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Nuleic Acids Res:三維基因組數據的動態染色質可接近性模型
圖 1：動態染色質可接近性模型和性質。A：SSD 的計算流程。Hi- C 矩陣經過最短路徑法轉換得到染色質區域的空間相互距離，再利用分子布朗運動的假設，得到馬爾可夫模型的狀態轉移概率，最後得到分子在不同染色質區域的平衡態分布。B：最短路徑算法示意圖。C：SSD 值在染色質不同區域的典型分布。
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...合作揭示小鼠體細胞核移植胚胎發育過程中染色質高級結構重編程...
【科技前沿】高紹榮/江賜忠合作揭示小鼠體細胞核移植胚胎發育過程中染色質高級結構重編程模式及分子機制 2020-04-15 17:54 來源：澎湃新聞·澎湃號·政務
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研究人員揭示乳腺細胞發育中細胞狀態特異性轉錄因子網絡和細胞譜...
年10月8日，美國聖地牙哥的Salk研究所的Geoffrey Wahl團隊在Cell Reports雜誌上發表文章「Single-Cell Chromatin Analysis of Mammary Gland Development Reveals Cell-State Transcriptional Regulators and Lineage Relationships」，利用最前沿的單細胞染色質可接近性圖譜揭示了正常乳腺發育過程中細胞狀態特異性轉錄因子結合位點的變化動態和細胞譜系的關係
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胚胎發育相關研究最新進展 - 非編碼RNA專區 - 生物谷
三篇Science揭示單個細胞形成完整有機體的基因圖譜doi:10.1126/science.aar4362; doi:10.1126/science.aar3131; doi:10.1126/science.aar5780不論是蠕蟲、人類還是藍鯨，所有的多細胞生物都是從單個細胞卵子開始的。
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《自然》子刊:新設計首次生成單個細胞染色體三維圖
基因組分析可以提供有關基因及其在DNA鏈上的位置的信息，但這些分析幾乎無法揭示它們在染色體內的空間位置關係，而染色體是高度複雜的三維結構，承載著遺傳信息。組蛋白進一步摺疊成稱為染色質的複合物，染色質構成了單個染色體。由於相鄰的基因通常一起起作用。，因此知道基因在染色質內的空間接近性非常重要。現在，伊利諾伊大學芝加哥分校的研究人員報告了一種利用熱圖數據逆向工程染色體高度詳細模型的計算技術。通過這項工作，研究人員發現了染色質摺疊在DNA鏈上彼此相距很遠的基因之間產生的緊密空間關係的新信息。
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研究揭示染色質重塑因子Smarca5促進胚胎期造血幹祖細胞發育
因此，研究各個造血組織中，處於不同發育階段的造血幹祖細胞，比較其染色質開放狀態及基因調控差異，將為體外誘導獲得具有較好移植重建能力的造血幹祖細胞提供理論指導。研究發現，在產生和擴增/分化等不同發育階段的造血幹祖細胞中，染色質可接近性和轉錄組存在動態變化。深入機制探索發現，染色質重塑因子Smarca5通過與核仁蛋白Nucleolin相互作用，促進染色質重塑，調控造血相關的轉錄因子與基因組結合，進而促進造血幹祖細胞發育。研究人員利用模式動物斑馬魚，聚焦染色質可接近性和轉錄組，研究胚胎期兩個造血組織中造血幹祖細胞的基因表達動態調控。
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腦科學日報:首個人胚胎端腦發育染色質可接近性圖譜發布
1，Cell | 首個人胚胎端腦發育染色質可接近性圖譜發布來源：BioArt近日，來自格拉斯通研究所（Gladstone Institute）和加州大學舊金山分校（UCSF）的John Ruberstein
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Cell:利用uliCUT&RUN方法在單細胞和單個胚胎中構建染色質上的蛋白...
2019年4月24日訊/生物谷BIOON/---在一項新的突破性研究中，來自美國匹茲堡大學和麻薩諸塞大學醫學院的研究人員對一種稱為CUT&RUN（cleavage under targets and release using nuclease）的方法進行改進，使得在使用少量細胞（包括單細胞和單個植入前胚胎）的情形下，它適合用來研究轉錄因子和其他的
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研究揭示細胞轉錄組與染色質可及性圖譜
研究揭示細胞轉錄組與染色質可及性圖譜 作者：小柯機器人 發布時間：2019/10/15 12:31:02 美國加州大學聖地牙哥分校Kun Zhang小組利用高通量測序方法，揭示了同一細胞中轉錄組和染色質可及性圖譜
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...與鄭州大學在《自然》合作發表人類早期胚胎染色質調控研究的論文
這一重要發現不僅有助於我們進一步理解人類胚胎發育過程中染色質調控機制，也為研究體外受精、試管嬰兒等相關應用和胚胎發育相關疾病提供了理論基礎。近年來以小鼠為模式生物研究表明，胚胎染色體的重編程過程中，來源父母本染色體的開放狀態、高級結構以及其攜帶的表觀遺傳信息都發生了巨大的改變。這些改變能夠幫助介導受精卵基因組轉錄的重新啟動，塑造嶄新的全能性胚胎，並為之後的胚胎發育和組織分化奠定基礎。此前有報導發現，基因轉錄的關鍵調控元件通常坐落在染色質開放區域。這些調控元件與細胞類型特異的轉錄因子共同指導了細胞的命運決定和個體的發育。
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科學家繪製出小鼠胚胎發育的動態染色質圖譜
科學家繪製出小鼠胚胎發育的動態染色質圖譜 作者：小柯機器人 發布時間：2020/8/2 23:52:52 美國加州大學聖地牙哥分校任兵等研究人員合作繪製出小鼠胚胎發育的動態染色質圖譜。
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Nature Plants|首次在單細胞水平揭示植物配子、合子和葉肉細胞的染色質空間結構!
