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不僅是DNA,基因編輯脫靶還會造成RNA突變!好在上海科學家讓單鹼基...
今年3月,由上海科學家主導的研究適時為這項熱得發燙的技術「降溫」——通過新型脫靶檢測技術,研究人員發現,近年來興起的單鹼基編輯技術有可能導致大量無法預測的脫靶。在此基礎上,團隊又有了新的收穫!記者從昨天的新聞發布會上獲悉,團隊進一步研究發現,脫靶效應會導致RNA突變,且會帶來較強的致癌風險。
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DNA鹼基編輯器或能誘導大量脫靶RNA突變!
2019年6月12日 訊 /生物谷BIOON/ --近日,一項刊登在國際雜誌Nature上的研究報告中,來自中國科學院和四川大學等機構的科學家們通過研究發現,DNA鹼基編輯器能夠產生成千上萬個脫靶的RNA單核苷酸變異(SNVs),同時通過將點突變引入脫氨酶或能消除這些脫靶的SNVs;本文研究揭示了此前DNA鹼基編輯器風險中被忽略的一方面,同時研究者通過引入工程化的脫氨酶或有望解決這一問題
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消除脫靶效應 中國科學家發現更安全更高精度基因編輯工具
(央廣網發 中科院腦智中心提供) 央廣網上海6月11日消息(記者吳善陽)《自然》期刊今天在線發表了題為《DNA單鹼基編輯技術引起RNA脫靶及其通過突變消除RNA活性》的研究論文,該研究由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心(神經科學研究所)、上海腦科學與類腦研究中心、神經科學國家重點實驗室、中國科學院靈長類神經生物學重點實驗室楊輝研究組、四川大學華西二院/生命科學學院郭帆研究組和中國科學院上海營養與健康研究所隸屬的計算生物學研究所
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中國科學家發現基因編輯RNA脫靶問題並進行優化
中國科學家發現基因編輯RNA脫靶問題並進行優化 中國科學院科技攝影聯盟 謝震霖 攝中新網上海6月11日電 (鄭瑩瑩)據中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心11日發布的消息,中國科學家最新發現了基因編輯RNA脫靶問題並進行優化,相關研究論文於北京時間
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CBE單鹼基編輯器的Cas9非依賴型DNA脫靶風險評估及優化
文章對多種CBE系統的Cas9非依賴型DNA脫靶風險進行了評估並加以優化。文章開發出較全基因組測序更為快速、便捷且經濟的實驗策略,並以此為基礎對CBE系統的Cas9非依賴型DNA脫靶風險進行了有效評估;之後研究者還通過蛋白質工程等策略對CBE系統進行優化,有效地減少了Cas9非依賴型DNA脫靶風險的發生。
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發現單鹼基基因編輯造成大量脫靶並開發出優化解決方法
發現單鹼基基因編輯造成大量脫靶並開發出優化解決方法 2019-07-09 【字體:中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心楊輝團隊與合作者率先建立了一種名為「GOTI」(Genome-wide Off-target analysis by Two-cell embryo Injection)的新型DNA脫靶檢測技術,並使用該技術發現:近年來興起的單鹼基編輯技術有可能導致大量無法預測的脫靶,因而存在嚴重的安全風險。
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Nat Comm | 單鹼基編輯工具ABE的協同優化
但初始的ABE工具活性窗口非常有限且在RNA水平有嚴重的脫靶風險,這極大的限制了其應用。雖然如此,已有研究難以兼顧活性窗口和RNA脫靶風險,目前也缺少合適的策略能針對ABE工具的活性窗口和RNA脫靶風險進行協同優化,這導致安全性高的ABE工具常受限於活性窗口而難以廣泛應用。
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難題突現:單鹼基基因編輯技術存在RNA突變效應
近期發表在 Nature 雜誌上的一篇研究報導顯示,單鹼基基因編輯存在脫靶效應,會導致 RNA 突變。這顛覆了科學界原來的認識,即單鹼基基因編輯的編輯效果更為精準,在應用過程中也更為安全。但是,隨著研究的深入,研究人員發現 CRISPR-Cas9 存在脫靶風險,即在導入 CRISPR-Cas9 後會導致非目標區基因的改變,由於這一技術是直接修改生物基因組,因此其具有難以消除的遺傳效應,脫靶效應存在潛在的巨大害處。圖丨CRISPR-Cas9 基因編輯系統(來源:bing)2016 年,來自哈佛大學 Broad 研究所的劉如謙(David R.
