實際上，中觀學派視空、空性為離開人們思維和語言的直覺世界的真實本質，這就是排除思維、拒絕語言的人為區別，用以凸現世界本相、本性、本質的本體之學。中觀學派所講的空、空性是標示世界本質的哲學範疇，是有其特定內涵和豐富意蘊的，並不是通常講的「無」。中觀學派說的空、空性不是無本體，非本體，而是即本質，即本體。空、空性即是中觀學派本體之學的核心思想。
和說一切有部的本體觀念不同，中觀學派反對通過語言把本體實體化、本原化，反對視本體為實有現象的本原，把本體和現象分離和對立起來。認為說一切有部的本體說是不符合宇宙萬物的真實本性的。中觀學派把說一切有部的實有本體視為是空性的，在此基礎上又把說一切有部的本體與現象的關係加以逆轉，認為現象不是本體呈現的影子，只要除掉虛構實體化本體的障蔽，現象即是顯露其本相的世界。中觀學派否定本體與現象兩重世界說，認為兩重世界是用語言加以虛構的結果，強調只有一個世界，這就是離開思維和語言虛構的真實世界，也即空的世界。空是世界的真實，空就是世界的本體。中觀學派在以空消解了實有的本體之後，又邏輯地確立了空的本體意義。
從中觀學派本體理論的思維邏輯來看，它否定語言的作用，但是為了宣傳佛法理論教化眾生，中觀學派也需要利用語言，在肯定語言的日常作用的意義上，此派也邏輯地蘊涵了語言的世界與真實的世界相區別的兩重世界說。
三、本體心識說
中觀學派的本體學說，從佛教修持的角度來看，大有導致眾生主體思維活動和心性修養失落的危險，有鑑於此，有的佛教學者又在萬物性空的基礎上，轉而從不空的角度來探索主體與本體的關係，把本體納入主體之中，甚至歸結為主體。在這一理論轉型中，出現了兩種思維理路，兩種派系：一是著重探究心的本性，為如來藏系；一是著重闡發心識活動，為唯識系（瑜珈行派）。從心的本性去考察，如來藏系提出了眾生成佛的質地與根據的如來藏思想和佛性觀念。此系還視佛性為空性，認為佛性不僅是眾生成佛的根源，還是宇宙萬物的本性，因而也具有宇宙萬物的本體意義。從心識活動考察，唯識系等一般地是把世界還原為表象，把存在歸結為認識，進而把心識作為包括眾生在內的宇宙萬物的根源、本體，眾生必須通過把心識轉換為智慧，才能成就佛果。此系學說直接論及到心識與存在的關係，突出了心識為萬物的本原思想。我們著重論述此系學說。在唯識系眾多的派系中，我們將以無著、世親所代表的唯識系的主流思想作為論述的重點。
大乘瑜珈行派（有宗）的唯識本體說，是一個多層次的複雜學說，是唯識學認識論體系的核心內容，其間涉及心識、阿賴耶識和種子諸說，也涉及三性說，理清這些概念的思想脈絡及其相互關係，對揭示唯識思想的實質，把握該派獨特的本體學說，看來是很有必要的。唯識學思想體系的基本命題是「萬法唯識」，「一切唯識」，「唯識所變」，「唯識無境」。「唯」，僅，不離；「識」，心識。這些意義相近或相同的命題是說，心識是認識的前提，心識所分別的一切事物（「萬法」）都是心識的變現，都不離心識。除了識的變現，此外沒有任何實在性。也就是說，世界的一切，都是不實在的，都只是由心識映現出來的表象而已。《唯識三十論頌》云：「是諸識轉變，分別所分別；由此彼皆無，故一切唯識。」（《大正藏》第31卷，第61頁上）「分別」，指能夠分別，即主觀的心識；「所分別」，指被分別，即客觀的對象。這是說，由主觀的心識和客觀的對象兩個方面形成的現象世界，都是唯識所變，都離不開識的變現，也就是萬法唯識，一切唯識。《成唯識論》卷七也云：「一切有為無為，若實若假，皆不離識。唯言為遮離識實物。」（《大正藏》第31卷，第38頁下）說世界上的一切現象，無論是有為的還是無為的，也就是說若實的或若假的，都不離識的變現，都不是離開識的實在之物。瑜伽行派所講的唯識，是針對著境而說的，是著意以境與識相對比，強調一切客觀的外境，外界的對象，都無實在性，都無非是主觀的心識的虛妄變現而已。這謂之唯識無境。就識、境對比的相對意義而言，境無實在性，識有實在性。然就究極意義而言，識也是非實在的，因為由識生起的種種現象也都是虛妄的，都與煩惱相連，所以識也應舍掉。瑜伽行派認為，眾生成佛的根本途徑就在於轉識成智，即捨棄心識轉為智慧。
