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2019-nCoV潛在的T細胞與B細胞抗原表位
撰文 | 珊今責編 | 雪月
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BioRxiv已有8篇論文關注新型冠狀病毒—2019-nCoV
截止目前1月25日已有8篇nCoV-2019相關論文發布在BioRxiv預印本網站上。該論文根據深度學習算法模擬得出的結論認為：2019-nCoV與嚴重急性呼吸症候群冠狀病毒（SARS-CoV）、蝙蝠 SARS樣冠狀病毒和中東呼吸症候群冠狀病毒（MERS-CoV）具有相近的感染力，蝙蝠冠狀病毒與2019-nCoV更為接近。
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BioRxiv到底是什麼期刊?為什麼突然火了?
但隨著武漢2019-nCoV流行爆發一個對大多數人很陌生而且名稱有些古怪的期刊突然火了。特別是幾位印度老學者在 BioRxiv 發文懷疑2019-nCoV可能是人造病毒後，這個雜誌在微信朋友圈更火了。處於好奇，作者剛剛用谷歌檢索 「BioRxiv」 and "武漢" 竟然顯示有近36萬條目！那麼BioRxiv究竟是什麼類型的期刊呢？
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新型冠狀病毒2019-nCoV/COVID-19最新研究進展(第5期)
（2019-nCoV）的結合域和新型潛在的藥物靶點。10.bioRxiv：實錘！科學家發現新型冠狀病毒母嬰傳播的證據！18.bioRxiv：華人科學家揭示2019-nCoV的潛在T細胞和B細胞表位doi:10.1101/2020.02.19.9554842019-nCoV是一種引起COVID-19的新型冠狀病毒，與SARS-CoV有很高的相似性。目前還沒有針對2019-nCoV或任何形式的冠狀病毒的疫苗被批准。
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bioRxiv生信好文速覽
上個月6號，biorxiv上post出了一篇獨特的預印本（preprint）：來自biorxiv的創建團隊的Richard Server等人，以
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[bioRxiv] ROP-GEF3是根毛髮生所必須的重要調控因子
Trichoblasts是負責根毛形成的細胞類型，在根毛開始形成時首先需要在Trichoblasts細胞質膜上的形成特定的極性分布的根毛髮生結構域（RHID）。Rho型GTP酶（ROPs）是RHID形成的第一個分子決定因素之一，在後面的極性生長中同樣發揮核心作用。然而，將ROP定位到RHID並開始向外生長的分子參與者至今依然不是很清楚。
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bioRxiv速覽 | 拓撲異構酶專題
Wojciech Kaspera, Wojciech Szopa, Mateusz Bujko, Bartosz Czapski, Miroslaw Zabek, Ewa Iżycka-Świeszewska, Wojciech Kloc, Pawel Nauman, Bartosz Wojtas, Bozena Kaminska連結：https://www.biorxiv.org
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bioRxiv:科學家構建出了首個COVID-19開源全原子模型
2020年6月10日 訊 /生物谷BIOON/ --SARS-CoV-2是誘發COVID-19的主要原因，刺突蛋白或S蛋白會促進病毒進入到宿主細胞內；日前，一篇發表在預印版平臺bioRxiv上的研究報告中，來自國立首爾大學等機構的科學家們通過研究開發出了首個全長S蛋白的開源全原子模型，相關研究結果非常重要，因為S蛋白在病毒進入宿主細胞內扮演著關鍵角色
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bioRxiv | 基於結構的高效PROTAC分子設計策略
靶蛋白-PROTAC-E3三元複合體的形成決定了靶蛋白被泛素化和降解的效率[1]。另外，linker部分也會影響PROTAC的選擇性[2]。目前，傳統的基於結構的小分子藥物設計已經發展得較為成熟，但是仍然缺乏合理的PROTAC設計策略。研究人員常常需要進行大量的化學合成，然後逐個測試它們的活性，才能篩選得到符合要求的PROTAC分子。
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新型冠狀病毒2019-nCoV/COVID-19最新研究進展(第6期)
同一天，負責分類和命名病毒的的國際病毒分類學委員會的冠狀病毒研究小組在bioRxiv上發表了一篇文章，指出該研究小組已經決定，新型冠狀病毒2019-nCoV是導致2002-2003年爆發嚴重急性呼吸症候群（SARS）冠狀病毒（SARS-CoV）的變種。
