結合能不是原子核具有的能量，而是核子結合成原子核時釋放的能量，很多同學很容易把結合能概念搞混，為了克服這個學習困難，2003年人教版高中物理（必修加選修）第三冊引入了核子平均質量概念，並給出了如下圖所示的核子平均質量隨原子序數變化的曲線：
這幅圖的好處顯而易見，那就原子核的質量對應原子核具有的能量，核子平均質量乘以核子數，就是原子核質量，由於核反應過程中核子數（質量數）守恆，因此，利用這幅圖講解核能釋放途徑，比起一般教材給的比結合能曲線（如下圖所示）來說，的確具有很大的優勢。
然而，2003年人教版教材的這個「創新」卻引起了一個無可避免的誤解，那就是很多中學物理教師和學生以為，核子在結合成原子核時，核子質量減小了！
二、核子結合成原子核時，核子質量並沒有減小
隨便翻一本大學物理教材，我們都看不到所謂的核子平均質量曲線，只看得到比結合能曲線。這是為什麼呢？
實際上，核子結合成原子核時，核子質量並沒有減小。為了迴避這個誤解，後續版本的教材刪掉了2003年人教版教材的這個「創新」，恢復了僅僅只給出比結合能曲線的「老傳統」。
下面我先以一個不是很嚴謹的類比分析來說明「質量虧損」的實質，然後再糾正這個分析存在的問題。
在相對論裡，能量的零值狀態是不能隨意規定的，它都有一個確定的理論約定——因為，能量的數值直接與質量的數值相關（E=mc²），能量數值的不同，直接意味著物體慣性的不同和在引力場中所受引力的不同。
相互作用勢能的零值狀態的理論約定為兩物體距離為無窮遠時——這直接導致兩相互吸引的物體相互靠近時，勢能數值為負值，如果動能沒有相應的增加的話，則兩物體系的總質量就會減少，也就會出現所謂「質量虧損」現象，質量虧損現象是凝聚態物質（固體、液體等）中的普遍現象，因為凝聚態物質中分子間距接近平衡位置，分子勢能為負值。
原子核的總能量等於核子靜止質能、核子動能和核子間相互作用勢能三者的總和，即E=∑m0c²+∑Ek+∑Ep，其中核子動能和核子間相互作用勢能的總和（∑Ek+∑Ep）是負值——這類似於固體液體中分子動能和勢能之間的關係（如下圖所示），
這就會導致體系總能量小於自由核子的總靜止質能，也就是體系總質量小於自由核子總質量，這就是核子結合成原子核時發生的所謂「質量虧損」，其實核子質量並沒有變化，只是勢能為負導致體系總能量比自由核子要少，從而出現的現象；而釋放核能的反應，就是核子間相互作用勢能更低的反應，體系總質量就會進一步減小，而系統勢能越低，要使核子克服核力約束需要的核子動能就越大，將核子彼此拆開就需要更多的能量，系統就會越穩定。
上述分析存在一個類比經典粒子系統的不科學的地方，那就是
核子在原子核內談不上動能勢能的區別，核子沒有確定的位置和速度，因此，動能勢能的概念不再適用，這類似於原子的能量不能說成是電子軌道動能和勢能之和一樣——因為電子在核外並沒有確定的軌道，當然也就談不上所謂的動能和勢能，我們只能籠而統之的稱之為原子的能量。因此，核子動能勢能概念也是不合適的概念，我們應該將之與核子靜止質能合在一起稱之為原子核具有的能量。
但是，上述類比分析可以提供一個正確理解，那就核子質量實際上並沒有減小，原子核的質量並不等於核子質量之和，而是比核子質量之和要小。