long-noncoding RNA分析介紹

2021-03-01 生信苑

RNA研究進展

RNA研究在近幾十年獲得了長足進展，如下圖：

其中非編碼RNA是指不能翻譯為蛋白的功能性RNA分子,其中常見的具調控作用的非編碼RNA包括小幹涉RNA、miRNA、piRNA以及長鏈非編碼RNA。

什麼是長鏈非編碼RNA

長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是長度大於 200 個核苷酸的非編碼 RNA。

◆ 長度在200-100000 nt之間的RNA分子

◆不編碼蛋白

◆ lncRNA參與細胞內多種過程調控

◆種類、數量、功能都不明確


lncRNA在基因中的分布如下圖：

長鏈非編碼RNA的分類

◆Antisense lncRNA (反義長非編碼RNA)

◆intronic noncoding RNA(內含子非編碼RNA)

◆Large intergenic noncoding RNA (lincRNA)

◆Promoter-associated lncRNA(啟動子相關lncRNA)

◆UTR associated lncRNA (非翻譯區lncRNA)

長鏈非編碼RNA的功能

現有證據表明，lncRNA 在劑量補償效應(Dosage compensationeffect)、表觀遺傳調控、細胞周期調控和細胞分化調控等眾多生命活動中發揮重要作用，成為當前遺傳學研究熱點之一。在植物生長，發育活動中，lncRNA也扮演著重要的作用。

長鏈非編碼RNA的分析流程

如何鑑定lncRNA呢，下面轉發一個華大基因的分析PPT，大家可以從中學習了解更多關於lncRNA。

參考文獻：

Rinn et al. Genome Regulation by Long Noncoding RNAs, Annu Rev Biochem, 2013Wilusz et al. Long noncoding RNAs: functional surprises from the RNA world，Genes & Development, 2009Ransohoff et al. The functions and unique features of long intergenic non-coding RNA，NATURE REVIEWS | MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2018Uszczynska-Ratajczak et al. Towards a complete map of the human long non-coding RNA transcriptome, Nature Review Genetics, 2018

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