顯微鏡技術經過長期發展，加之近年來物理學界接二連三出現的重大科研進展，終於，在2008年，顯微鏡發展史上的新成果——超高解析度螢光顯微鏡為科學家所研製出。人們預言，它定會成為生物學家的好幫手。
Stefan Hell打破了物理學界的傳統看法
自從1873年Ernst Abbe第一次發現光學成像具有衍射限制現象以來，物理學界就公認，顯微鏡的解析度具有極限，該極限與光源的波長有關。直到一個多世紀之後，羅馬尼亞物理學家Stefan Hell推翻了這一觀點。他是首位不僅從理論上論證了，而且用實驗證明了使用光學顯微鏡能達到納米級解析度的科學家。
羅馬尼亞物理學家Stefan Hell，現任德國馬克斯·普朗克生物物理化學研究院(Max Planck Institute of Biophysical Chemistry)主任。
早在上世紀80年代中期，當時師從德國海德堡大學(University of Heidelberg)一位低溫固態物理學家的Stefan Hell就已經發現，如果不是像常規那樣使用一個透鏡聚焦，而是將兩個大孔徑的透鏡組合在一起聚焦，就可以提高光學顯微鏡的解析度。Stefan Hell是首位發現這一現象的研究人員。
Hell於1990年順利完成了他的博士學業，但同時，這也意味著他將無法再憑藉獎學金的資助進行研究了。Hell最終決定獨自一人繼續在家研究以上的發現，並最終成功發明了4Pi顯微鏡。
4Pi顯微鏡，超高解析度成像中的一個步驟
時任美國麻薩諸塞州坎布裡奇市哈佛大學(Harvard University)化學系教授的Sunney Xie遇到了Hell，當他了解了Hell發明的4Pi高解析度顯微鏡時，Xie對Hell勇敢地對傳統物理學觀點提出挑戰的精神表示讚許。
隨後，Hell帶著他的發明來到了位於德國海德堡的歐洲分子生物學實驗室(European Molecular Biology Laboratory, EMBL)，並獲得了德國科學基金會提供的獎學金。1991年，Hell在該實驗室開始他的博士後研究工作。
起初，許多科學家，包括那些聲名顯赫的物理學家都認為Hell的工作對於提高光學顯微鏡的解析度沒有太大的意義。他們認為，Hell僅用他那少得可憐的科研經費來從事這項研究簡直就是在冒險。但Hell卻始終堅信他能夠打破衍射極限。
Hell的努力沒有白費，他的冒險終於獲得了回報。1992年，Hell第一次用他的4Pi高解析度顯微鏡證明了他的確能將傳統光學顯微鏡的解析度提高3~7倍。然而，儘管Hell提高了Z方向的解析度，他還是沒能突破衍射極限的限制。
此後不久，Hell又在芬蘭土爾庫大學(University of Turku)得到了他的第二個博士後職位。一個星期六的早晨，Hell正躺在研究生公寓的床上看一本有關光學量子理論的書，突然，靈光一閃，Hell腦海裡浮現了一個想法：如果使用一種合適的雷射，僅激發一個點的螢光基團使其發光，然後再用一個麵包圈樣的光源抑制那個點周圍的螢光強度，這樣就只有一個點發光並被觀察到了。Hell給他的這項發明取名STED，即受激發射損耗顯微鏡(stimulated emission depletion)。有了這個想法後，Hell立即行動，衝進實驗室進行相關實驗。每當回想起當時的心情，Hell都會覺得那是他科研生涯中最激動的時刻。
曾在EMBL與Hell共事，並共同研發4Pi顯微鏡的Pekka Hanninen指出，Hell在土爾庫大學進行研究工作時非常刻苦。那時，他經常被許多問題困擾。儘管如此，研究過程中還是有許多快樂縈繞著他們。Hell不僅是一名嚴謹的科學研究者，還是一名音樂愛好者，每當工作至深夜時，實驗室走廊總會迴響起Hell吹奏薩克斯風的動聽樂聲。
由共聚焦顯微鏡(左圖)和STED(右圖)成像的一個神經元。