從哲學的角度考察，上述唯識的「識」無疑是存有論或本體意義的抽象本體，這一心識本體又是如何變現世界現象的呢？根據瑜伽行派的有關論述，大體上可以歸納出兩種密切相關的思路，兩種相輔相成的論證：識分化說和種子生現行說。
先說識分化說：識，作為本體，必須變化出現象，以顯示、展開自身，這也就是識自身的分化。識，識別、了別作用，有認識論意義，但作為心理感受能力的情識而言，是與主觀虛妄執著俱起的作用，主要是心理學意義，且是負面價值的意義。瑜伽行派把識分為八類，即：眼、耳、鼻、舌、身、意、末那、阿賴耶。前五種識是對具體對象的感性認識，第六種識是認識抽象概念。第七末那識是一種我執作用，它意識到自我，執取第八識見分為我，故稱為我識，即自我意識。第八阿賴耶識，是八識中最主要的，它是生起前七識的基礎，故稱根本識；也是一切現行識種子的貯藏之處，又稱藏識。它隱藏在心的最底層，是被覆蔽著的、潛在的意識，是為下意識。對於識變現為現象，《成唯識論》卷一說：「變為識體轉似二分，相見俱依自證起故。依斯二分，施設我法。」（《大正藏》第31卷，第1頁上、中）「二分」，即相分和見分。相分，客觀的認識對象；見分，主觀的認識主體。「自證」，自證分，是認識主體了別對象的自覺的功能。「我法」，自我與諸法，即主體和客體。這是說，八識的識體即自證分，變現為相分和見分，虛假地安置設立主體的自我和客體的對象，現象世界便由此生成。瑜珈行派強調，心識為了顯現其自身，便變現為相見二分，並以見分的主體身份，去了別並執取作為客體的相分，將所執取相分的相似形狀視為實有自性。其實這是心識的虛妄的變現作用。
由上可知，識體是指識的體，自體，即自證分，也作自體分。它能對見分認識相分，作自覺的證知。《成唯識論》卷二云：「相分是所緣，見分名行相，相見所依自體名事，即自證分。」（同上書，第10頁中）作為相分與見分的「所依」，識體較相分與見分更深一層，它是客觀對象與主觀心識兩個方面，即現象世界生起的依據、根源。由此可見，識作為世界一切現象的形而上本體，是指識的自體，即自證分而言。含藏在識的深層的識的自體是瑜伽行派本體觀念重要意義之所在。
再說種子生現行說。瑜伽行派在闡述八識在分別變現現象世界的同時，還特別強調第八識，及貯藏在該識中的種子的獨特作用。如上所述，阿賴耶識是七識的根本，是宇宙萬物的依據。所謂萬物唯識所變，實質上是唯阿賴耶識所變，具體說，前五識是倚仗阿賴耶識相分中的器界（山河大地）為本質而變現其相分，如色、聲、香、味等。第六識有時單獨追憶、思慮過去或未來的影相而變現其相分，有時則或倚仗阿賴耶識的相分中的器界而變現相分，呈現物質世界現象，或倚仗阿賴耶識的見分而變現其相分，呈現自我。第七識倚仗阿賴耶識的見分或種子為「我」，生起自我意識，並形成種種煩惱。至於阿賴耶識自身，則是變現器界並以其為對象而攀緣之。可見，除第六識變現過去或未來的事相外，七識都要依賴阿賴耶識的見分或相分，才能生起各自的相分，即生成世界現象。也就是說，阿賴耶識之所以是七識的根基，其原因在於它攝持著七識的種子，也即含藏著萬物的種子。瑜伽行派認為，眾生心識活動的影響力是永遠不會消失的，它會作為種子貯藏在阿賴耶識中，並能引發爾後的心識活動，即生成現象，種子實是世界萬物生成的根源。可以這樣說，所謂唯識所變，實質是唯阿賴耶識所變，進一步說，所謂阿賴耶識所變，其核心是阿賴耶識中的種子所變。
