1865年12月7比查爾頓同埃倫·基·霍華德（家裡人叫她內利)在巴爾的摩的以馬內利聖公會教堂舉行婚禮，當地幾百名社會名流出席了結婚儀式。埃倫·基·霍華德是《星條旗歌》作者弗朗西斯·斯科特.基的外孫女；她祖父約翰.伊格.霍華德是美國獨立戰爭中的英雄，1788-1791年任馬裡蘭州州長。人們談到埃倫，常說她「像報春花一樣美麗」。更為重要的是，她是南方忠貞不渝的女兒。她對查爾頓的愛情，由於他為南軍遭受了犧牲而更加深摯。他們共同的忠於南方的信念一直是維繫他們婚姻的重要紐帶。新婚夫婦回到霍普蒙特。由於戰爭中幫助南軍的人曾被剝奪公民權和財產權，列剋星敦摩爾根家族的家業開始敗落。肯塔基大麻業蕭條，而摩爾根兄弟沒有及時轉向經營菸草。約翰.亨特.摩爾根死後，由老二卡爾文主持留下來的大麻經銷公司。一大家人擠在摩爾根老太太這幢邸宅裡：卡爾文的妻子、卡爾文的嶽母（從維吉尼亞久經戰亂的城市裡士滿來的難民）、理察.柯德（他母親的專職保鏢，在她死後很久才結婚）、弗爵西斯·基（被這一家寵壞了的孩子，退役軍人，二十歲時還蹲過北軍的牢房）——現在又加上查爾頓和內利。他們到達列剋星敦時，內利已有身孕。
這孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查爾頓只希望孩子長大成人能夠「勇敢而高尚，不致辱沒了他的名字」。他在給約翰·亨特·摩爾根的遺孀的信中說，他「本來想用大伯的名字給孩子取名為約翰，但又想到將軍的英名將會百世流芳，而湯姆犧牲時：地位卑微，史書上不會有他的位置，所以給孩子取名為託馬斯。」
就這樣，在這個人口眾多、富有傳奇色彩的大邸宅裡，未來的科學家、諾貝爾獎獲得者託馬斯·亨特·摩爾根出世了。他最初幾歲就是在這裡度過的。這時，他的祖母給查爾頓、內利和這個孩子準備了一份小禮物：在緊靠霍普蒙特後面的百老匯街上（現在的北百老匯街210號）建一座房子。房屋的修建由查爾頓監管，他媽媽出錢並保留所有權。湯姆四歲時，媽媽生了個小弟弟，取名查爾頓；七歲時又添了個小妹妹，埃倫，基·霍華德·摩爾根。於是，一家滿員了。摩爾根一家每年夏天必定去馬裡蘭州霍華德家探親。由於查爾頓拼死拼活想要在華盛頓謀個職務，平時也經常在霍華德家進進出出。雙方都是值得驕做的家族，儘管他們的大部分財產早已損失殆盡，但仍保持著南方貴族的習慣和風度。女人們篤信宗教，至少是忠於各自的聖公會——摩爾根家的女人是列剋星敦的基督會的忠實信徒，霍華德家的女人忠於巴爾的摩的以馬內利聖公會。順便談一段軼事，小湯姆的叔叔，勇敢得近乎魯莽的託馬斯.亨特。摩爾根生前去參加一個浸禮會，教堂卻根據記錄本說他家裡沒有一個人是基督徒。但這一定只代表他們對聖公會的看法，而不表示他們對摩爾根一家有成見。
查爾頓和內利把大部分精力花在事業上，但結果總不成功。查爾頓不論如何賣勁，如何運用家族的影響，他在宦途上還是越來越不走運，於是他用越來越多的時間同老戰友通信，協助組織摩爾根襲擊隊員重聚聯歡。成百上千的老兵參加了這類活動，甚至到2O世紀還繼續進行。第一次聯歡時，湯姆·摩爾根才一歲半，這次是把約翰·亨特·摩爾根將軍和託馬斯·亨特·摩爾根少尉的遺體從原來安葬的地方遷回列剋星敦。在湯姆上大學二年級那年還有一次戲劇性的儀式。以查爾頓為主要組織者的幾百名原南軍將士騎著大馬浩潔蕩蕩列隊進城安營紮寨。