好貼！CRISPR相關工具網站集錦

   作者：追風

    CRISPR系統為代表的基因組編輯工具發展迅猛，被廣泛應用於各種細胞、動物以及植物的定點編輯。新Cas同源物、Cas9抑制劑（Acr）的開發等成果層出不窮。此外，近年來，基於CRISPR-Cas9系統開發的單鹼基編輯系統（Base editor，BE）更是如火如荼，新的先導編輯系統（Prime editor，PE）也正在興起。

    工欲善其事，必先利其器。隨著CRISPR領域的不斷發展，各種生信工具也在不斷完善，包括gRNA設計，脫靶預測， BE、PE的gRNA設計，基因編輯結果分析，CRISPR loci預測，Acr預測等等。因此，筆者盤點自己搜集的一些CRISPR相關工具網站，希望能對大家有所幫助。另外，為了方便大家使用，本文只列舉直接能使用的工具網站。

一、gRNA設計網站：

設計gRNA無疑需求最大，用的最多，網站也非常多，大家根據自己需求找到合適的就行，差別不大。

Cas9、Cas12的gRNA設計網站

1. https://zlab.bio/guide-design-resources

2. Cas-Designer：

http://www.rgenome.net/cas-designer/

3. E-CRISP：

 http://www.e-crisp.org/E-CRISP/

4. CRISPOR：

  http://crispor.tefor.net/

5. CHOPCHOP：

  https://chopchop.cbu.uib.no/

6. GPP sgRNA Designer：

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

7. GUIDES：

  http://guides.sanjanalab.org/

8. sgRNA-PSM：

  http://bliulab.net/sgRNA-PSM/

9. CCTop：

 https://crispr.cos.uni-heidelberg.de/

10. WU-CRISPR：

 http://crispr.wustl.edu./

11.CRISPR-DT：http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-DT/interface/Cas9.php

12. http://www.deephf.com/index/#/predict

Cas13的gRNA設計網站

1. CRISPR-RT：

    http://bioinfolab.miamioh.edu/CRISPR-RT/

2. https://cas13design.nygenome.org/

二、脫靶位點預測網站：

Cas-OFFinder用的最廣，且Cas種類較全。事實上大多數gRNA設計網站都自帶脫靶位點預測，大家看著用吧。

1. Cas-OFFinder：

  http://www.rgenome.net/cas-offinder/

2. CRISPOR：

  http://crispor.tefor.net/

三、BE設計網站：

1. BE-Designer：

  http://www.rgenome.net/be-designer/

2. iSTOP：

   https://www.ciccialab-database.com/istop/#/

3. BEable-GPS：

  https://www.picb.ac.cn/rnomics/BEable-GPS/Home#

4. BE-FF：

   https://www.danioffenlab.com/be-ff

4. http://www.deephf.com/index/#/baseeditor

5. CRISPR-SKIP：

    http://song.igb.illinois.edu/crispr-skip/ 用BE設計外顯子跳躍

四、PE設計網站：

1.pegFinder：http://pegfinder.sidichenlab.org/

五、基因編輯結果分析網站：

TIDE和EditR分別是基於桑格測序分析KO結果和BE結果的網站，用的非常廣。

1. TIDE：https://tide.deskgen.com/

2. EditR：https://moriaritylab.shinyapps.io/editr_v10/

3. DSDecode：http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/ 劉耀光院士開發用於解碼重疊峰，挺不錯

4. CRISPR-GA: 

    http://crispr-ga.net/

5. CRISPResso2：

    http://crispresso2.pinellolab.org/

6. Cas-Analyzer：

    http://www.rgenome.net/cas-analyzer/#!

7. BE-Analyzer：

    http://www.rgenome.net/be-analyzer/

六、CRISPR loci預測網站：

    筆者習慣用CRISPRone和CRISPRCasFinder，一些菌屬基因組的預測結果可能不完全對，最好兩個網站進行比較，自己甄別。

1. CRISPRone：

https://omics.informatics.indiana.edu/CRISPRone/

2. CRISPRCasFinder：

https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/CrisprCasFinder/Index

3.CRISPRTarge

http://crispr.otago.ac.nz/CRISPRTarget/crispr_analysis.html3.

4.CRISPRDetect

 http://crispr.otago.ac.nz/CRISPRDetect/predict_crispr_array.html

七、Acr預測網站：

1. AcRanker：

 http://acranker.pythonanywhere.com/

2.AcrFinder：

  http://bcb.unl.edu/AcrFinder/

3.Acr Catalog：

  http://acrcatalog.pythonanywhere.com/catalog/

八、其他常用網站：

1. MEGA：

  https://www.megasoftware.net/

2.WebLogo：

 http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

3. WebLogo3：

 http://weblogo.threeplusone.com/

4. Mfold：

http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/download-mfold

5. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/

6. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ipg/

溫馨提示：目前有基因編輯討論群，有興趣的朋友加小編邀請加入！

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