1994年，Hell在《光學快報》(Optics Letters)上發表了他關於STED的理論文章。不過直到多年以後，這項理論才得以在實踐中被證實。在那段時間裡，Hell一面繼續研究工作，一面四處奔走籌集科研經費，還賣掉了他4Pi 顯微鏡的專利。
但是那個時候Abbe的衍射極限理論仍然在學界佔統治地位，許多物理學家對Hell的理論都持懷疑甚至批評態度，因此他們也都將研究重點放在其它的成像技術上。儘管如此，Hell還是在1997年與馬普生物物理化學研究所籤訂了一份長達5年的合同，以繼續他的STED研究。
1999年，Hell將他的研究成果分別投給了《自然》(Nature)雜誌和《科學》(Science)雜誌，不過都被退稿。當時兩位雜誌的主編都沒有意識到他的研究成果將會改變整個顯微鏡領域。
直到2000年，事情才終於有了轉機——《美國國家科學院院刊》(PNAS)發表了Hell的科研成果。採用 Hell的STED技術，人們第一次得到了納米級的螢光圖像。Hell的工作由此獲得了廣泛的肯定，2002年，他獲得了馬普研究所的終身職位。從此，Hell一直在馬普研究所從事成像技術的研究工作。
緊隨STED這項開創性工作之後，世界各地實驗室等研究機構內陸續出現了一批高解析度的顯微鏡技術。例如，由珍妮莉婭法姆研究學院(Janelia Farm Research Campus)的物理學家兼工程師Mats Gustafsson領導的研究團隊開發出了結構光學顯微鏡(structured-illumination microscopy, SIM)。
果蠅卵母細胞內的肌動蛋白的3D SIM成像，該照片拍攝於完整的卵泡內。
SIM技術的原理是通過一系列光成像的圖案對低解析度莫爾條紋形式的精細結構進行成像，此類圖像是採用其它技術所無法觀察到的。然後再由計算機處理、分析這些條紋中包含的信息，最終就可以獲得高解析度的圖像。
同年，Gustafsson小組得到了HeLa細胞中肌動蛋白細胞骨架的圖像，他的圖像相比傳統顯微鏡的圖像來說，在測向上的解析度提高了2倍。隨後，Gustafsson小組又使用非線性技術將整體解析度提高了4倍。
科研競賽
2006年，超高解析度顯微鏡研究行業翻開了新的篇章。Eric Betzig、Harald Hess以及Lippincott-Schwartz小組、Samuel Hess小組以及莊曉威(音譯)科研小組幾乎同時報導了他們提高顯微鏡解析度的科研成果，下面分別介紹這三個小組的研究情況。
Eric Betzig、Harald Hess以及Jennifer Lippincott-Schwartz小組
2005年夏天，細胞生物學家Jennifer Lippincott-Schwartz卸下了她在美國馬裡蘭州貝塞斯達美國國立衛生研究院(HIV)暗室裡的紅色燈泡。Lippincott-Schwartz正在為賦閒在家的兩位物理學家Eric Betzig和Harald Hess騰出空間，籌備實驗室。正是這兩位物理學家研製出了光敏定位顯微鏡(photoactivated localization microscopy, PALM)，他們的這種新產品能將螢光顯微鏡的解析度提升至納米級水平。
接下來的整個冬天，Eric Betzig、Harald Hess以及Lippincott-Schwartz等人都一直在那間狹小的沒有取暖設備的實驗室裡工作。現在就職於美國維吉尼亞州阿士伯恩霍華德休斯醫學研究所珍妮莉婭法姆研究學院(Howard Hughes Medical Institute’s Janelia Farm Research Campus in Ashburn, Virginia)的Hess承認，自己與Betzig對生物學的認識都不深。不過近15年來，他們一直都在努力，希望能運用生物學知識獲取高解析度的顯微圖像，但是沒有取得明顯進展。然而，當Hess和Betzig了解到Lippincott-Schwartz和George Patterson在2002年發明的光敏綠色螢光蛋白(photoactivatable green fluorescent protein)後，他們知道他們已經找到了解決問題的關鍵所在。
