核小體定位數據及十九種核小體工具集合簡介

2021-03-01 計算表觀遺傳學

摘要

近日，在Brief Bioinform上刊載了一篇關於核小體定位的數據及工具統計。共涉及50多個人類全基因組核小體定位數據集，70個小鼠數據集和150個低等真核生物數據集。

21多臺網絡伺服器自由下載的工具，用於分析實驗性核小體定位實驗。以及可以在網上獲得的從DNA序列理論上預測核小體定位的十九種計算工具。

1 核小體定位的定義及意義

核小體是形狀類似一個扁平的碟子或一個圓柱體。染色質就是由一連串的核小體所組成。核小體是真核生物染色體的構建塊，約75-90%的真核基因DNA包裹在核小體上，基因組上核小體位置的確定涉及DNA、轉錄因子、組蛋白修飾酶和染色質重塑複合體之間的相互作用。核小體定位、組蛋白修飾、染色質重塑等問題是表觀遺傳學的重要研究內容，因此，近年來，在對酵母、果蠅和線蟲等低等生物的核小體定位進行大量研究並取得一定的成果後，研究者們開始將核小體定位的研究對象放到了人類上。

在文章中作者介紹了根據細胞類型排列的核小體最新數據以及許多核小體定位工具進行論述

人類全基因組核小體定位的數據集。

對於每個數據都有相應的數據編號，方便直接下載。此外還有其他物種的數據信息。這裡就不一一列舉了。詳細數據結合請參照參考文獻。

1 核小體定位的計算工具及預測工具

通過軟體的下載情況和文章引用情況進行了排序，並將每一種工具的摘要描述一一列舉，同時還列舉了每種工具的使用平臺。方便使用。另外每種工具的下載地址也對應於每個工具的摘要後面。同樣的核小體預測工具也按照同樣的方法進行了介紹。

文章發表時間距離現在不到一周，由於對於我們生物信息學工作者來說，這樣一份總結性的文章還是很方便我們收藏的，並且作者還提供了網站，對於比較火熱的工具提供直接的下載。

網址為：http://generegulation.info/感興趣的小夥伴可以去看看。

參考文獻：

Nucleosome positioning:resources and tools online.

BriefBioinform. 2016Sep;17(5):745-57. doi: 10.1093/bib/bbv086. Epub 2015 Sep 26.

封面來源：http://www.bbioo.com/picture/63-220-1.html

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