《自然》雜誌:低溫電子顯微鏡達到了原子解析度水平

2020-12-05 量子認知

在今天的《自然》雜誌上,刊登了一篇重要研究論文,題為:「低溫電磁法測定原子解析度的蛋白質結構」,這種稱為低溫電子顯微鏡的結構生物學技術已經獲得了在蛋白質中定位單個原子的能力。

結構生物學的一項基本原則是,一旦研究人員可以直接足夠詳細地觀察大分子,就應該有可能了解其三維結構如何賦予其生物學功能。許多科學進步都依賴於儘可能詳細地直接觀察我們周圍的世界,並且越來越致力於可視化對人類疾病具有關鍵作用的生物成分的原子結構。核磁共振光譜,X射線晶體學和低溫電子顯微鏡是目前使用的三種主要結構生物學技術。在這三種方法中,低溫電子顯微鏡已成為當前確定大型動態複合物結構的有效方法,事實證明,其他方法很難獲得這種認知。

研究人員報導了使用稱為單粒子低溫電子顯微鏡的方法獲得的最清晰的圖像,從而首次確定了蛋白質中單個原子的位置。這些進展將幫助研究人員以前所未有的解析度更好地了解蛋白質在健康和疾病中的工作方式,並有可能幫助設計更好的療法。

儘管低溫電子顯微鏡是一項已有數十年歷史的技術,但由於一系列技術和算法方面的進步,推動了該技術可獲得的解析度的驚人提高,因此自2013年以來它已引起越來越多的關注,被稱為``解析度革命''。

收集單粒子低溫電子顯微鏡數據始於已應用於特殊樣品網格的蛋白質樣品。將其插入液態乙烷中,快速凍結並將蛋白質顆粒捕獲在非晶冰薄膜中。通過施加電子束而獲得的樣品網格中單個粒子的二維圖像在計算上取平均,以生成三維結構。二維圖像令人難以置信的「嘈雜」,因為必須使用低劑量的電子以避免損壞對輻射敏感的生物樣品。因此,這些圖像歷來不適合在原子的詳細程度上確定結構。體學獲得的數據相媲美的單粒子冷凍EM數據。

研究人員利用技術改進來確定稱為鐵蛋白(在沒有金屬的情況下稱為載鐵蛋白)的穩定鐵存儲蛋白的結構,其解析度約為1.2埃,1埃等於10的負10次方米。這些結構是迄今為止確定的最高解析度,並且數據的質量足以分辨載鐵蛋白中的單個原子。

論文報告說,他們已經超過了這項關鍵結構生物學技術的原子成像閾值,其蛋白質結構的解析度約為1.2埃。藍色網格代表低溫電子顯微鏡密度數據,疊加在蛋白質分子結構的原子模型上,其中單個原子顯示為球體,結合成棒狀。碳,氮和氧原子分別是灰色,紅色和藍色。

該技術的成功依賴於硬體的進步,包括諸如球差校正器和採用一系列濾光片的單色儀設備之類的組件,以確保只有能量分布較窄的電子才能與樣品相互作用,從而提高了樣品的解析度。最終的圖像。研究人員應用的另一種技術,是一種冷場發射槍,它產生能量分布較窄的電子,以及一種通過濾除與樣品非生產性相互作用的電子來降低每個圖像噪聲的技術。同時使用新一代高度靈敏的電子檢測相機捕獲數據。

除了分析載鐵蛋白外,研究人員還獲得了一種以1.7埃解析度解析的結構,該結構是A型γ-氨基丁酸(GABAA)受體的一種形式,該結構被設計成比人類常見的更穩定形式。該受體是一種蛋白質複合物,存在於神經元的細胞膜中,是許多治療方法的靶標。對於這樣的生物樣品,通過單顆粒低溫電子顯微鏡獲得如此高的解析度被認為幾乎是不可能的,與結構上剛性的分子如載鐵蛋白相比,這種樣品在結構遷移率方面表現出高水平的靈活性。該結構揭示了以前從未見過的GABAA受體的細節,例如提供了對蛋白質核心中稱為組胺的分子結合的見解。

研究人員描述的低溫電磁硬體的發展推動了單粒子低溫電磁解析度的重大進步。每個團隊使用的硬體都解決了低溫電子顯微鏡成像各個方面的問題,這些方面以前限制了可達到的解析度。藉助這些技術,低溫電子顯微鏡圖像信噪比的提高將擴大該技術的適用範圍。例如,這可能包括使用該技術確定異質樣品的高解析度結構,例如由膜蛋白或構象或組成變化的大分子複合物形成的樣品。這些技術的融合將能夠確定甚至超過1埃的解析度的低溫電磁結構。

