中科院植物所等揭秘構樹基因組組成及根系菌群—新聞—科學網

2020-12-06 科學網

構樹用於造紙、飼料和醫藥等領域。圖片來源:《分子植物》

本報訊(記者唐鳳)大約3100萬年前,構樹與桑樹分開,進化出了獨特的纖維內皮。構樹低木質素、高纖維素的獨特比例,使其營養豐富,易被牲畜消化吸收,這也可能是它可以與土壤微生物共生的原因。中國植物學家首次破譯了構樹的基因組,通過對基因組的解析發現了這種聯繫,並於2月27日在《分子植物》上發表了該成果。

中國科學院植物研究所、北京百邁客生物科技有限公司等機構的研究人員合作,利用單分子實時測序、光學和遺傳圖譜等方法,獲得了構樹的染色體尺度基因組組裝。組裝的構樹基因組包括386.83Mb,接近預估值。

此外,通過比較基因組分析,研究人員發現構樹類黃酮合成基因家族擴張,類黃酮含量提高。而紫丁香基木素和愈瘡木基木素比例的增加,更突顯其在醫藥、飼料、造紙等方面的應用價值。

該研究組還鑑定了構樹根系的相關菌群,發現構樹根系富含假單胞菌和根瘤菌,其可能通過共生固氮為其莖葉提供氮源。這些結果表明,構樹可能經歷了適應性進化,並「招募」了固氮微生物,提高了類黃酮的產量並改變木質素構成,從而促進自身生長。

「構樹的獨特與中國古代相剋相生、此消彼長的哲學道理一致,這表明構樹是一種非常智慧的樹。」中科院植物所植物學家沈世華研究員表示,「人類和牲畜都能從構樹和微生物的共生關係中受益。」

相關論文信息:DOI:10.1016/j.molp.2019.01.021

《中國科學報》 (2019-03-05 第3版 綜合)

