二代基因測序(next generation sequencing, NGS)又稱為高通量測序,該技術能夠同時對上百萬甚至數十億個DNA進行分析,實現了高通量測序的目標。目前國外已發表了多個NGS檢測技術指南,包括《二代測序診斷指南》、《基於二代測序的腫瘤panels驗證指南》等。我國近年來也發表了多個NGS專家共識,包括《臨床分子病理實驗室二代基因測序檢測專家共識》、《臨床基因檢測報告規範與基因檢測行業共識探討》、《二代測序技術在腫瘤精準醫學診斷中的應用專家共識》、《二代測序技術在血液腫瘤中的應用中國專家共識(2018年版)》等。
然而,現有指南通常側重檢驗科室的技術參數標準,尚缺乏可指導NGS檢測在實體瘤臨床診療路徑中應用的指南或共識。我國非小細胞肺癌(NSCLC)患者數量龐大,精準治療藥物的可及性高,全面而準確的腫瘤基因診斷結果已經成為肺癌醫師臨床診療的剛需。2020年9月,《二代測序技術在NSCLC中的臨床應用中國專家共識(2020版)》於中國肺癌雜誌正式發布,旨在為我國NSCLC臨床診療規範使用NGS這一新型基因檢測技術提供指引。
(來源:中國肺癌雜誌,下同)
常規推薦進行NGS檢測的NSCLC患者
共識1
推薦所有病理診斷為肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新發或術後復發的NSCLC患者常規進行基因檢測。【I級推薦】
對經小標本活檢診斷為含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鱗癌,以及年輕或不吸菸/少吸菸肺鱗癌患者,也推薦進行基因檢測。【II級推薦】
NGS和傳統檢測方法的比較
共識2
針對敏感型突變發生率高的NSCLC患者(見「共識1」),常規基因檢測結果為陰性時,建議使用中國國家藥品監督管理局(National Medical Products Administration, NMPA)或美國食品藥品監督管理局(Food and Drug Administration, FDA)批准的NGS產品進行復檢。【III級推薦】
晚期新發或術後復發NSCLC患者首次進行基因檢測的目標範圍推薦
共識3
針對晚期新發或術後復發的NSCLC患者,首次檢測建議採用NMPA批准的檢測產品,檢測至少包括NSCLC常見驅動基因: EGFR突變(應涵蓋18號、19號、20號、21號外顯子),以及ALK融合、ROS1融合。【I級推薦】
NSCLC少見驅動基因
共識4
針對晚期新發或術後復發的NSCLC患者,結合患者實際臨床情況,如需獲得更多的潛在靶點信息,首次檢測建議採用NMPA或FDA批准的檢測產品,檢測包括BRAF V600E、KRAS(如G12C等)、NTRK1/2/3融合、MET 14號外顯子跳躍突變和MET擴增、ERBB2 20號外顯子插入、RET融合等少見驅動基因變異。【II級推薦】
NSCLC常見/少見驅動基因的罕見變異形式
共識5
共識3和共識4中基因檢測均為陰性的NSCLC患者再次檢測時,建議採用NMPA或FDA批准的NGS產品,檢測包含EGFR罕見變異形式(包括激酶區重複和融合)、BRAF罕見變異形式(包括激酶區重複和融合)、MET罕見變異形式(包括激酶區重複和融合)、ERBB2融合等罕見變異形式。【III級推薦】
免疫治療療效及預後生物標誌物
共識6
結合患者實際臨床情況,如需獲取免疫治療相關的分子標誌物信息,晚期新發或術後復發的NSCLC患者,建議採用NMPA或FDA批准的NGS產品進行檢測,檢測包含MSI、tTMB、免疫治療正負向相關基因和免疫治療超進展相關基因在內的免疫治療相關分子標誌物。【III級推薦】
NGS檢測平臺的選擇
共識7
在條件允許的情況下,如患者有意願獲取最為全面的基因變異信息,晚期新發或術後復發的NSCLC患者,首次基因檢測可以自行選擇NMPA或FDA批准的CGP NGS檢測產品,在全面了解腫瘤基因組信息的基礎上制訂一線治療方案。【II級推薦】
NGS液體活檢可以作為組織檢測的重要補充
共識8
晚期新發或術後復發的NSCLC患者,首次基因檢測組織樣本不足或組織檢測失敗時,經NMPA或FDA批准的液體活檢檢測產品可作為輔助或補充。【II級推薦】
對於腦轉移患者(包含腦膜轉移),有證據表明腦脊液ctDNA體現出比血液ctDNA更好的檢測性能,在條件允許的情況下,優先使用腦脊液進行液體活檢。【III級推薦】
有證據表明,胸腔積液ctDNA體現出比血液ctDNA更好的檢測性能,在條件允許的情況下,在胸腔積液沉渣中病理分析檢出腫瘤細胞的前提下,優先使用胸腔積液進行液體活檢。【III級推薦】
靶向治療耐藥NSCLC患者進行基因檢測
共識9
對於靶向治療耐藥後的患者,為了更好地指導後續治療方案的選擇,建議使用NMPA或FDA批准的CGPNGS檢測產品再次進行檢測。【II級推薦】
共識10
靶向治療耐藥後優先選擇再次活檢,如無法再次進行組織活檢或活檢組織樣本不足時,可使用經NMPA或FDA批准的CGP NGS液體活檢檢測產品進行補充檢測。【II級推薦】
NGS檢測中標本類型和檢測流程的規範
共識11
NSCLC的NGS檢測樣本的採集處理和保存應符合規範要求。未接受過靶向/免疫藥物治療的患者,NGS檢測應首選經病理評估的組織樣本。接受過靶向/免疫藥物治療的患者,應儘可能使用治療後的樣本。【I級推薦】
共識12
NSCLC的NGS檢測流程應符合規範要求,配備完善的標準操作流程和獨立的質量控制程序。【I級推薦】
NGS檢測報告的臨床解讀
共識13
二代測序技術為NSCLC患者帶來了更多更全面的基因突變信息,倡導各單位組建NSCLC-MTB,以正確解讀基因檢測的結果,制定個體化臨床治療決策。【II級推薦】
小結
二代測序技術的全面應用,將為NSCLC患者個體化臨床診治奠定基礎。未來可以通過對患者臨床診療信息、基因檢測結果、後續治療方案的全程管理,建立NSCLC患者個體化精準治療平臺,同時積累真實世界數據,不斷豐富和完善我國NSCLC患者的個體化診療全景圖。此外,重視腫瘤臨床醫師與病理科醫生、分子生物學及生物信息學專家的合作,構建分子腫瘤專家委員會的新型多學科診療模式也是腫瘤臨床和研究的重要發展方向。
參考資料:
中國臨床腫瘤學會非小細胞肺癌專家委員會. 二代測序技術在NSCLC中的臨床應用中國專家共識(2020版). 中國肺癌雜誌, 2020, 23(9): 741-761.