在20種基本胺基酸中,人類可以合成其中的11種。另外9種胺基酸必需從食物中攝取,所以稱為必需胺基酸,即苯丙氨酸、甲硫氨酸、蘇氨酸、色氨酸、賴氨酸、組氨酸、纈氨酸、亮氨酸和異亮氨酸(Annu Rev Plant Biol. 2016 Apr 29;67:153-78.)。
生化中根據胺基酸的合成途徑將其分為5類:穀氨酸類型、天冬氨酸類型、丙酮酸衍生物類型、絲氨酸類型和芳香族胺基酸類型。
穀氨酸類型都是由α-酮戊二酸衍生而來,包括穀氨酸、穀氨醯胺、脯氨酸和精氨酸,蕈類和眼蟲的賴氨酸合成也屬於此途徑。
穀氨酸可由α-酮戊二酸與氨經穀氨酸脫氫酶催化合成,消耗NADPH(脫氨時生成的是NADH)。另一種方式是穀氨醯胺與α-酮戊二酸反應,形成2個穀氨酸,由穀氨酸合成酶催化。這種方式比較耗費能量,但穀氨醯胺合成酶Km低,可在較低的氨濃度下反應,所以更為常用。
穀氨醯胺合成酶(GS)可催化穀氨酸與氨形成穀氨醯胺,消耗一個ATP。穀氨醯胺側鏈醯胺基是一種很好用的氨基供體,可用於多種含氮物質的合成,如胺基酸、鹼基等。所以這是氨合成含氮有機物的主要方式。
因為GS與多種生物合成有關,所以受到嚴密調控,其活性受8種含氮產物反饋抑制,稱為協同抑制。GS由GLUL基因編碼。
穀氨醯胺是血液中含量最高的胺基酸,約為500 μM。穀氨醯胺是血液中氨的主要運輸形式,也為是細胞能量的主要供體,還是細胞增殖的重要調控分子,與腫瘤增殖關係密切(參見《胺基酸的轉氨、聯合脫氨與脫醯胺作用》)。
對於腫瘤細胞,穀氨醯胺也是重要的碳源和氮源。其中的兩個氨可用於含氮物質的合成,α-酮戊二酸(α-KG)進入三羧酸循環可產生能量,可轉化為丙酮酸和乳酸,也可逆轉三羧酸循環產生檸檬酸,用於脂合成,以滿足快速分裂對細胞膜的需求。
此外,穀氨醯胺與染色質結構調控也有關係。穀氨醯胺衍生的代謝物α-KG(α-酮戊二酸)可以影響一些組蛋白脫甲基酶和DNA脫甲基酶的活性,從而調控細胞分化。此類酶稱為α‐KG依賴性雙加氧酶,包括Jumonji C組蛋白脫甲基酶(JHDM)和TET DNA脫甲基酶等。
脯氨酸的合成可看作分解的逆轉,穀氨酸先還原成穀氨酸γ-半醛,自發環化生成P5C(5-羧基二氫吡咯),再還原生成脯氨酸。不過催化第一步反應的酶是ALDH18A1(分解時是ALDH4A1),還需要ATP活化。還原P5C的是P5C還原酶1(PYCR1),而分解時是PRODH。
穀氨酸半醛的另一個去向是轉氨生成鳥氨酸,然後通過尿素循環生成精氨酸。催化轉氨的還是分解時用的OAT。雖然人體可以合成精氨酸,但現在認為其合成速率不足以滿足人體需要,所以仍需從膳食攝取,故精氨酸為半必須胺基酸。除合成精氨酸外,鳥氨酸還參與多胺代謝。
天冬氨酸類型的胺基酸由草醯乙酸合成,包括天冬氨酸、天冬醯胺、甲硫氨酸、蘇氨酸和異亮氨酸,細菌和植物的賴氨酸合成也屬於此途徑。
天冬氨酸可由穀草轉氨酶(GOT,或稱AST)催化合成,也可由天冬醯胺水解生成。天冬醯胺的合成由天冬醯胺合成酶催化,穀氨醯胺提供氨基,還要消耗一個ATP的兩個高能鍵。細菌可利用游離氨進行合成。
細菌和植物先將天冬氨酸還原成半醛,再與丙酮酸縮合,最終形成賴氨酸。植物雖可合成賴氨酸,但通常含量較低,所以只吃穀物容易缺乏賴氨酸。可用肉類或豆類彌補。
天冬氨酸半醛被還原成高絲氨酸,即進入Met、Thr和Ile支路。然後可由硫化氫或半胱氨酸得到硫,接受甲基四氫葉酸提供的甲基,生成甲硫氨酸。高絲氨酸磷酸化後再由蘇氨酸合成酶(TS)水解生成蘇氨酸。
蘇氨酸可再經5步反應合成異亮氨酸。異亮氨酸有4個碳來自天冬氨酸,2個來自丙酮酸,一般列入天冬氨酸類型,但其合成機制與纈氨酸合成更相似,所以在下一篇文章中與支鏈胺基酸合成一起介紹。
絲氨酸類型由3-磷酸甘油酸合成,包括絲氨酸、甘氨酸和半胱氨酸。甘氨酸可由絲氨酸降解得到,由絲氨酸轉羥甲基酶(SHMT)催化,形成甲叉四氫葉酸和甘氨酸。
3-磷酸甘油酸脫氫生成3-磷酸羥基丙酮酸,催化的酶是3-磷酸甘油酸脫氫酶(PHGDH)。然後由磷酸絲氨酸氨基轉移酶(PSAT)催化轉氨,生成3-磷酸絲氨酸。最後由磷酸絲氨酸磷酸酶(PSPH)催化水解,形成絲氨酸。
動物的半胱氨酸合成一般通過甲硫氨酸降解途徑實現,由高半胱氨酸與絲氨酸合成胱硫醚,再分解成半胱氨酸和α-酮丁酸。具體見《胺基酸的碳架氧化(一)》。某些植物和微生物由O-乙醯絲氨酸和H2S反應生成,其H2S可由硫酸還原而來。