笛卡爾通過證明上帝的存在和上帝不會欺騙我們，保證了我能夠用理性清楚分明地認識的東西，就必然是真的。有了上帝這個絕對的保證，笛卡爾就可以超出單純思想著的「我」，認識其他東西，由此建立起物質世界的存在性。因為上帝賦予我們的感覺和想像能力，都需要依賴物體的存在，才能發揮作用，而上帝仁慈善良的本質，不可能給我們一些沒有用的能力，因此這些物理對象也必然是存在的，並且只要我們使用正確的方法，將各種感覺、記憶、理性結合起來使用，仔細甄別，細緻思考，就可以避免誤入歧途，陷入錯誤之中。
那麼物理對象的本質是什麼呢？笛卡爾認為，不可能是顏色、氣味、味道、聲音、硬度、質量這些東西。他用「蜂蠟」作為例子，表明這些屬性都是可以隨著溫度、溼度之類的環境因素變化的，但是一切物體不管顏色、氣味之類的東西如何變化，都必然具有「廣延」這個確定無疑的本質屬性，也就是具有長、寬、高的三維量度。通過將物質實體的本質還原為「廣延」，笛卡爾就把一切物理對象的本質還原到最基本的數學對象，也就是數字和長度上，從而為他用數學方法處理一切物理問題鋪平了道路。
到這裡，笛卡爾確定了精神實體的本質就是「思考」，而物質實體的本質就是「廣延」。從本質上說，這兩者之間沒有任何共同點，「思想」是完全不需要身體的純粹精神活動，而「廣延」是一種純粹物理和數學的屬性，和思考以及精神屬性完全無關。這樣我們就有了那個著名的「心物二元論」問題，這也是笛卡爾的整個哲學導致的最大難題。
一方面，根據笛卡爾的邏輯推導過程，心靈實體和物質實體，是完全不同的兩種實體，它們之間應該沒有任何關係才對。但是另一方面，我們又很清楚地知道我們的靈魂在指揮著身體，不管是吃喝還是坐臥，都是身體在靈魂的指揮下進行的，因此靈魂和身體又應該是一個統一的整體。那麼這兩者如何溝通就成了一個大問題。
笛卡爾當然意識到了這個問題，但是並沒有系統討論，僅僅是在一個注釋裡面提到，大腦裡的「松果腺」幫助靈魂和肉體進行溝通，將它們統一起來。但是用這個生理學的答案來嘗試回答這麼重要，又這麼困難的一個問題，和之前那種用邏輯的力量碾壓我們的推理比起來，不免顯得蒼白無力。
這就是我們要解讀的，笛卡爾如何確定物理對象的存在和本質，以及由此引發的著名哲學問題——「心物二元論」。
笛卡爾又回到了第一個沉思裡提到的那個睡夢的問題，試圖給出一個區分睡著和醒著的辦法。他說，在睡夢中我們可能會有一些非常清晰的印象，但是我們沒有辦法將這些印象和周圍發生的其他事情聯繫起來，比如睡夢中的人會突然出現，突然消失，而沒有一個從哪兒來，到哪兒去的前因後果。這樣一來，如我們小心地考察，心靈中出現的某個對象是不是可以和其他對象建立因果聯繫，就能夠區分做夢和醒著了。