轉基因食品有較多的優點:可增加作物產量;可以降低生產成本;可增強作物抗蟲害、抗病毒等的能力;提高農產品耐貯性。例如:轉基因食品--土豆;縮短作物開發的時間;擺脫四季供應;打破物種界限，不斷培植新物種，生產出有利於人類健康的食品。轉基因食品也有缺點:所謂的增產是不受環境影響的情況下得出的，如果遇到雨雪的自然災害，也有可能減產更厲害。同時在栽培過程中，轉基因作物可能演變為農田雜草;可能通過基因漂流影響其他物種;轉基因食品可能會引起過敏等。首先說最常見的一點：轉基因違背了自然規律。這句話首先就有基礎的錯誤，自然規律是對自然界的現象規律的總結，他是不可違背的，可以違背的也就不成為其規律；如果轉基因違背了自然規律，那它根本不可能發生。萬有引力才是自然規律，你無法在此定義適用的宇宙內找出或者製造沒有引力的有質量物質。也就是說，他是不可違背的。那麼，這些人說的實際是抱有反對人工幹涉的觀點，認為「自然的才是最好的」。在我看來，這首先是人天然會以為自己是自然中心的樸素結論，是國家教育缺失的一個苦果。 自然界並不是為人類而生的，現在所謂的自然食物也不是真正的自然，而是人類長期艱苦的選育工作中得到的，而轉基因正是為了為了取代這樣長期艱苦，中彩式選育工作。野生大豆和我們實際食用的培育後的大豆！
在整個歷程中，我們經常食用的全部為長期育種中發生了巨大改變的作物（本質上就是基因的轉變）。再說另外一個論調：自然界中沒有跨物種的轉基因，隨意融合不同物種的基因會帶來災難。稍微了解生物的就會知道，不同物種都是使用同樣鹼基作為生命密碼（密碼子隨著物種的進化略有不同），不存在所謂人的鹼基，狗的鹼基，就如同豬肉狗肉牛肉儘管在社會心理上是不同的，但是其本質都是蛋白質脂肪碳水化合物的集合。（加入基礎知識後這段更易理解）而從進化上講，物種也是由同一物種，由於種種原因產生生殖隔離而變為不同的物種，也就是說，他們本質上是同一個物種的差異化變得足夠大，導致了原本存在的基因交流被阻斷，轉基因重新提供了這種交流的途徑，又如何帶來了災難呢？難道他們是同一個物種可以交流的時候就成為了災難？
轉基因食品的專利問題：這個屬於專利保護等方面，並非我長項，因此主要來源於轉基因作物技術領域的專利問題解析：轉基因作物的智慧財產權分為：1.專利保護，發明方法的保護和植物新品種技術內容「本身」的保護。2植物新品種保護。對於例如轉基因作物這樣的植物新品種，我國專利法規定可以通過專利保護其發明方法。但是我國專利法第二十五條（四）同時規定對動物和植物品種不授予專利權。所以儘管可以就轉基因作物這樣的植物新品種在中國申請專利，但這種保護並不延及植物「本身」。可以用具有某種基因性狀的作物申請中國專利，但依照目前我國專利法孟山都只能就獲取該基因的方法申請專利。顯而易見這二者間的差異較大，所以當國外大公司就轉基因作物在我國引發專利糾紛時，可以通過「獲取方法不同」為理由來保護我國申請人的權益。植物新品種權保護的是植物育種者的權利，而並非植物「本身」。
轉基因作物的專利問題最容易讓公眾迷惑，例如受一些輿論的影響，許多人以為轉基因作物的專利都控制在發達國家及少數大公司手中，發展中國家必須支付大筆專利費才能使用這些技術，這等於把國家安危繫於他人之手。其實事實並非如此悲觀。多少有些專利知識的人都知道，專利具有地域性和時效性。具體到轉基因技術的專利地域性，即使某外國申請人的可能就某轉基因技術在外國有專利權，但如果該外國申請人沒有在中國就該轉基因技術提交專利申請並獲得授權，則該轉基因技術在我國境內並不受專利保護；進一步而言，如本部分前面所述，我國《專利法》只就轉基因作物中轉基因的獲取方法實施保護，而並不就具有某種轉基因性狀的作物「本身」實施保護。因為獲取或實現某種基因性狀的方法可以不同和有所差異，所以即使外國申請人在其他國家就某轉基因作物「本身」獲得了專利權，但如果想以此為依據在我國境內引發專利糾紛，也得不到我國專利法的支持。潛在風險論：首先，絕對安全（絕對無害）是不存在的，水會導致水中毒，會產生洪水。以致癌風險為例：致癌物質分為以下幾級：第一級致癌物：在一級致癌物中，天然物質及其加工產物佔5種，包括黃麴黴毒素、環孢素A、菸草和煙氣、檳榔及酒精性飲料。PS.陽光中的紫外線也屬於一類致癌物，潛在風險論者請小心。第二級A類：如氯黴素、甲醛、多氯聯苯、丁二烯、硫酸二甲酯、環氧氯丙烷、苯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、柴油引擎廢氣等，對人類為很可能致癌物，對動物則為確定致癌物。第二級B類：如黃樟素、四氯化碳、電磁波、汽油引擎廢氣、乾洗業等，對人類為有可能致癌物，對動物很可能也是致癌物三級致癌物：咖啡因、食用色素等，目前尚無足夠的依據以判斷該物質是否為人類致癌物。由此可見是沒有「不存在致癌性物質」這一級的，換言之，是不可能證明某種物質絕對\完全不致癌。同理，只能證明轉基因作物安全性上不低於（等於或高於）傳統作物，要證明絕對安全是不可能的，這是科學證明的基礎理念。
所謂轉基因食品， 就是通過基因工程技術將一種或幾種外源性基因轉移到某種特定的生物體中，並使其有效地表達出相應的產物(多肽或蛋白質)，此過程叫轉基因。以轉基因生物為原料加工生產的食品就是轉基因食品。根據轉基因食品來源的不同可分為植物性轉基因食品，動物性轉基因食品和微生物性轉基因食品。從世界上最早的轉基因作物(菸草)於1983年誕生，到美國公司轉基因食品研製的延熟保鮮轉基因西紅柿1994年在美國批准上市，轉基因食品的研發迅猛發展，產品品種及產量也成倍增長，轉基因作為一種新興的生物技術手段，它的不成熟和不確定性，使得轉基因食品的安全性成為人們關注的焦點。到底你對轉基因食品有著什麼樣的看法呢？