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bioRxiv:利用比較基因組分析揭示新型冠狀病毒的進化機制
2020年3月7日 訊 /生物谷BIOON/ --近日，一篇發表在預印版平臺bioRxiv上題為「Comparative genomic analysis revealed specific mutation pattern between human coronavirus SARS-CoV-2 and Bat-SARSr-CoV RaTG13
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B肝纖維化研究，義大利科學家發現，表位特異CD8+T細胞相關
而這種針對凋亡相關表位（AE）的反應，有助於免疫病理學的擴增。基於上述背景和目標，義大利科學家開展了這項，關於慢性B型肝炎病毒感染和纖維化患者細胞凋亡相關表位特異性CD8+T細胞增多研究。具有不同特異性的CD8+T細胞在亞群分布圖上存在差異，這種差異表現為：雖然B肝病毒特異性主要包含在Tem亞群中，但表位（AE）特異性CD8+T細胞包括幼稚細胞，以及T中樞記憶、Tem和Temra細胞。
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直接RNA測序、串聯質譜法揭示新冠病毒的轉錄組和蛋白質組特徵
近日，發表在預印本網站bioRxiv上的一篇論文使用直接RNA測序和串聯質譜法表明了SARS-CoV-2的轉錄組和蛋白質組的特徵，揭示了細胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位點的S蛋白中誘導的框內缺失突變的證據。
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新型冠狀病毒2019-nCoV/COVID-19最新研究進展(第8期)
1.bioRxiv：揭示SARS-CoV-2在人細胞和雪貂中引起了減弱的抗病毒反應doi:10.1101/2020.03.24.004655根據2020年3月24日發表在預印本伺服器bioRxiv上的一項未經過同行評審的研究，導致COVID-19疫情爆發的新型冠狀病毒SARS-CoV-2似乎在人細胞和雪貂中引起了減弱的抗病毒反應。
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4月bioRxiv生信好文速覽|galaxy聯合創始人離世
需要注意的是，biorxiv將拒絕你的研究成果在其上發布，如果你的文章是：針對新冠肺炎的、純生信的、藥物作用或療效的預測。為此，biorxiv聯合創始人Richard Server發推表示這是團隊深思熟慮的結果：The balance we have to strike is speeding up science but also minimising potential for harm。
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研究揭示新冠病毒抗體的常見表位與特徵
研究揭示新冠病毒抗體的常見表位與特徵 作者：小柯機器人 發布時間：2020/6/28 10:41:54 美國加州理工學院的Pamela J. Bjorkman、洛克菲勒大學Michel C.
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bioRxiv:華人科學家開發出AIOD-CRISPR技術,可快速超靈敏地可視化...
2020年3月30日訊/生物谷BIOON/---來自美國康乃狄克大學健康中心生物醫學工程系的研究人員一直在努力開發一種新的基於CRISPR的低成本診斷平臺，以便檢測包括新型冠狀病毒SARS-CoV-2（之前稱為2019-nCoV）在內的傳染病。
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...同行評議|預印本|biorxiv|洛斯阿拉莫斯國家實驗室|冷泉港實驗室
該研究將2016年發表於bioRxiv的56篇預印本文章與後來在期刊上發表的同行評審版本進行了比較。其中，大多數文章屬於遺傳學和神經科學。研究發現，預印本報告質量的平均分數為68%，而同行評議後的發表版本對應的分數是72%，數值差別僅有4%。時常不靠譜、作用又有限，一時間，關於傳統同行評審模式的質疑再起。
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張銳組揭示一個新的mRNA m5C修飾writer蛋白
2019年中山大學張銳課題組建立了一套全轉錄組水平高置信度鑑定mRNA m5C甲基化的技術，通過這一技術構建了哺乳動物細胞系與組織的mRNA m5C精確圖譜，並發現mRNA存在兩類m5C位點(命名為Type I和Type II 位點)，分別據有獨特的序列和結構特徵