相關焦點

  • 昆明植物所解析極小種群野生植物漾濞槭全基因組—新聞—科學網
    記者從中科院昆明植物所獲悉,該所極小種群野生植物綜合保護團隊完成了漾濞槭全基因組測序、組裝,獲得了近於染色體水平的高質量全基因組
  • 600餘學者研討植物基因編輯技術與應用—新聞—科學網
    近日,第七屆全國植物生物技術與產業化大會暨植物基因編輯技術與應用專題研討會在揚州舉行,圍繞「植物基因編輯與分子育種」這一主題,來自全國145所高校與科研院所的
  • 蕓薹屬植物基因組三維結構與進化機制有關—新聞—科學網
    白菜和甘藍全基因組染色質交互熱圖   近日,中國農業科學院油料作物研究所(以下簡稱油料所)種質資源團隊在蕓薹屬基因組進化方向取得重要研究進展,成功繪製白菜與甘藍的三維基因組圖譜,發現基因組三維結構與其同源基因保留機制存在密切聯繫,為蕓薹屬物種的功能基因組研究與分子育種提供了重要理論指導。
  • 科學家繪製水稻根單細胞轉錄組圖譜—新聞—科學網
    在植物整個生命過程中,根尖不斷分化發育,形成的根系從土壤中吸收水分和礦質元素,參與植物與生物或非生物信號的互作,並起到固定植株的作用。
  • 植物根系知多少?—新聞—科學網
    根是種子植物的六大器官之一,通常位於地表之下,它不僅能為植物地上部分提供支撐,還能從土壤中吸收水分和養分等滿足自身生長,它是植物重要的營養器官。
  • ISME:中科院南京土壤所褚海燕組揭示關鍵菌群的生物多樣性決定作物...
    其他微生物生態集群(Module #1-2)與關鍵微生物集群不同, Module #1包含了最多的潛在植物致病菌,且優勢菌群之間負相關關係較多(圖2A);Module #2包含了較多的細菌—叢枝菌根真菌之間的相關性,且優勢菌群與功能基因豐度之間的相關性不顯著 (圖2B)。
  • 中科院植物所發現植物春化表觀水平新調控點—新聞—科學網
    本報訊(記者丁佳)記者日前從中科院植物研究所獲悉,該所研究員、中科院院士種康率領的團隊通過表觀組學分析,發現了春化作用中表觀水平的一個新的重要調控點
  • 中科院遺傳發育所60年的發展備忘錄—新聞—科學網
    2019年,中國科學院遺傳與發育生物學研究所(以下簡稱遺傳發育所)在該所成立60周年之際,編著了《築夢科學:一個國立生命科學研究機構的創新之路》(以下簡稱《築夢科學》),便是科研機構「善於總結歷史」的一個典範。 若談到總結歷史,一些科研機構(研究所、高校等)常規做法,便是老掉牙的老三篇——「溯源、徵程、成就」,所友、校友讀起來都覺得索然無味,遑論他人。
  • 腸道菌群重磅裡程碑:20.5萬基因組+1.7億基因被鎖定
    遙想十年前Science和Nature發表的微生物組裡程碑研究中鑑定出的178個微生物基因組和330萬個微生物基因(查看文章)(查看文章),這十年間科學家們在微生物組參考基因集方面的進展速度可謂是呈指數級增長。
  • 天冷了,腸道菌群幫你禦寒—新聞—科學網
    日前,他們在《國際微生物生態學會會刊》(The ISME Journal)上發表的一篇論文,揭示了腸道菌群在布氏田鼠體溫調節和代謝產熱過程中發揮的作用。 腸道菌群介導低溫適應 研究人員發現,在4℃左右的空調房裡待過4周後,布氏田鼠除了出現體重下降、攝食量增加、產熱能力增強等常規反應外,它們腸道菌群的組成和比例也發生了改變。
  • 作物根系轉錄組與根中的真菌群落結構有什麼樣的特點呢?
    植物細胞可以感知微生物釋放的信號分子並啟動免疫防禦代謝反應,而且普遍認為植物免疫防禦系統是影響其根際微生物群落結構的主要因素。另外,將分別來自擬南芥(不滅菌培養)根系和葉片的相同種類細菌,按一定比例組合,組成「人工細菌群落」,接種到種植擬南芥的無菌土壤中。
  • 高通量分離培養和鑑定植物根系細菌的實驗流程與分析方法
    #植物根系微生物組的研究主要依賴於高通量擴增子和宏基因組測序技術,對微生物組的物種分類和基因組成進行描述。原位分離培養微生物對於揭示微生物在植物生長和健康中的功能非常重要。分離培養的微生物和無菌體系相結合,將揭示根系微生物與植物生長表型之間的因果關係和互作機制,是推動根系微生物組從描述向功能研究發展的重要技術。白洋研究組在Nature Protocols 雜誌撰寫文章詳細介紹高通量分離培養和鑑定植物根系細菌的實驗流程與分析方法。
  • 有了這一類細菌,植物根系可正常生長
    通過對微生物群落中不同菌群兩兩相關性進行細分,分開的四個模塊顯示出不同群落與植物性狀之間存在相關性。進一步分析不同模塊菌群對植物發育的影響,猜測模塊A菌群中存在一類菌落,減弱其他菌群的根系發育抑制(Root Growth Inhibition, RGI)
  • 植物所等在玉米抗旱基因克隆和功能研究方面取得進展
    植物所等在玉米抗旱基因克隆和功能研究方面取得進展 來源:植物研究所   發布者:左麗媛   日期:2016-08-24   今日/總瀏覽:1/1485
  • 中科院植物所揭示介導小麥開花新機制—新聞—科學網
    記者日前從中國科學院植物研究所獲悉,由該所研究員、中科院院士種康率領的研究團隊利用蛋白質修飾組學和分子生物學策略,揭示了糖基化修飾和磷酸化修飾動態調控春化作用
  • COM:根系微生物組研究中的合成群落還原法
    新聞稿中科院遺傳發育所發表「重組菌群體系在根系微生物組研究中的應用植物根係為微生物提供大量聚集棲息和繁衍的場所。這些微生物及其相互關系統稱為根系微生物組。根系微生物組伴隨著植物的整個生長周期,幫助植物吸收營養、抵抗病害和適應脅迫環境。根系微生物組研究目前主要以描述性研究為主,重組菌群體系為研究根系微生物組與宿主植物互作的功能和機制提供了前所未有的機遇。
  • 千種植物轉錄組計劃發布新成果—新聞—科學網
  • 中外學者揭示環境對人腸道菌群和耐藥基因組影響—新聞—科學網
    華南農業大學、嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室和國家獸醫微生物耐藥性風險評估實驗室劉雅紅教授團隊與中外合作者,發現人體和環境間存在廣泛的菌株和基因交換
  • 基因重組讓植物也能吃肉—新聞—科學網
    圖片來源:PASCAL GOETGHELUCK/MINDEN PICTURES 植物是如何進化出肉食性的?在1960年上映的一部美國恐怖電影——《恐怖小店》裡,只需要一滴人血。但在現實生活中,卻沒有這麼簡單。 現在,一項針對三種密切相關的食肉植物的研究表明,基因的巧妙重組幫助它們進化出捕捉和消化富含蛋白質食物的能力。
  • 231.菌群物種組成堆疊柱狀圖、弦圖、詞雲
    231.菌群物種組成堆疊柱狀圖、弦圖、詞雲本節作者:文濤,南京農業大學;劉永鑫,中科院遺傳發育所版本1.0.3,更新日期:2020