李曼大會——三代測序技術在豬病檢測中的作用

2020-10-20 養殖寶

三代測序技術在豬病檢測中的作用

中國動物疫病預防控制中心 原霖

一

三代測序的特點

1、準確度：單條序列的準確率約85%, 拼接後可達99%, 準確度低於二代測序和一代測序；

2、測序長度：單端幾百bp--幾M,長度最長；

3、測序成本：目前比二代和一代測序成本高；

4、測序通量：可達數百萬條以上片段，幾十G-幾T的數據量；

5、PCR: 無需PCR,可以直接測序；

6、數據分析：要求高，需要專業的生物信息學分析工具。


其他：可進行RNA直接測序，Nanopore的minion測序儀可以做到隨身攜帶。


Nanopore的Minion可攜式測序儀是第一款普通實驗室都可以配置的測序儀，也使得測序技術可以真正廣泛應用於臨床檢測。


由於三代測序的高錯誤率和長度長特徵，目前最適合應用於臨床樣品的宏基因組檢測。


二

三代測序技術指標


1、序列數：匹配到目的微生物的序列數；數值越高表示樣本中檢測到該微生物的可信度越高。


2、測序深度（Depth)：樣本中某個指定的核苷酸被檢測到的次數。數值越大表示樣本中檢測到該微生物的可靠性越高。


3、覆蓋度（Coverage)：檢測到某微生物的序列覆蓋到該微生物全基因組的比值。覆蓋度越高表示檢測到某微生物的序列覆蓋到該微生物全基因組的比值越高。


4、微生物豐度（Abundance)：該微生物在整個樣品中檢測到的相同類型微生物中所佔比重。豐度越高表示其在相同類型微生物中所佔比例越高。


接著原霖博士分享了利用三代測序技術進行疾病診斷的四個案例，最後指出三代測序技術在5個方面的應用（單一病原檢測、混合感染檢測、多種類樣本檢測、感染非常規檢測病原樣本檢測及變異株檢測），並提出了展望。

原創：瑞普生物&中岸生物

文：孫柏松

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