隨著科學對腸道微生物日益深入的研究，腸道微生物與健康的關係越來越受到人們的關注，特別是腸道微生物與過敏的關係。早在2016年，《科學》和《自然》兩大頂尖雜誌就對這方面的研究制定專刊，可想而知其重要性。說到過敏，不得不讓我們想到過敏性鼻炎、特異性皮炎、哮喘以及過敏性溼疹等等，這些疾病嚴重程度甚至導致人死亡，因此被列為21世紀重點防治的三大疾病之一(包括過敏性疾病、變態反應性疾病、齲齒）,更是世界性的重大衛生問題。根據世界範圍內的流行病學調查表明，約22%患有不同種類的過敏性疾病。
研究表面，影響過敏主要包括兩個方面，一方面是遺傳因素，另一方面是環境因素。說到環境因素，不得不讓人想到我們周圍的環境，社會不斷的發展，我們生產越來越多種類的食物，食物的改變勢必影響腸道微生物的多樣性；而有毒有害的物質更是升高過敏發生的機率。腸道微生物是環境因素的重要組成部分。以往我們應對過敏性疾病的手段有限，只是在病發時服用一些抗過敏的藥物，完全不能避免過敏反應的發生，從根本上解決問題。而對腸道微生物的研究便有望解決這一問題。
值得注意的是，腸道微生物並不是一出生就完備的。一般人的腸道微生物主要包括九個菌門，分別是厚壁菌門、放線菌門、擬桿菌門、梭桿菌門、螺旋菌門等等，在生命的最初，最先定值的是葡萄球菌、腸桿菌、鏈球菌等需氧菌和兼性厭氧菌。這些細菌對於機體無益甚至有害，這也是為什麼嬰兒更容易發生過敏反應。隨著氧氣的消耗，雙歧桿菌、擬桿菌、梭狀芽孢桿菌等厭氧菌組件取代前者成為優勢菌群，這些細菌對於機體可以說是比較重要的，在生命的整個過程中扮演重要角色。
曾在《Nature Medicine》雜誌的一篇文獻也表示，把健康嬰兒供體的腸道微生物移植到實驗小鼠身上，能夠保護小鼠在攝入牛奶產生的過敏反應，而把對牛奶過敏的嬰兒的腸道微生物移植到小鼠身上則不能耐受。這也更加說明了為什麼嬰兒更容易食物過敏。
除了最初腸道微生物建立不合理會導致過敏發生外，腸道菌群的紊亂也是過敏發生的重要原因。過往的研究都表明，以乳酸桿菌和雙歧桿菌為主的專性厭氧菌會與腸黏膜表面特異性受體結合，構成腸黏膜上皮細胞的生物屏障。而造成腸道菌群紊亂最重要的莫過於抗生素的使用了。國外的研究表明，長期使用抗生素或者濫用抗生素，最終導致腸道微生物紊亂，因為抗生素在殺死病原微生物的同時，也殺死了腸道中的有益菌群諸如雙歧桿菌、乳桿菌等等，與此同時，一些病原微生物因為沒有了競爭對手便趁虛而入，大量繁殖。
對於腸道微生物與過敏的關係以及其他尚在研究中，儘管由於機體的微生物環境的複雜性而使得研究困難重重，但是戰勝困難突破亦是值得期待的，至少這是一個解決過敏性疾病的一個方向。