回想起當時的情形，Lippincott-Schwartz指出：「他們當時非常激動。我還記得當我們得到第一張顯微圖像時，你根本無法看出那是什麼東西。直到我看到他們將螢光圖像和電鏡圖像疊加之後的結果才相信，我們成功了。我當時覺得這一切真是太神奇了。」
2006年，Eric Betzig、Harald Hess以及Lippincott-Schwartz小組在《科學》(science)雜誌上發表了他們的PALM研究成果。使用PALM可以清楚得看到細胞黏著斑和特定細胞器內的蛋白質。
Samuel Hess小組
Samuel Hess小組是上述三個小組之一。Hess是美國緬因州立大學(University of Maine)物理系的助理教授。2005年夏天，Hess一直在和他們學校的化學工程師和生物學工程師，就如何提高觀察活體細胞脂筏結構的解析度等問題進行交流。
2005年的一個夏夜，Hess被鄰居家舉辦舞會的聲音吵醒。半睡半醒的Hess走下樓來，隨手畫了一副設計圖，他的這種設計是需要藉助螢光標記的蛋白質來顯示細胞形態的。第二天早上，當Hess重新翻看這幅非清醒狀態繪製的潦草的設計圖時，不由得大笑起來。不過令人吃驚的是，他的這幅設計圖竟然沒有一點問題。於是他把這幅圖拿給物理系的同事檢查，但同事也沒有發現任何問題。
接下來，Hess就按照他的設計圖開始製作顯微鏡了。此時，他的科研經費所剩不多，而結題時間轉眼就到。因此，Hess等人以最快的速度組裝好顯微鏡，並進行了試驗。同時，在不到兩天的時間裡，緬因州立大學表面科學技術實驗室的同事就為Hess製備好供檢驗顯微鏡效果的藍寶石晶體樣品。
對於同事們的幫助，Hess總是不勝感激。
2006年，《生物物理學期刊》(Biophysical Journal)刊登了Hess小組的科研成果。他們將這項研究成果命名為螢光光敏定位顯微鏡(fluorescence photoactivation localization microscopy, FPALM)。2007年，Hess小組證明了FPALM可以分辨細胞膜脂筏上的蛋白質簇。
莊曉威科研小組
與此同時，另一個研究小組——哈佛大學霍華德休斯醫學研究所(Howard Hughes Medical Investigator at Harvard University)的研究員莊曉威科研小組也在研究高解析度成像技術。
通過3D STORM觀察到的一個哺乳動物細胞內線粒體網狀系統。傳統螢光成像(左圖);3D STORM成像(中圖)，其中，採用不同顏色標記出z的位置;3D STORM成像中xy維圖像(右圖)。
其實，這三個小組都有一個共同的也是非常簡單的理念，那就是先獲得單分子螢光圖像，再將成千上萬個單分子圖像疊加在一起，獲得最終的高解析度的圖像。
早在2004年初，莊等人就已經意外發現了有一些花青染料可以用作光敏開關。這也就意味著這些染料既可以被激活發出螢光，也可以被關閉不發光，人們可以使用不同顏色的光束來隨意控制這些花青染料的開和關。
從那以後，莊等人就一直在研究如何用光敏開關探針來實現單分子發光技術。他們希望能用光敏開關將原本重疊在一起的幾個分子圖像暫時分開，這樣就能獲得單分子圖像，從而提高解析度。Eric Betzig小組和Samuel Hess小組也都採用了同樣的策略，只不過他們使用的不是光敏開關而是一種可以先被螢光激活繼而被漂白失活的探針。
2006年，莊的科研成果在《自然-方法》(Nature Methods)雜誌上發表，他們將這項成果命名為隨機光學重建顯微鏡(stochastic optical reconstruction microscopy, STORM)。使用STORM可以以20nm的解析度看到DNA分子和DNA-蛋白質複合體分子。
