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最近小編一直在做免疫共沉澱實驗（IP）,於是就趁熱打鐵，跟幫友們介紹介紹：
這個實驗可是不能用普通的細胞總蛋白提取試劑，因為細胞要在非變性條件下被裂解，這樣的話，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。
如果用蛋白質X的抗體免疫沉澱X，那麼與X在體內結合的蛋白質Y也能沉澱下來。
用精製的prorein A預先結合固化在agarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應後，beads上的protein A就能吸附抗原,達到精製的目的。這種方法常用於測定兩種目標蛋白質是否結合。
優點為：（1）相互作用的蛋白質都是經翻譯後修飾的，處於天然狀態；（2）蛋白的相互作用是在自然狀態下進行的，可以避免人為的影響；（3）可以分離得到天然狀態的相互作用蛋白複合物。
缺點為：（1）可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；（2）兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；（3）必須在實驗前預測目的蛋白是什麼，以選擇最後檢測的抗體。
實驗流程為：
1. 轉染後24-48 h 可收穫細胞，加入適量細胞裂解緩衝液（含蛋白酶抑制劑），冰上裂解30min，細胞裂解液於4°C，1200rpm最大轉速離心15 min後,取上清；
2. 取少量裂解液以備Western blot分析，剩餘裂解液加1μg相應的抗體加入到細胞裂解液，4°C緩慢搖晃孵育過夜；
3. 取10μl protein A 瓊脂糖珠，用適量裂解緩衝液洗3 次，每次3000 rpm離心3 min；
4. 將預處理過的10μl protein A 瓊脂糖珠加入到和抗體孵育過夜的細胞裂解液中4°C緩慢搖晃孵育2-4h，使抗體與protein A瓊脂糖珠偶連；
5. 免疫沉澱反應後，在4°C 以3000 rpm 速度離心3 min，將瓊脂糖珠離心至管底；將上清小心吸去，瓊脂糖珠用1ml裂解緩衝液洗3－4次；最後加入15μl的2×SDS 上樣緩衝液，沸水煮5分鐘；
6. SDS-PAGE，Western blotting。通過免疫共沉澱,確定結合蛋白.
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