科學與哲學的關係其實是很密切的，可以簡單認為哲學就是科學的「鼻祖」，科學研究的是具體的事物，而哲學研究的是抽象的事物，哲學為科學提供世界觀和方法論，而科學（自然科學）是哲學發展的基礎。科學與哲學是具體與一般，實踐與理論的關係。
而神學則大為不同。對於神學也沒有完全統一的定義，簡單就是神創造操控著一切，不要去試圖理解神，他的存在方式是我們無法理解的。
顯然，科學與神學有著本質的不同，科學研究的是客觀實在性，是能夠通過觀測或者實驗探索到的，而神學是「虛無縹緲」的！
更重要的是，科學的本質是「可證偽性」，科學的這種本質就一定決定了科學永遠不會是神學，因為神學不具備可證偽性。
說白了，科學的可證偽性也決定了科學是永遠沒有盡頭的，科學一直都會向前發展。這也意味著，在科學領域，宇宙並不存在終極奧秘，也不存在能詮釋一切的宇宙至理。我們揭開越多的宇宙奧秘，一定就會有更多的奧秘呈現在我們面前。
科學是目前人類了解認知宇宙大自然的最好最具說服力的方式，但並不是唯一方式。更重要的是，科學並不能與正確畫等號，科學其實就是一種假設和猜測，當然不是憑空的假設猜測，而是有大量證據加以支撐的假設猜測！
有人經常說：科學的盡頭是神學，這種觀點看似「高大上」，其實是對科學本質的不理解。科學不是萬能的，而神學是萬能的！