從種子變現出不同現象的角度，瑜伽行派還把種子分別為兩類：一是能生佛教智慧、覺悟的無汙染、無煩惱的種子，稱為「無漏種子」；二是能生眾生界各種現象的汙染、煩惱的種子，稱為「有漏種子」。進一步又把有漏種子分成兩類：一是能產生與種子同類現象的種子，稱「名言種子」。名言，名字、名稱、語言、概念，名言種子是由語言、概念作用在阿賴耶識中所燻成的種子。另一類是以善惡業而生果報的功能，它能協助無善惡之分的名言種子，召生未來果報，稱「業種子」。瑜伽行派認為，眾生世界的諸現象是名言種子和業種子相結合而產生的，也即語言、概念和善惡行為的功能作用所生起的現象。其中名言種子是生起與種子同類現象的直接原因（「親因緣」種子），名言種子又分為互相對說的兩種：一為表義名言種子。「表義名言」是指名言、詞句、文字等表現事物意義的名言。第六識攀緣表義名言，隨語言聲音、文字而變現出各種相應事物的相狀，由此而燻成的種子為表義名言種子。二為顯境名言種子，這是指攀緣前七識見分為境而燻成的種子。瑜伽行派又從受用的角度把名言種子分為共相和自相（不共相）兩種。如為共同享用的山河大地等是共相，生起共相境界的種子為共相名言種子。僅供自身受用的個人身體是自相，生起自相境界的種子為自相名言種子。這兩種種子是分別在相應的業種子的協助下召感共相或自相的。由此看來，瑜伽行派的「種子說」十分重視名言種子在形成世界種種現象中的重要意義，這是極富獨特理論色彩的現象本原說。
瑜伽行派把種種變現現象的論說概括為「種子生現行」（「種生現」）的命題。《成唯識論》卷二云：「能燻生種，種起現行。」（《大正藏》第31卷，第10頁上）「能燻」，此指現象世界，也即「現行」。「種」，種子。這是說，現象世界有燻生形成種子的作用，而種子作為原因又生起現象世界，如此循環往復不已。由此也可以說，種子是現象世界（現行）的潛在態，現象世界是種子的顯現態。種子與現象世界是識的一體兩面，是同一識的兩種不同形態。如前所述，識自身（自分體，自證分）轉似為見分與相分，此二分各有其潛在態和顯現態，就是種子生現行的情景，也就是精神本體變現為現象世界的情景。
這裡還應當強調指出的是，瑜伽行派認為心識也是有情眾生的本體。按照瑜伽行派的理論，有情眾生的阿賴耶識及其種子的不斷活動，牽引眾生不斷輪迴轉生。眾生死後，阿賴耶識內含藏的精神性的種子並不消失，且繼續流轉。可見，種子實是眾生輪迴的主體，也可說是不滅的靈魂。至於阿賴耶識中含藏的無漏種子，則是有情眾生的終極價值的主體，是有情眾生發心修持乃至成就佛果的根本。瑜伽行派這一層面的本體論涵義具有更鮮明的宗教意義。
從上述可知，心識→阿賴耶識→種子既是世界現象的本體，也是主體眾生的本體，也就是宇宙萬物的本體。由此看來，瑜伽行派的本體有這樣一些特質：一是精神性，本體是一種精神力量、功能、作用，而不是實體；二是多層次性，心識，阿賴耶識，種子，有種種層次差別，又同為本體；三是多樣性，不同眾生的阿賴耶識是不同的，種子不僅有不同的類別，而且還不斷由現行燻生出新的種子；四是變化性，種子在不斷生滅，不是永恆不變的；五是虛妄性，心識本體的變現活動是盲目、染汙的，應當轉化為智慧。瑜伽行派對本體的這種種規定，在當時引起了一些爭論，如阿賴耶識是清淨的真識還是染汙的妄識？無漏種子與有漏種子的關係如何？在這些問題上，始終沒有求得一致的說法。
瑜伽行派還以心識的不同層次認知活動來說明一切現象的三種存在形態，說明世界萬物的染淨差別。這就是著名的三性（三自性）說。三性為：（一）遍計所執性，這是對由因緣和合而生的、無實體的事物加以周遍計度，虛妄執取，以為是實有的存在。（二）依他起性，是說一切事物都是倚仗他緣而得生起。（三）圓成實性，是在依他而起的一切存在上不起遍計所執，而是體證人空法空所顯真如理性，即圓滿成就一切存在的實性。由此看來，遍計所執性與圓成實性都和依他起性連在一起，或者說，依他起性也是與遍計所執性或圓成實性相連在一起的。由此又可以說，三性中的依他起性是中性的，遍計所執性是染性的，圓成實性是淨性的，也就是說，一切依他而起的存在可歸結為染淨兩種形態。
現象之所以有不同的存在形態，其原因就在於心識的活動。識的虛妄分別是遍計所執，識的變現是依他而起，識體悟依他而起的真實空性是圓成實。虛妄分別是染識，圓成實是淨識（是無漏種子，實是智慧），依他起則並無或染或淨的活動。由此可見，心識的虛妄染汙與真實清淨的活動導致了染法淨法兩種形態的存在。心識的不同性質決定了存在的不同形態。