染色質三維基因組是表觀基因組研究方向的重要組成部分，研究染色質三維基因組對於理解染色質生物學、染色質修飾和基因表達的表觀調控機制十分重要。近年來發表的植物染色質三維空間結構主要是通過運用原位Hi-C技術在混合的植物組織或器官樣品中獲得，實際上是成千上萬個不同細胞的平均值結構。在本研究中，作者開發了一種植物單細胞Hi-C技術（scHi-C）。利用該技術作者分別解析了水稻精細胞、卵細胞、合子細胞和葉肉細胞等單細胞的染色質三維空間結構。發現每個細胞中染色質的空間摺疊不同，說明染色質的空間結構實際上是一個動態的結構。
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Genome Biology丨瞿昆組開發單細胞染色質可及性實驗和分析新技術
它能夠在單個細胞層次，揭示細胞間在基因結構、基因表達，表觀遺傳狀態等多方面的異質性，在免疫學、神經科學、腫瘤學、發育生物學、微生物學等領域有著廣泛應用。與單細胞轉錄組測序技術相比，單細胞染色質可及性測序技術無論在實驗方法上，還是數據分析上，均存在巨大挑戰。
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科學家揭示人類胚胎染色質三維結構動態變化
國內兩支尖端科研團隊近來攜手攻關，共同揭示了人類早期胚胎中的染色質三維結構的動態變化，有助於更深一步了解生命發育過程。相關科研成果已通過長文形式發表在新近出版的《自然》雜誌上。這兩支科研團隊分別由中國科學院院士、山東大學生殖醫學陳子江教授和中國科學院北京基因組研究所劉江教授領銜。
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兩篇Science論文構建出胎兒基因表達和染色質可及性的人類細胞圖譜...
2020年11月16日訊/生物谷BIOON/---在兩項新的研究中，來自美國華盛頓大學醫學院和布羅特曼-巴蒂精準醫學研究所等研究機構的研究人員構建出兩個細胞圖譜，用於追蹤人類細胞類型和組織發育過程中的基因表達和和染色質可及性（chromatin accessibility，也譯為染色質可訪問性）。
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綜述科普|染色質調控區域的研究:對CHIP-seq和ATAC-seq發展的深入思考
從單細胞轉錄組測序中可以獲得的信息非常有限，在單細胞水平上進一步研究調節元件的表觀基因組動力學對於找出更詳細的細胞分化和發育機制至關重要。2015年，開發了用於轉座酶開放染色質測序的單細胞組合測定法（sci-ATAC-seq），可同時對大量單個細胞進行測序。在這種方法中，對細胞進行標記，並在單細胞水平上對染色質開放性進行測序。
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Nature:揭示真核生物細胞核中染色質分離新機制
真核染色體由染色質構成，染色質是DNA和相關蛋白的複合物。根據轉錄活性和壓縮程度，可以區分兩種類型的染色質，而且這兩種類型的染色質在細胞核內在空間上分開。高度濃縮的染色質部分由含有很少基因的且處於轉錄失活狀態的染色質區域組成。它被稱為異染色質（heterochromatin），位於細胞核的外圍，靠近核膜。
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中國科學家「看見」 人類胚胎染色質結構動態變化
我科學家「看見」 人類胚胎染色質結構動態變化科技日報訊 (記者王延斌)首次揭示人類早期胚胎中的染色質三維結構的動態變化，首次解析人類精子和早期胚胎的高級結構，首次繪製人類早期胚胎染色質三維構象圖譜……近日，中國科學院院士、山東大學教授陳子江和中國科學院北京基因組研究所教授劉江領銜的科研團隊取得了上述新突破
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Science|人類前腦發育過程中的染色質可及性變化圖譜
Paca研究組合作在Science發表題為Chromatin accessibility dynamics in a model of human forebrain development的文章，在人誘導多能幹細胞細胞來源的三維類器官中對前腦發育過程中的染色質的可及性動態變化過程進行了研究
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揭示核纖層蛋白對人源細胞中染色質高級結構及其運動狀態的調控
近期，已有多個課題組分別報導了在擬南芥1、線蟲早期胚胎2、果蠅細胞3和小鼠胚胎幹細胞4中核纖層蛋白對染色質高級結構的影響，這些研究結果既有共同特徵也有差異性，但尚無在人源細胞中的報導。作者結合三維基因組組學技術和多種細胞核內標記成像技術，特別是對活細胞單染色質位點的標記追蹤，揭示了在人源細胞中核纖層蛋白lamin B1對染色質高級結構及運動狀態的調控機制。