Nat Commun:科學家重建白鰭豚物種種群歷史

2020-12-08 生物谷

本周《自然—通訊》期刊發表了白鰭豚（又名白暨豚）的基因組序列 。這項研究有助於了解白鰭豚的生活習性與其被滅絕原因。

白鰭豚是世界上已知五種淡水豚（拉河豚、亞河豚、恆河豚、印河豚、白鰭豚）中存活頭數最少的一種，已被公認為「功能性滅絕」。它也是鯨類動物中因人類活動而被滅絕的第一種物種。南京師範大學楊光教授與其科研團隊為一頭雄性白鰭豚進行了基因組測序，也同時為三頭白鰭豚進行了基因組重測序，以便了解鯨類動物的進化適應和導致其數量下降的遺傳原因。

通過比較分析，作者發現了一籃子幫助哺乳動物適應水中生活的基因，包括和嗅覺、味覺、視覺、聽覺和大腦擴張有關的基因。儘管有證據表明一萬年前白鰭豚曾遭遇過『人口瓶頸』（人口或數量因突然的災難或不能生育造成而減少50%以上），但是研究結果顯示，白鰭豚最終被滅絕的原因不是由『人口瓶頸』造成，而是由人類在長江的活動而造成。這項研究為研究水生哺乳動物進化和保護提供了寶貴的數據。(生物谷Bioon.com)

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Nature Communications        doi:10.1038/ncomms3708

Baiji genomes reveal low genetic variability and new insights into secondary aquatic adaptations

Xuming Zhou,Fengming Sun,Shixia Xu, Guangyi Fan, Kangli Zhu,Xin Liu,Yuan Chen,Chengcheng Shi,Yunxia Yang,  Zhiyong Huang,Jing Chen,Haolong Hou,Xuejiang Guo,Wenbin Chen,Yuefeng Chen, Xiaohong Wang,Tian Lv,Dan Yang,  Jiajian Zhou,Bangqing Huang

The baiji, or Yangtze River dolphin (Lipotes vexillifer), is a flagship species for the conservation of aquatic animals and ecosystems in the Yangtze River of China; however, this species has now been recognized as functionally extinct. Here we report a high-quality draft genome and three re-sequenced genomes of L. vexillifer using Illumina short-read sequencing technology. Comparative genomic analyses reveal that cetaceans have a slow molecular clock and molecular adaptations to their aquatic lifestyle. We also find a significantly lower number of heterozygous single nucleotide polymorphisms in the baiji compared to all other mammalian genomes reported thus far. A reconstruction of the demographic history of the baiji indicates that a bottleneck occurred near the end of the last deglaciation, a time coinciding with a rapid decrease in temperature and the rise of eustatic sea level. 

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    「水中熊貓」白鰭豚，530萬年前的活化石白鰭豚是中國國家一級野生保護動物，被譽為「水中大熊貓」。白鰭豚也是古老的孑遺生物，化石證據表明530萬年前的上新世時期就已在長江出現。中國對白暨豚的認識和記述有二千多年的歷史，最早的記載是秦漢時期的辭書《爾雅》，那時候名字叫做「鱀」，古老的人類曾經錯誤地把白暨豚歸為魚類。
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    第4頁:白鰭豚真的滅絕了嗎　　白鰭豚真的滅絕了嗎　　白鰭豚「淇淇」於2002年7月去世後，中國科學家再也找不到可以研究的對象了。白鰭豚於2500 萬年前由太平洋遷徙至長江；1996 年，世界自然保護聯盟將它列為極危動物。8月8日，英國《獨立報》等報導，生存於長江的白鰭豚已經滅絕。近日有人聲稱在長江銅陵段拍攝到白鰭豚，專家認為這又是一起「疑似事件」。中國水生動物研究專家王丁表示，白鰭豚確實已處於滅絕邊緣，屬「功能性滅絕」。　　文/李琴　　2006年12月13日，武漢長江邊，小雨。
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    .這使得白鰭豚在逃避敵害、接近獵物時,有了天然的隱蔽屏障.白暨豚壽命可達30多年,雌獸一般在6歲達到性成熟,雄獸為4歲.成年白暨豚每年發情兩次,分別在3月至5月,8月至10月.孕期為10至11個月,一胎一仔,偶有兩仔.野生狀態下,成年白鰭豚雌雄比例為1：1,但雌獸懷孕率一般僅為30％,自然繁殖率很低.
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