值得注意的是，它是目前唯一研究體內DNA與蛋白質相互作用的方法。在生理狀態下，把細胞內的DNA與蛋白質交聯在一起，通過超聲或酶處理將染色質切為小片段後，利用抗原抗體的特異性識別反應， 將與目的蛋白相結合的DNA片段沉澱下來，以富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA片段，再通過多種下遊檢測技術（定量PCR、基因晶片、測序等）來檢測此富集片段的DNA序列。
染色質免疫共沉澱技術包括3個獨立的步驟，即固定、沉澱和檢測。
第1 步為固定，即在體內用甲醛固定DNA和蛋白質複合物，然後用化學（微球菌酶）或者機械（超聲波）的手段將其隨機切成一定長度的染色質小片段（200～1000bp）。
第2步為免疫沉澱，即利用目的蛋白質或者目的蛋白質上標籤的特異性抗體，通過抗原和抗體反應形成DNA-蛋白質－抗體複合體， 然後沉澱此複合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段。
第3 步為目的片段的純化與檢測，即經過熱處理解交聯，釋放共沉澱的DNA；再將DNA片段純化後，對沉澱的DNA樣品進行檢測。
目前檢測方法主要有3種：
第1種是比較沉澱的模版與陰性和陽性對照信號強度的相對精確的定量PCR方法。有關這個方法，跟其他兩種相比，老談只想送給愛學習愛動手的小夥伴四個字：成本較低！
ChIP和DNA微陣列晶片技術的結合是一種高通量分析DNA和蛋白質結合或者翻譯後染色質/組蛋白修飾的方法。具體方法是：將經過染色質免疫共沉澱的DNA 樣品純化後進行PCR 擴增，然後用螢光素標記（如Cy3）。對沒有經過免疫沉澱反應富集的Input DNA 樣品也進行擴增，並且用另一種螢光素標記（如Cy5），作為結合背景的參照。之後將這兩種DNA雜交於包括基因組序列的微陣列晶片上，轉錄因子結合的靶序列用每個點相應的螢光強度來確定。
在測序深度和範圍足夠的情況下, ChIP-seq可以檢測到所有的組蛋白修飾所對應的DNA 結合位點。ChIP-seq首先通過染色質免疫共沉澱技術特異地富集目的蛋白結合的DNA片段,並對其進行純化與文庫構建,然後以NGS 技術對富集到的DNA 片段進行高通量測序。
【NGS技術主要是利用DNA新模板的合成或連接過程, 用高效平行的方式同時對DNA模板進行測序, 從而獲得大量的測序數據, 即所謂的大規模平行測序。】
老談雜談：
儘管染色質免疫共沉澱看上去似乎很高大上，但真正掌握其原理和方法之後其實也不難。何況它的後續檢測並不都是chip和seq這些高消費的方法，也可以採用接地氣的qRT-PCR，小夥伴們可根據自己的情況作出選擇。
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