此後幾年，超高解析度螢光顯微鏡又得到了進一步的發展。現在，生物學家已經能夠使用超高解析度螢光顯微鏡在納米水平上觀察細胞內部發生的生化變化了。以往那些大小在200nm至750nm之間的模糊泡狀圖像再也無法對他們造成困擾了。儘管早在上世紀80年代，科研機構裡就已經出現了超高解析度顯微鏡的構思，但只是最近幾年裡這項技術才伴隨著它的商業化進程獲得了快速發展。現在，已經有幾十家實驗室安裝了這種最新型的顯微鏡並投入了使用。正像Lippincott-Schwartz所說的，超高解析度顯微鏡正在以飛快的速度被科研界接受，在生物學界更是如此。
超高解析度顯微鏡的成績
已經開始使用這些顯微鏡的生物學家對這項技術都表示出了極高的熱情。Jan Liphardt這位在美國勞倫斯伯克力國家實驗室(Lawrence Berkeley National Laboratory)工作的生物學家，還清楚地記得他2006年第一次在《科學》(science)雜誌讀到Betzig的那篇有關PALM技術的論文時的激動心情。當他看到那幅線粒體蛋白的圖像時立刻想到了該技術可以用於他自己的微生物研究領域。
Liphard說道：「通常，我們得到的大腸桿菌螢光圖像都只有20像素，甚至更低，現在突然有一幅幾千像素的圖片擺在你面前，你可以想像那是一種什麼感覺。」
Liphard現在正與Betzig以及其他一些研究人員一起研究大腸桿菌的趨化現象(chemotaxis)。Liphard還提到：「我從沒想到這項技術達到的解析度有這麼高，可以如此清楚地看到細胞內單個蛋白質分子的定位，甚至還能定量。而對我來說，每天的工作實際上就是在弄清楚這些蛋白質在什麼位置，什麼時候存在。而之前我們的研究主要採用間接方法。但超高解析度顯微鏡這項新技術是我從事科研工作這麼長時間以來，感觸最深，獲益最大的一項科技成果。」
美國丹佛市科羅拉多州立大學醫學院(Medicine at the University of Colorado Denver)的助理教授Nicholas Barry也正在和Betzig合作，他們使用了一臺蔡司的全內反射螢光成像系統(total internal reflection fluorescence imaging, TIRF)來研究腎細胞頂端胞膜上的蛋白質簇。
Barry指出，只需要一臺蔡司顯微鏡和普通電腦，差不多就足夠了。此外，他們還花費3萬美元添置了兩臺雷射發射器。現在，Barry等人可以在8分鐘內得到一幅圖像，這幅圖像由10000幀圖像合成，每一幀圖像上顯示10個分子。最後的圖像文件大小大約是0.3GB。Barry等人還使用Perl語言自己開發了一套免費程序。Barry表示：「這裡面包含了每幀圖像的資料信息，客戶可以根據這些信息進行相關計算。」Barry充滿信心地提到，很快就會有人為NIH的那套免費圖像分析軟體ImageJ開發出一套運算程序作為插件使用。
美國史丹福大學(Stanford University)化學及應用物理系教授W.E. Moerner曾於1989年第一個在試驗中使用光學顯微鏡得到了單分子圖像。W.E. Moerner教授表示，這幾年來，超高解析度顯微鏡研究領域已經取得了巨大的進展，終於達到了納米級單分子解析度。他興奮地說：「經過了近20年對單分子成像課題的研究，我們終於取得了完美的成果。」
展望