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程田林/仇子龍/王小林團隊合作推動單鹼基編輯工具ABE協同優化
研究者新近開發的新型單鹼基編輯工具ABE(Adenine Base Editor)可有效誘導A·T--G·C點突變,這為G·C--A·T致病點突變相關疾病的治療提供了有力武器,因而在基因治療領域有著廣闊的應用前景【2】。但初始的ABE工具活性窗口非常有限且在RNA水平有嚴重的脫靶風險,這極大的限制了其應用。
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「基因魔剪」有了脫靶突變檢測系統
據英國《自然》雜誌12日在線發表的一項基因編輯學研究,歐洲與美國科學家團隊報告稱:針對CRISPR-Cas9基因組編輯的全基因組脫靶效應的高效檢測系統,在小鼠身上完成了測試。該研究成果將促進基因組編輯從研究到臨床的轉化。
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Advanced Science | 華中農業大學棉花團隊系統闡述基因編輯脫靶效應產生原因、脫靶評估及降低脫靶的策略
,脫靶效應的機理,動植物的脫靶效應存在的問題;並總結了如何進行sgRNA設計,脫靶效應的評估和預測,避免和減輕脫靶效應的策略以及對預期基因組編輯結果的影響。脫靶可以導致染色體重排,在不完全匹配的基因組處造成損傷,並限制了GE在人類醫學研究上的應用。除幹擾染色體穩定性外,脫靶效應還可能導致功能基因活性的喪失,從而導致各種生理或信號異常(圖1)。在植物中,CRISPR/Cas9已在超過30種植物物種和數百個基因實現成功編輯。與人類的基因療法和臨床研究不同,植物研究不受倫理學問題的影響,並且對GE的脫靶效應的耐受性可能更高。
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CRISPR技術脫靶效應有了解決之道
CRISPR技術脫靶效應有了解決之道 抗CRISPR蛋白能在基因編輯後關閉Cas9活性 2017-07-14 科技日報 聶翠蓉 他們發現,在修飾與鐮狀細胞疾病有關的基因變異中,當CRISPR執行基因編輯工作數小時後,加入AcrllA4蛋白可以有效降低脫靶效應。研究人員解釋道:「抗CRISPR蛋白能模擬DNA,阻斷Cas9剪切基因的能力。脫靶效應能帶來意想不到的突變,但我們的研究證明,脫靶效應完全可控,並沒有人們想像的那麼嚴重。」
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Nature:Editas創始人再破「脫靶效應」,向精準CRISPR時代邁進
這項最新的成果闡述了經改版的Cas9酶是如何降低與靶DNA( target DNA)的非特異性互作,這將大大擴大基因編輯技術的應用範圍。論文的通訊作者J. Keith Joung博士稱,研究小組一直在針對CRISPR/Cas9系統的脫靶效應進行研究。
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新工具能顯著降低基因編輯脫靶效應
本文轉自【科技日報】;最新發現與創新 科技日報北京5月19日電 (記者瞿劍)記者19日從中國農科院獲悉,該院深圳農業基因組研究所左二偉研究組聯合中科院腦科學與智能技術卓越創新中心、中科院上海營養與健康研究所,根據蛋白結構預測了基因編輯過程中產生脫靶效應的重要胺基酸
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規避CRISPR的「脫靶效應」 關鍵在引導RNA
但是,這一顛覆性技術的「脫靶效應」一直是阻礙其應用的關鍵障礙之一。近日,科學家們找到了一種預測CRISPR準確性的方法,能夠有效限制其錯誤編輯。© ISTOCK.COM/KMLMTZ66; © ISTOCK.COM/MACROVECTORCRISPR-Cas9基因編輯技術的有效運行依賴於Cas9酶在特定目標位點切割DNA。
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如何解決CRISPR技術的脫靶效應?
因為這些編輯器比CRISPR本身更能控制特定的變化,研究人員並不認為它們會導致脫靶問題。事實上,對於CRISP技術脫靶效應是否有解決之道,研究上早有進展。邦迪 - 德努米當時預言,這些蛋白質將成為 CRISPR 基因療法的標準組成部分,讓 CRISPR-Cas9 在基因編輯一段時間後「關閉其活性」,防止在不必要的位點隨意剪切,造成脫靶效應。
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CRISPR 技術脫靶效應有了解決之道
據物理學家組織網 12 日報導,CRISPR-Cas9 技術發明人之一詹妮弗·杜德納參與的研究團隊證實,抗 CRISPR 蛋白能將 CRISPR 導致的脫靶效應降低四分之一,其中一種名叫「AcrllA4」的蛋白甚至能將脫靶效應發生率減少 4 倍,而整個過程中目標位點的基因編輯沒有受到絲毫影響。