由於我國農業的分散性、落後的管理方式和農民自身素質問題，在中藥材種植過程中部分農民使用違禁農藥，加之國家尚未制定完善的中藥材質量標準，導致中藥材農藥殘留、重金屬超標事件頻發。而國外藉助質量優勢開始大舉進軍國內中藥材市場，目前洋中藥在國內的市場已達到1/3，直接威脅我國中藥產業的健康發展。
業內人士認為，我國應儘快建立符合中醫藥理論的中藥質量綜合評價體系，成立專門機構指導農民合理使用農藥、化肥。同時，企業應加大科技投入，提升中藥產品質量，加快中藥產業化、國際化進程。
藥材種植技術落後檢測標準不統一
河北安國市的中藥材種植面積為七萬餘畝，種植品種40多個，規模品種以除薏米外的「八大祁藥」為主，約佔總面積的50%以上。安國市作為我國的中藥材集散地之一，經營近2000種中藥材，全國大部分中藥材都可以在安國市中藥材市場上採購到。
記者了解到，安國市中藥材專業市場上有許多貨源來自於種植散戶，分散的個體種植給監管帶來了一定的困難。由於缺乏指導，散戶的種植和病蟲害防治技術普遍落後，需要更多地依賴化肥和農藥，農殘和重金屬不符合國家標準。
安國市霍莊村中藥材科技種植專業合作社負責人霍志軍表示，「散戶的藥材質量問題可能會多一些，不排除使用國家禁用農藥的情況。」
安全檢測是把守中藥材質量的一道重要環節，但在檢測農藥殘留和重金屬方面，企業卻面臨著標準不統一的問題。一些中藥企業負責人認為，什麼樣的藥材是合格的，目前還沒有一個統一的答案。所謂合格，不僅是指農藥殘留和重金屬殘留不超標，還要具備藥效。
2012年底，香港衛生署公布了第五期《香港中藥材標準》，涵蓋了四十二種常用中藥材的安全和品質參考標準，對於藥材的重金屬含量、農藥殘留以及指標性成分的測定方法做出了詳細規定。
專家認為，這些標準是否合理、有無可操作性，還有待商榷。「我國中藥材市場上執行的是國家2012版的藥典，與實際情況相比較，一些中藥材的藥理藥性讓人更難把握，中藥材是國粹，講究的是純正的藥理藥性。」
河北省中藥材鑑定委員會副主任委員韓世凱說：「現在對中藥材的檢測標準卻是採用西方分析化學的標準。中藥是臨床療效的結論，經方是現代中藥的基原，講究的是配伍和劑型相互對應，但現在的研究是拆方研究、將藥材當作藥品研究、中藥標準套用西方的藥材檢測標準。」
洋中藥高價返銷國內
隨著疾病譜與醫療模式的改變、「回歸自然」和「綠色」消費的興起，傳統天然藥物和植物藥的地位日益得以提高。基於此，國外醫藥學者與製造商紛紛致力於從植物藥中尋找新藥線索，試圖開闢藥物研製的新途徑，特別是德國、日本、韓國等國家。一份資料顯示，全球中藥國際市場被國外瓜分，日本佔到80%的份額，韓國10%，而中國僅佔5%。
國際市場上的中藥市場，不僅被外國佔領，而且絕大多數中藥都是從中國廉價賣出的中藥材，國外經過深加工後，換個包裝又高價返銷到中國。神威藥業集團董事長兼總裁李振江說，「據不完全統計，這一部分中藥在國內市場已經佔到1/3。」
以銀杏葉來說，德國每年從中國大量進口，低廉的價格和大量的汙染留在了中國，生產出的產品又以高出十倍以上的價格返銷回中國。專家表示，洋中藥科技含量高、用料考究、定位簡單明確等優勢都是它快速發展的原因。
李振江說：「洋中藥最大的倚仗還是在質量上的優勢，即質量標準規範程度高。特別是歐洲一些國家的植物藥製劑，一般以標準提取物或有效成分標示劑量，從而導致了我國質量標準與之相比較欠規範化、標準化和重現性差等缺點。這些優勢形成了洋中藥進軍我國中藥市場的強大競爭力。」
專家認為，洋中藥佔我國中成藥市場的份額已達1/3，其背後必將加劇中藥種質資源危機和中藥資源研發利用的國際競爭。
李振江表示，日本、韓國、東南亞以及西歐的一些草藥企業從我國低價購入原料藥就地粗加工，運回國內精煉提取製劑後以高價返銷的現象日益嚴峻，這不僅對我們中藥產業是一個很大的衝擊，對我國經濟的健康發展也將造成威脅。