將軍唯一活著的孩子，一個名叫約翰尼的遺腹女兒（當時十九歲）檢閱了他們的隊伍，並被授予以他父親的名義贈送的禮物。第三次為他大伯父舉行的紀念活動（也是他父親組織的最後一次）湯姆沒回家。當時他已四十幾歲，正開始從事導致他獲諾貝爾獎的研究工作。，正值當侄子的在紐約一個實驗室拿著柄放大鏡觀察果蠅的時候，列剋星敦大多數居民都湧上街頭去觀看南軍雷神騎著戰馬的大型塑像的揭幕典禮。這一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的門前。
在湯姆的童年和少年時期，約翰·亨特·摩爾根的名字不斷在他耳邊迴響。他午後放學回家時，經常碰見一個老兵在門口等著要見查爾頓上尉和內利小姐。他們兩人都極樂意幫助從前甫軍的將士和他們的家屬。不但有由政府出資舉辦的紀念他怕父的活動，出版歌頌他伯父的歌曲和書籍，而且，那數以千計的自稱曾經一度同摩爾根一道馳騁疆場的人中，不論誰有什麼周年紀念日或去世，總又會有新的回憶錄和故事出版，記述摩爾根襲擊隊員的功勳。後來，摩爾根的部下所剩不多了，那麼，即使是自稱曾給摩爾根的戰馬釘過蹄鐵的人去世也夠條件。摩爾根究竟是南軍真正的英雄，還是北軍的手下敗將，或者簡直是個無賴——這一筆長期糾纏不清的細帳，就漸漸無人爭辯了。當然，摩爾根家族對此是十分敏感的。
然而，儘管他父母是那麼看重這一段往事，託馬斯·亨特·摩爾根一經開始了自己的工作，就沒為此佔用一點時間。甚至在年紀還小的時候，他就覺得這類事沒有多大意義。他很小就有了自己的興趣和愛好，不管是摩爾根這一家或是霍華德那一家，誰都不像他。他無論在哪裡，樣子總是不振作，大家覺得他有點像個書呆子。他有一個捕蝴蝶的網。他還組織列剋星敦的夥伴和巴爾的摩的表兄弟去列剋星敦郊外或霍華德家在馬裡蘭州奧克蘭的夏季別墅附近的山裡去採集標本。他的技術欠佳。有一次，正當他和堂兄約翰·亨特·摩爾根動手解剖一隻貓時，這傢伙一下子甦醒過來，怒吼著跳下桌子逃跑了。湯姆十歲那年，他分得了百老匯街那幢房屋頂樓上的兩間屋子。他自己動手油漆牆壁，貼上糊牆紙，在裡面擺上他收集的標本，有剝製過的鳥，有鳥蛋、蝴蝶、化石、礦石，還有從野外撿來的各種各樣的東西。這兩間屋子屬他專有，家裡的人誰都不去動裡面的東西。聽說，在摩爾根家三個孩子中的最小的一個（湯姆的妹妹內利）1956年去世時，這些東西仍然完好無損。內利一生一直住在這幢房屋裡。亨特、摩爾根、基、霍華德四個家系常自詡出過富商，出過外交官，出過律師，出過軍人，但在他們精心保存的族譜中卻沒有一個科學家。用今天的遺傳學術語來說（摩爾根同其他人一道創造了這個詞兒），他也許是個「突變」。
1880年，湯姆滿十四歲後一星期，被錄取進了設在列剋星敦的新建的肯塔基州立學院預科學習。當時肯塔基州布盧格拉斯地廈正進行教育體制改革，院系調整頻繁，這所學校的興建是一系列重組、合併、分立的一項最新措施。雖然這個學院後來站穩了腳跟，井進一步發展成現在的肯塔基大學，但湯姆入學時，正是它最混亂的歲月。
當這所學院兩年前從肯塔基大學中分出來時，失去了它所有的財產和校舍。1880年，234名學生和17名教職員大部分擠在一幢臨時租用的座落在現今伍德蘭公園的樓裡。從地下室到頂樓，每間屋都住滿了人。離城四分之三英裡的地方，從共濟會手中又租來了三間房，商業系、化學系和教育系設在其中。列剋星敦把過去集市那塊地皮捐贈給學院，正在修一幢行政大樓，但兩年後湯姆進入大學本科一年級時，校舍仍然極為緊缺。