自從2006年STORM技術和PALM技術問世以來，科技工作者就一直在不斷努力，對它們進行改進、完善和提升。2008年，Lippincott-Schwartz的研究團隊將PALM技術和單顆粒示蹤技術(single-particle tracking)結合，成功地觀測到活體細胞胞膜蛋白的運動情況。同年，莊小威研究組在《科學》(science)雜誌上也發表了他們的3D STORM成像成果，該技術的空間解析度比以往所有光學3D成像技術的解析度都要高出10倍。論文中，他們展示了用3D STORM成像技術拍攝的腎細胞內微管結構圖和其它的分子結構圖。隨後，他們又進一步將該技術發展成了多色3D成像技術(multicolor 3D imaging)。Gustafsson，還有其他一些科研工作者使用3D SIM技術(該技術使用3束幹涉光，而不是常見的2束)觀察到了共聚焦顯微鏡(confocal microscopes)無法觀測到的哺乳動物細胞核內結構。位於德國的世界知名光學儀器製造公司蔡司公司進一步發展了SIM和PALM技術，不過他們將PALM稱為PAL-M。蔡司公司預計將於2009年末推出全新的成像產品。
2008年，Hell小組使用STED技術通過抗體標記目標蛋白，觀察到了活體神經元細胞中突觸小泡(synaptic vesicles)的運動過程。同年稍晚些時候，他們又使用4Pi顯微鏡和STED技術得到了固定細胞內線粒體的3D圖像，解析度達到了40至50nm。最近，他們又使用超高解析度顯微鏡成像技術對腦切片組織中的形態學變化進行了研究，並得到了活體神經元細胞樹突棘(dendritic spines)的3D圖像。
PALM在哺乳動物細胞內拍攝到的粘附複合物。
由於最近幾年這些新技術的不斷湧現，現在可以對活體細胞進行三維觀察了。Gustafsson指出，隨著PALM技術和STORM等新技術的出現，以前很多看起來不可能的事情現在都變得可能了。
儘管已有許多科學家從這項技術進展中獲益，但是仍然可以進一步提高，以使更多的研究人員能夠在自己的工作中使用它。到目前為止，那些成功應用此項技術的實驗室都採取了正確的技術組合：研究人員可以很好地將物理學與生物學相結合——他們將顯微鏡裝配並做適當的調節，然後用它對生物學樣品進行檢測。Moerner指出，軟體的編寫也不容小覷：對檢測到的光子進行定位和報告需要進行準確計算，從而得到合適的解析度。
僅僅是顯微鏡的價格就已經限制了它的普及性，Leica’s TCS STED顯微鏡高達100萬美元。因此，如何獲得相應的資金來購置顯微鏡仍然是擺在研究人員面前的一個難題，位於丹佛市的科羅拉多大學(University of Colorado)光學顯微鏡組主任Bill Betz這樣說道。
Betz曾申請用於顯微鏡購置的資金，但遭到了拒絕。但他表示，他們已經計劃再次申請相關資金。而Stefan Hell曾指出，雷射領域的技術進展已經可以使得研究人員自己在實驗室內構建一個STED平臺，花費只需不到10萬美元。
除了要將這一技術方法普及，使生物學家能夠加以利用之外，該項技術的研發人員還表示，他們已經開始致力於研究更寬範圍及更多樣的螢光探針了。更好的探針當然能夠為我們帶來更高的解析度及更快速的圖像處理。美國紐約阿爾伯特•愛因斯坦醫學院(Albert Einstein College of Medicine)解剖學及結構生物學副教授Vladislav Verkhusha說到：「為了對活體哺乳動物細胞進行研究，你就需要有一整套的螢光標記蛋白和可通過光控開關控制的蛋白質。」他本人在螢光蛋白領域的研究工作就受益於PALM的出現。
莊曉威的眾多項目之一便是與Alice Ting及其在麻省理工學院(MIT)的實驗室合作，對蛋白標記技術進行研究，希望能夠找到一種方法可以將小和明亮的光控開關可控的探針標記於細胞的特異蛋白上，從而可以對活細胞進行成像。她提到：「將遺傳標記方法與小而明亮且可被光控開關控制的探針結合在一起，將是今後發展分子級別超高解析度成像的十分理想的一種方法。」
儘管研發人員還將繼續努力，以進行相應技術的提高，但是超高解析度螢光顯微鏡更加廣泛的應用還是毫無疑問地成為新的一年的標誌。Harald Hess說：「這一技術的確會為生物學家的工作帶來很大的幫助。同時，我們也在不斷詢問，『你們想要用它做什麼精彩的實驗?』事實上，我們也得到了許多精彩的答案。」