王冰在其次注的《黃帝內經素問》中對「氣」做了詳細的闡述。其哲學的形上學已由宇宙論轉變為本體論，雖然王冰在這方面論述比較少，但是從其次注的《黃帝內經素問》中還是能看出端倪的。所謂本體論，在中國哲學的傳統裡，是尋求萬物得以如此存在、如此發生作用的終極依據的理論。在這裡王冰的陰陽觀顯然是與楊上善的不同。
以氣為本的本體論傾向王冰陰陽觀是以氣為本的本體論展開論述的。王冰有一段關於太虛的註解，可謂表明了以氣為本的本體論主張，其云：「太虛，為空玄之境，真氣之所充，神明之宮府也。真氣精微，無遠不至，故能為生化之本始，運氣之真元矣。」又云：「太虛真氣，無所不至也，氣齊生有，故稟氣含靈者，抱真氣以生焉。總統坤元，言天元氣常司地氣，生化之道也。
《易》曰：至哉坤元，萬物資生，乃順承天也。」在王冰看來客觀世界存在的基礎是氣。太虛之中的氣無所不在，太虛中的萬事萬物都有賴於氣，「真氣精微，無遠不至」，「太虛真氣，無所不至也」這兩句話表明了氣是客觀世界存在的基礎，氣是真實存在的。對於人的聰明才智來說，則是氣中精微到達一定程度，陰陽和合從而產生出來的。氣充滿於太虛之中，那麼太虛也是真實存在的。對於氣與太虛的關係，王冰進一步說明：「大氣，謂造化之氣，任持太虛者也。所以太虛不屈，地久天長者，蓋由造化之氣任持之也。氣化而變，不任持之，則太虛之器亦敗壞矣。夫落葉飛空，不疾而下，為其承氣，故師不得速焉。凡之有形，處地之上者，皆有生化之氣任持之也。然器有大小不同，壞有遲速之異，及至氣不任持，則大小之壞一也。」
氣是世界萬事萬物存在的基礎，太虛亦是由於氣的維持。太虛中充滿了氣，則維持著天與地，由於氣的維持則天地長久存在。萬事萬物與太虛一樣都由氣所維持，萬事萬物的生長衰敗是由於氣的變化，氣發生變化而不能維持物，物就表現出衰敗的現象。通過王冰的這段註解不僅進一步表明了氣的真實存在，而且闡明了太虛是氣的存在形式。
總之，通過這兩段註解王冰對氣的屬性和特徵進行了規定和分析。氣和太虛是真實存在的，氣存在於萬事萬物中雖然有所不同，但是氣的存在是永恆的，它不因萬事萬物的生長消亡而消失。萬事萬物的生長是由於它的運動變化，消亡亦是由於它的運動變化，其所表現出的形式是氣能否維持。在王冰看來，太虛即是指遼闊的虛空又是指氣的存在形式。遼闊的虛空與存在的形式其意義是統一的。萬事萬物不能離開氣而存於太虛中，太虛是氣存在的一種形式。
王冰陰陽觀的展開是依據「氣」，王冰云：「夫氣之有生化也，不見其形，不知其情，莫測其所起，莫究其所止，而萬物自生自化，近成無極，是謂天和。」氣是天地萬物生化之本原，是變化莫測的。為了進一步說明氣的本源作用王冰引入了「陰陽」，作為本原之氣可分為陰氣與陽氣，萬事萬物由於陰陽二氣相互作用而生。在《四氣調神大論》註解中云：「時序運行，陰陽變化，天地合氣，生育萬物，故萬物之根，悉歸於此。」在這裡作為本原的氣生育萬物依靠的是氣中陰陽的變化。為了進一步說明陰陽變化產生萬物這一觀點，則必須闡明陰陽的特性，王冰云：「陽氣根於陰，陰氣根於陽，無陰則陽無以生，無陽則陰無以化，全陰則陽氣不及，全陽則陰氣不窮。」