參考:www.nature.com/articles/s41586-020-2833-4

相關焦點

  • 低溫電子顯微鏡終於打破了原子解析度的障礙
    低溫電子顯微鏡揭示了載鐵蛋白的原子細節,載鐵蛋白是一種中空的球形蛋白質複合物,可存儲鐵 或者,您可以凍結蛋白質的副本並用電子轟擊它們,這是一種較低解析度的方法,稱為冷凍電子顯微鏡(cryo-EM)。現在,科學家們首次將cryo-EM的解析度提高到了原子水平,從而使他們可以精確定位各種蛋白質中單個原子的位置,其解析度可以與X射線晶體學相媲美。 「這真是太神奇了,」密西根大學安阿伯分校的低溫電磁學專家梅拉妮·奧希說。
  • 結構生物學裡程碑:低溫電子顯微鏡技術時代來臨
    低溫電子顯微鏡震驚了結構生物學。過去30年裡,低溫電子顯微鏡揭示了核糖體、膜蛋白和其它關鍵細胞蛋白的精細結構。這些發現都發表在頂級雜誌上。結構生物學家們表示,毫不誇張地說,低溫電子顯微技術正處於革命之中:低溫電子顯微鏡能夠快速生成高解析度的分子模型,這一點遠超X射線晶體衍射等方法。依靠舊方法獲得諾獎的實驗室也在努力學習這一技術。
  • 解析度突破了世界紀錄的電子顯微鏡有多厲害?
    Wetherill,物理學教授Sol Gruner和Veit Elser合作在《自然》雜誌上發表題為"Electron Ptychography of 2-D Materials to Deep Sub-ngstrm Resolution"的文章。文章稱,研究人員憑藉電子顯微鏡(電鏡)像素陣列檢測器(EMPAD),使電鏡達到了0.39的解析度,刷新了世界記錄。
  • Nature 報導冷凍電鏡解析度首次提升到原子水平|學霸晚報
    (來源:環球網,BBC) 科研進展 首次將低溫電子顯微鏡解析度提升到原子水平 圖片來源:PAUL EMSLEY/MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY 英國和德國的兩組研究人員首次將冷凍電子顯微鏡(cryo-EM)的解析度提高到了原子水平,可以計算出單個原子的位置。
  • 冷凍電子顯微鏡首次看到了單個原子
    改變分子成像技術的改變遊戲規則的技術稱為冷凍電子顯微鏡,可產生迄今為止最清晰的圖像,並且首次可分辨蛋白質中的單個原子。通過使用低溫電子顯微鏡達到原子解析度,研究人員將能夠以前所未有的細節了解蛋白質的工作原理,而這些工作原理是其他成像技術(例如X射線晶體學)無法輕易檢查的。
  • 我們通過顯微鏡看到的原子,是原子的原子核,還是包括電子在內的...
    我們通常在所謂的電子顯微鏡下看到「原子」,即解析度達到原子尺度電子顯微鏡的高解析度圖像。可以看到電子原子,」這是STM(在公眾更好地了解)和HRTEM(事實上,幾乎所有的TEM),但它是一個球面像差校正透射電鏡、乾等,一些重建技術如三維原子探針可以看到「在某種意義上的原子,在這裡暫不介紹。第一個概念的表達,所謂成像,需要用一定的對比度來反映物體的形態。
  • 東大等開發出顛覆常識的電子顯微鏡,無需強磁場直接觀察原子
    在日本科學技術振興機構(JST)的尖端測量分析技術與機器開發項目中,東京大學與日本電子公司組成的聯合開發小組,開發出了採用新結構透鏡的劃時代電子顯微鏡(圖1)。以前必須在有磁場的條件下才能觀察原子,而新開發的電子顯微鏡全球首次實現了原子的直接觀察,開發小組利用新顯微鏡詳細觀察到了具有磁特性的功能性材料(磁性材料)的原子。
  • 電子冷凍顯微鏡:利用廉價技術製作高解析度圖像
    哈勒-維滕貝格馬丁路德大學(MLU)的生物化學家們使用標準電子低溫顯微鏡獲得了令人驚訝的好圖像,與更複雜的設備拍攝的圖像不相上下。他們幾乎在原子水平上成功地確定了鐵蛋白的結構。他們的成果發表在《PLOS ONE》雜誌上。近年來,電子低溫顯微鏡變得越來越重要,特別是在揭示蛋白質結構方面。
  • 東京大學採用磁性材料研發電子顯微鏡 實現原子解析度成像
    透射電子顯微鏡可以看到在光學顯微鏡下無法看清的小於0.2um的細微結構,這些結構稱為亞顯微結構或超微結構。要想看清這些結構,就必須選擇波長更短的光源,以提高顯微鏡的解析度。1932年Ruska發明了以電子束為光源的透射電子顯微鏡,電子束的波長要比可見光和紫外光短得多,並且電子束的波長與發射電子束的電壓平方根成反比,也就是說電壓越高波長越短。傳統的透射電子顯微鏡的分辨力限制在0.2nm。
  • 新冠病毒原子圖曝光:低溫電子顯微鏡助力研製疫苗
