸。賴氨酸能夠分別發生一、二、三甲基化,精氨酸只能發生一、二甲基化。在組蛋白H3上,共有5個賴氨酸位點可以發生甲基化修飾。一般來說,組蛋白H3K4的甲基化主要聚集在活躍轉錄的啟動子區域。組蛋白H3K9的甲基化與基因的轉錄抑制及異染色質有關。H3K27甲基化可導致相關基因的沉默,並且與X染色體失活相關。H3K36的甲基化與基因轉錄激活相關。
  • 清華課題組《細胞》發文:破譯組蛋白乙醯化密碼
    表觀遺傳調控具體機制涉及組蛋白修飾、組蛋白變體、DNA 甲基化、非編碼RNA,及染色質重塑等。其中組蛋白翻譯後修飾,被認為構成一類超越基因序列的「組蛋白密碼」,控制著遺傳信息的組織層次及其在染色質層面的解讀。組蛋白賴氨酸乙醯化是研究最早的一類組蛋白修飾。表觀遺傳學的興起就是源於1996年組蛋白乙醯化轉移酶和去乙醯化酶轉錄調控功能的發現。
  • 【表觀遺傳蛋白修飾專題】詳解賴氨酸巴豆醯化研究進展
    這些翻譯後修飾具有重要的意義,通過這些修飾,蛋白上被加上小化學基團,比如乙醯化的作用是將一個乙醯基因吸附到蛋白質,這是一種常見的修飾模式,蛋白的功能因此大大被改變。在幾種胺基酸中,賴氨酸由於其非凡的化學反應活性,常常成為被修飾的目標。