校只收男生。他們這夥人行為粗魯，常常吵吵鬧鬧，使當地的市民和愛看報的公眾既喜歡，又討厭。學校生活制度極嚴，所有的學生，包括摩爾根在內，全是軍官候補生，必須穿價值二十美元一套的軍裝（學費才十五美元），每天軍訓一小時，每星期五天。五點半起床號響了，這是一天的開始，晚上十點的熄燈號才結束一天的活動。白天，軍號聲把學生趕進課堂、教堂、自習室和飯廳。除此之外，校方還精心制定了189條校規，而且授予教職員一項權利（實則為義務），再多想出幾條。全體學生每個星期天至少必須作一次禮拜。學生不得攜帶槍枝或獵刀（不過很多學生不理會這上條）。除了教科書以外，學生必須要有校長特許才能把其它書籍或報紙帶進校舍，難怪摩爾根被記過幾次過，主要是因為作禮拜遲到，或是在教室和大廳裡不守秩序。
理科課程開設不多。普通生（以別於商科生和師範生）可以在經典學科和理科間自行選擇。摩爾根選了後者。理科學生主修課程有數學、物理與天文、化學、農業與園藝、獸醫學、歷史與政治經濟學、心理與倫理學、拉丁文（另加法文或德文）、應用力學、英文、工程學、庭園設計與美化，等等。
但對於摩爾根，所有課程的核心部分是貫通四年的博物學，授課教師是A.R．克蘭德爾教授。他身材細長，下巴上蓄著一撮尖尖的鬍鬚，原來一直搞聯邦的地質調查工作，現在一面在肯塔基講授博物學全部課程和另外許多門理科的課程，一面完成他的博士論文。他是一個極為出色的博物學家。湯姆喜歡他，後來曾說過他從未見過比克蘭德爾「更好的人或更出色的教師」。像美國大多數大學一樣，當時的博物學主要是指系統植物學，特別側重於比較和分類，動物學也基本如此，只是更簡略一些，在博物學這一範圍內還包括一門保健和人體生理學，也講一點地質學和地理學，主要是因為這些課程與煤礦有關。當時肯塔基已開始籌建農業試驗站，所以也特別重視農業方面的課程：栽培與繁殖，生長的規律，森林與農業的關係等。
由於克蘭德爾的影響，湯姆每年暑假都參加馬裡蘭州和肯塔基州的聯邦地質調查。野外找礦的工作又熱又髒，接下來是單調乏味的化學分析。他明確了自己不是當地質工作者的材料。這段經歷為今後的生活提供了很好的借鑑，他用優美的肯塔基文體寫道：十六歲的一年級大學生摩爾根走進深山裡的一家鄉村小店，站在一個大肚小火爐面前，滿腹猜疑的山民們目不轉睛地打量著他。其中一人發現他佩帶著一枚胸章，於是大伙兒就議論開了。就他們所知，佩有政府胸章的必是稅務官無疑，而稅務官又總是愛撒謊說他們從老遠跑到深山裡來只是為了尋找煤炭這種不值錢的東西。湯姆請在座的一位拉小提琴的人吹起水手的號角，他自己跳起複雜的快步舞，這樣才打破了緊張局面，說明他確非稅務官員，位店裡的氣氛由敵對轉為友好。「凡是克蘭德爾沒教的理科課程，湯姆都是在羅伯特·彼得博士門下學的。他是原來的特蘭西瓦尼亞大學醫療系前系主任。這個年事已高的博士是個非凡的人物——他是醫生、歷史學家、出色的植物學家，又是肯塔基州地質調查最早的組織者，是俄亥俄河流域的科學先驅。然而，這一切畢竟已是好久以前的事了。