    (圖像源自新聞視頻截圖)2月19日,美國科學家團隊宣布,通過低溫電子顯微鏡成像+冷凍電鏡(cryo-EM)技術,創建了首個新冠病毒附著並感染人類細胞部分的3D原子尺度結構圖。低溫電子顯微鏡立功美國科學家利用中國公開提供的病毒遺傳密碼,開發了一個病毒刺突蛋白的樣本,然後使用低溫電子顯微鏡對刺突蛋白進行成像。美國科學家還通過冷凍電鏡Cryo-EM解析出新冠病毒首個S蛋白的近原子解析度結構,發現新冠病毒S蛋白三聚體的在多數時候其三個受體結合域中的一個發生了旋轉,使得其更容易與細胞表面的受體相互作用。
  • 物理學家將電子顯微鏡的解析度提高到約0.039納米,這確實了不起
    美國物理學家發明了一種新的透射電子顯微鏡技術,將圖像的最大解析度提高到了0.039納米。為此目的,他們使用了投影術的方法,這樣可以在不同條件下獲得大量衍射光譜的重建圖像。為了實現這種方法,科學家們降低了電子束的能量,並創造了一種特殊的探測器來捕獲少量的散射電子。
  • 冷凍電鏡技術首次達到了原子解析度
    單粒子電子冷凍顯微鏡(cryo-EM)是解決生物大分子三維結構的有力方法。透射電子顯微鏡,檢測器和自動程序的技術發展,加上用戶友好的圖像處理軟體以及不斷增長的計算能力,使cryo-EM在過去十年中成為成功且不斷擴展的技術。
  • 低溫電鏡解析蛋白結構十大進展
    X射線晶體衍射技術(X-ray crystallography)即將成為歷史,低溫電子顯微技術(cryo-electron microscopy, 也稱作electron cryomicroscopy, cryo-EM)引發結構生物學變革。  低溫電子顯微鏡適用於研究大的、穩定的分子,這些分子能夠承受電子的轟擊,而不發生變形——由多個蛋白組成的分子機器是最好的樣本。
  • 世界最好顯微鏡問世 可用肉眼看到單個原子
    TEAM 0.5到達0.5埃的解析度   解析度達0.5埃  傳輸電子失常校正顯微鏡傳統的透射電子顯微鏡(TEM)和掃描透射電子顯微鏡的解析度有限,不能讓研究人員從原子水平來研究材料。此最新的顯微鏡可以達到0.5埃的解析度,是一個碳原子直徑的4四分之一,比最小氫原子的直徑還要小,從而可以讓各個學科的科學家描述原子級別的結構,能比先前更加準確地分析化學物質。
  • Nature、Science和Cell三大期刊低溫電鏡解析蛋白結構重大研究
    X射線晶體衍射技術(X-ray crystallography)即將成為歷史,低溫電子顯微技術(cryo-electron microscopy, 也稱作electron cryomicroscopy, cryo-EM)引發結構生物學變革。低溫電子顯微鏡適用於研究大的、穩定的分子,這些分子能夠承受電子的轟擊,而不發生變形——由多個蛋白組成的分子機器是最好的樣本。
  • 超高解析度顯微鏡:顯微鏡發展史上的新突破
    早在上世紀80年代中期,當時師從德國海德堡大學(University of Heidelberg)一位低溫固態物理學家的Stefan Hell就已經發現,如果不是像常規那樣使用一個透鏡聚焦,而是將兩個大孔徑的透鏡組合在一起聚焦,就可以提高光學顯微鏡的解析度。Stefan Hell是首位發現這一現象的研究人員。
  • 科學:使用透射電子顯微鏡以原子方式分辨光束敏感材料的圖像!
    科學:使用透射電子顯微鏡以原子方式分辨光束敏感材料的圖像!阿卜杜拉國王科技大學(KAUST)的工作人員設計了一種使用透射電子顯微鏡採集光敏材料的原子分辨圖像的方法。他們在2018年1月18日的「科學」雜誌上發表了他們的研究結果。「電子束敏感材料的高解析度成像是透射電子顯微鏡(TEM)最困難的應用之一。突出的挑戰是使用極低電子劑量獲取圖像,這是尋找晶體時固有的時間限制在樣品損壞之前的區域軸,精確的圖像對準和離焦值的準確確定,「餘漢教授解釋說。
  • 冷凍電鏡實現蛋白結構的原子水平解析
    冷凍電鏡實現蛋白結構的原子水平解析 作者:小柯機器人 發布時間:2020/10/25 22:25:16 近日,德國馬普研究所Holger Stark及其課題利用冷凍電鏡實現蛋白結構的原子水平解析
  • 低溫冷凍電子顯微鏡將生物化學帶入新時代
    評選委員會說,科學發現往往建立在對肉眼看不見的微觀世界進行成功顯像的基礎之上,但是在很長時間裡,已有的顯微技術無法充分展示分子生命周期全過程,在生物化學圖譜上留下很多空白,而低溫冷凍電子顯微鏡(Cryo—EM)將生物化學帶入了一個新時代。
  • Nature:中國科學家利用單粒子低溫電子顯微鏡成功揭示T細胞受體...
    2019年9月16日 訊 /生物谷BIOON/ --近日,一項刊登在國際雜誌Nature上的研究報告中,來自中國哈爾濱工業大學和北京大學的科學家們通過研究成功利用單粒子低溫電子顯微鏡(single-particle cryogenic electron microscopy)對人類T細胞受體複合物進行了研究。