瑜伽行派就事物的三種形態（三性）又各立有、空（無）兩種對立，強調遠離有、空兩邊，以彰顯非有非無的中道真理。這稱為「唯識中道」。具體說是：遍計所執性是迷情妄執所致，是情有，故非空；從理上說是無，故非有。依他起性是由識所變現，故是非有，有空；又是似有，故是有。圓成實性是無固定的自性，故是空，是非有；又因空無自性而能自在變現，故是妙有，是非空。此派也認為，在空性的基礎上，遠離有、空兩邊，才能臻於不偏不倚的中道之境。
在揭示瑜伽行派的本體觀念的特質後，我們再來總結其本體論學說的思維進路：一是不從客觀世界去尋找外在性的統一本體，而是轉向人的自身，從主體精神活動中尋找內在性的各自的本體，以人的心識為本體，心識即本性，把主體與心識統一起來，從而極大地高揚了主體性。二是將心識本體活動展現為了別作用與變現現象兩方面，而這兩方面又是相俱不離的，這就是說，主觀的了別與客觀的變現、認識與現象、心與物是統一在心識裡頭的，從而形而上地置心識於心物、主客之先，並消融了心物、主客的對立。三是認為識本體變現為現象（見分與相分）並體現在現象裡；現象的影響力並不消失，也積澱在阿賴耶識中，並形成為潛在的新種子，也就是即將變現為現象的新本體。現象是本體的現象，本體是現象的本體，本體與現象互相滲透，打成一片。可見，在心識說的基礎上，突出本體與主體的統一，主體與客體的統一，主體與現象的統一是瑜伽行派本體論學說的基本特色。
瑜伽行派的唯識本體論，強調世界的一切存在只是由心識所映現出來的表象，都是非實在的，這正如此派所自我標示的是典型的唯心主義學說。然這種唯心主義是在一定範圍一定意義上講的。瑜伽行派側重從主觀世界、從主體精神活動的角度去探求主體與客體的關係，探索客體的本質及其對於主體的意義，也就是從主體對世界的認識和世界對主體的價值視域，強調主體心識對客體的決定作用，宣揚唯識所變，唯識無境，顯示出唯心主義的理論立場。同時，瑜伽行派不僅強調心識的虛妄性必須舍離，而且也肯定認識的生起必須有客觀對象（「所緣緣」），對於物質現象（「色」）只是說空無自性，並不是籠統否定。從另一角度看，也可以說，還有承認外在世界存在的一面。
綜上所述，我們似可以對印度佛教的本體論哲學得出如下的基本看法：
（一）印度佛教為了追求解脫而探討人生和宇宙萬物的本性、本質，由此而有了自身的本體論學說。從印度佛教本體論發展理路來看，它是由探討宇宙萬物的本性、本質，進而探尋宇宙萬物的根據、本原，並歸結為「萬法唯識」，從而為眾生超凡轉聖、成就為佛提供了本體根據。
（二）印度佛教為了引導眾生修持佛法，體悟宇宙人生的真實，首先認定眾生自我的空無自性，但不抽象地否定人以外事物的實在體，即不否認構成事物要素及感覺的實在性，隨後又進一步認定構成事物要素及感覺的空無自性，從而形成一切皆空的思想，這成為大乘佛教的普遍共識。
（三）佛教的空無自性、一切皆空的思想，並不是一種無本體之學。而是否定實體性、本原性的本體之學，肯定空性是萬物的本性、本質，是從事物的本性、本質的角度，以空性為本性，是一種空性本體之學。
（四）在佛教不同派別本體學說的前後變遷過程中，存在著旨趣相同的基本線索——人生、宇宙萬物的緣起無自性（空）。自釋迦牟尼提出無我說後，不久就出現了說一切有部肯定感覺、感性為實有本體的學說，此說經過經量部的批判，後來又形成大乘中觀學派以空性為本體的學說，以後又有大乘瑜伽學派出現，也就是印度大乘佛教最終以眾生的心識為宇宙萬物的本原。此說不僅把主體與客體統一起來，為眾生成佛提供了內在可能，而且也為眾生轉識成智，成就為佛，提供了切實的方向和可操作性。以上諸種論說雖有不同，但根本精神是一致的。此外，佛教本體論雖具有鮮明的唯心主義色彩，但這不是說，它是籠統地、絕對地排斥外部世界存在的。