摩爾根後來常常寬厚地提起肯塔基州立學院。他承認當時的條件的確簡陋，但「為我們打下了堅實的基礎」，「聘用的教師之出色令人驚嘆」。但摩爾根在校的那幾年裡，這批出色的教師們的觀點卻有很大分歧。彼得博士反對任用另一名教師以加強薄弱的化學、動物學、植物學和獸醫學等課程。學院院長詹姆斯·帕特森卻認為彼得博士沒跟上化學的發展，在課堂上講的都是五十年前的舊貨。他甚至在公開的場合說出這種看法。他說，事情還不只如此，彼得博士已半聾半瞎，無法控制學生，以至課堂上總是亂作一團。這場爭執是摩爾根在校時發生的，1887年他畢業之前才算了結。結果彼得以晉升「榮譽教授」為名受到排斥。他可以保住自己的實驗室，但不得再上講臺。
湯姆畢業後第二年，克蘭德爾教授洩露了他對該校理科教學的安排是否成功所抱的懷疑。不幸的是他說這種知心話找錯了對象，這位朋友是報社的記者，鄰近一個小鎮溫切斯特一家報紙報導說學校管理不善，理學系尤其糟糕。1889-1890年度州立法機構開會調查，克蘭德爾和帕特森在會上互相攻擊，語言尖刻。克蘭德爾堅持說帕特森院長完全忽視了理科，而帕特森反駁說他井沒有忽視，只有克蘭德爾這種「半瓶醋的新英格蘭佬」才會提出這樣的責難。帕特森雖然勉強承認了克蘭德爾在教學上有一些優點，但總的來說，他覺得理學系要是沒有克蘭德爾反倒會辦得更好些。
除了開設課程門類不多以及理科教員與學院行政領導之間的摩擦外，摩爾根在大學裡還有他自身的難題。作為南軍雷神的親侄子，如果碰到的老師和同學是同情南軍的，這當然是好事；如果他們不是南軍的同情者，事情就不好辦。就拿湯姆的法文老師來說吧，他在北軍裡當過兵，曾在摩爾根襲擊隊的逼迫下騎著騾子從辛辛那提後退了九十英裡路到列剋星敦。據說，由於懷著對湯姆伯父的宿怨，他差點給湯姆打個不及格。
對於約翰·亨特·摩爾根，彼得博士也有一些不愉快的回憶。約翰曾在特蘭西瓦尼亞大學念書，當時彼得是那兒的教員。約翰·亨特精力過於旺盛，喜歡冒險，無法再讀下去。但這個退學生對於自己從前的老師總是十分尊敬。可惜內戰開始後彼得成了一名堅定的聯邦主義者，揮起軍刀對南軍襲擊隊毫不留情。又由於彼得博士是列剋星敦聯邦軍醫院的外科主治大夫，每次南軍臨時攻佔了這個城市的時候，摩爾根將軍就認為必須把彼得博士拘留起來。不過，彼得博士還是喜歡湯姆，他是他兒子的好朋友。有一回，他讓兩個孩子一起做甜菜選種實驗——當時這被看作屬於化學或栽培研究，現在應歸入遺傳學的範圍。
託馬斯·亨特·摩爾根獲得了肯塔基州立學院1886年授予的唯一的理學士學位。教員們以五票贊成、四票反對選定他為畢業生代表，在畢業典禮上致告別詞。威廉·普魯伊特獲得另外四票，也在臺上宣讀致敬信。羅伯特·普魯伊特也是1886屆畢業生。
一個獲得理學士學位的人能在列剋星敦做什麼？摩爾根心中無數。他有一次說，他之所以進入研究生院是因為不願經商，但又不知道另外有什麼事可幹。在另一場合他又說，他之所以到約翰斯·霍普金斯大學是因為有位原肯塔基州立學院的理科學生約瑟夫·卡斯爾兩年前到了霍普金斯。加之，巴爾的摩是他母親的老家，霍華德一家（包括他母親在內）當然覺得在巴爾的摩找所學校讀書是很合適的。「但那時我的確不太明白，」摩爾根接著說，「他們對於在他們中間正出現一所了不起的大學幾乎一無所知。我覺得，對於那座歡樂的城市中絕大多數舊式家庭，這是很有代表性的。」不過這也無關緊要。無論摩爾根當時已基本上意識到這點，或純粹是由於幸運，霍普金斯大學對於一個學生物學的學生的確是個再好不過的地方。_