這裡表明的是陰陽的互根互用，陽依賴於陰，陰也依賴於陽，二者相互依賴共同存在。王冰在繼承《內經》對於陰陽特性描述的基礎上還通過引用《易傳》的話加以說明陰陽的特性。例如，「一陰一陽之謂道」表明的是陰陽對立統一的屬性，陰陽既相互對立又相互依存，這種特性是萬事萬物生成的根本；「天氣絪縕，萬物化醇」則表明了陰陽的交感與互用。王冰對於陰陽的特性有大量的描述，他的根本出發點在於運用陰陽的特性來闡發氣本原的作用。除了使用陰陽的特性展現「氣」的本源作用，還以寒、暑、燥、溼、風、火來說明天地萬物的生成，其云：「三陰三陽為標，寒、暑、燥、溼、風、火為本，故云所謂本也。天真元氣，分為六化，以統坤元生成之用，徵其應用，則六化不同，本其所生，則正是真元之一氣，故曰六元也。」
天地萬物本為一氣所成，但依據寒、暑、燥、溼、風、火則所成不同。又云：「萬物居天地之間，悉為六氣所化生。陰陽之用，未嘗有逃生化，出陰陽也。」寒、暑、燥、溼、風、火雖可生成萬物，但其本在陰陽，陰陽則本為一氣。
王冰以氣為本解釋宇宙，但是在他的陰陽觀中還是具有一定神秘色彩，這種神秘色彩體現在王冰的鬼神觀念中，不過王冰的鬼神觀念是建立在以人為核心的基礎上展開的。王冰在《黃帝內經素問·陰陽應象大論》中對「神明之府」的註解最能體現其鬼神觀念是建立在以人為核心的思想上展開的，其云：「言所以生殺變化之多端者，何哉？以神明居其中也。下文曰：天地之動靜，神明為之綱紀。
故《易·繫辭》曰：陰陽不測謂之神。亦謂居其中也。」王冰引用《易傳》裡的話解釋「神」，可以說王冰在這裡基本上繼承了儒家的氣論立場，把「神」解釋為「陰陽不測」，王冰在《天元紀大論》中還進一步解釋了「陰陽不測謂之神」中的「神」的意思，「神，無期也」，「無期稟候故曰神」。這一段與楊上善的註解比較來看，王冰只是從哲學層面展開論述的，而不像楊上善那樣已經注意到哲學之「神」與醫學之「神」的區別。在《天元紀大論》中也有類似經文，但是其註解於此不同，其云：「夫有形稟氣而不為五運陰陽之所攝者，未之有也。所以造化不極，能為萬物生化之元始者，何哉？以其是神明之府故也。然合散不測，生化無窮，非神明運為無能爾也。」《天元紀大論》中的經文與《陰陽應象大論》的經文大體相同，但王冰的註解有所不同。
形體所稟賦的氣是由氣中的陰陽五行所統攝，「合散不測，生化無窮」則是由於氣的特性所產生的。此外王冰關於「聖人」的註解藉助類似《易傳》的語言進行表述，其中的鬼神觀念再次反映出他的出發點和立足點都在於以人為核心：與天地合德，與日月合明，與四時合其序，與鬼神合其吉兇，故曰聖人。對於「聖人」來說，要順乎天地的意志，與日月的光明相契合，符合四季的變化規律，也要順應神鬼的吉兇。這裡王冰相信鬼神的存在，而且鬼神會影響人，但是只要順應這種規律，則人可無憂，所以後面講到：「所以處天地之淳和，順八風之正理者，欲其養正避彼虛邪。」
王冰在《天元紀大論》再次闡述了只要順應規律，則人與神各自相安的思想，其云：「幽顯既位，言人神各得其序。寒暑弛張，言陰陽不失其宜也。人神各守其居，無相干犯，陰陽不失其序，物得其宜，天地之道且然，人神之理亦猶也。」「人神各得其序」是王冰鬼神觀念的核心，這個核心所展示的是在以氣為本的陰陽觀中順應本原的重要性。在這裡清楚的表明王冰認為有神的存在，但是只要順應相應的規律則人神可互不幹涉。在王冰的鬼神觀念中雖然以「陰陽不測」來解釋「神」，是以人為出發點和立足點的，但是其鬼神觀念中鬼神的作用明顯要強於楊上善，「與鬼神合吉兇」，「人神各守其居，無相干犯」都表明鬼神對人作用之大，這不能不說與其信仰有關。