清朝是中國最後一個封建王朝，也是由少數民族建立的王朝，由於中國曆朝歷代受到皇漢思想的影響，導致當時的官員和人們都不能接受來自關外的女真人來統治中國，因此，在清朝的前期和中期發生了很多反對清朝統治的起義，讓清朝統治者應接不暇，甚至到了清朝末年，孫中山起義還打出了"驅除韃虜，恢復中華"的口號。
清朝入關進入北京，首先面對的就是各個明朝的政權，本來明朝都已經被李自成起義推翻了，人們對明朝也沒太多的好感，但是女真的清朝來了就不一樣了，對於中原的百姓和官員來說，那是外族入侵，於是都紛紛找到明朝的藩王，建立了好多南明政權。
明朝的大臣和藩王們相繼建立了弘光、隆武、魯監國、紹武、永曆等割據政權，這些政權中，只有永曆堅持的時間比較長，無論是弘光還是隆武，雖然都讓清朝瑟瑟發抖，但最終都死在了內訌上，永曆在西南堅持抗清，可以說團結了一切可以團結的力量，甚至農民軍都來歸順，也是曾經形勢一片大好，最後也是死於君臣不和的猜忌。
明朝的藩王遍布各地，因此清朝入關的初期，有了這些大明的後裔，也就有了抗清的旗幟，至少把反清復明的旗幟豎起來就可以拉起一批鐵桿粉絲去鬧革命了，所以最初的反清復明並沒有去考慮崇禎皇帝的太子。
清朝最初運氣也不錯，李自成攻進北京，崇禎皇帝逼周皇后在坤寧宮自縊後，又用劍砍了袁貴妃和女兒長平公主，與對待女兒的方式不同，崇禎在死前命太子、皇三子、皇四子分別藏匿於公卿貴戚家中，於是這三個兒子就活了下來，而李自成在得到皇三子和四子之後，並沒有殺他，而是好好養著，後來清兵入關，李自成也沒有殺掉皇四子，可能是想把燙手的山芋留給清朝吧。
清朝入主中原，一直隱匿於民間的太子朱慈烺才找到其外祖父周奎府上投靠，並與妹妹長平公主抱頭痛哭。但周奎卻是一個買主求榮的角色，將太子獻於清廷，清廷藉口說太子是假冒的，殺死了太子。並且把證明太子不是假冒的15個人也全部殺死，而說太子是假冒的周奎等人都活了下來，周奎因此還得到清廷的特別嘉賞，這裡我們就討伐周奎了。
這件事情其實清朝做錯了，雖然說藉口太子是假的，可以毫無顧忌地殺掉，但同時也是昭告天下，真正的太子還沒有被抓到，等於給了天下一個口實，在最初由於有很多藩王，所以有沒有太子都沒關係，但是當永曆帝被吳三桂殺死以後，太子就顯得尤為重要。
而清朝辦的這件錯事也就被人利用，因為崇禎皇帝的太子還沒死，那麼他就是法理上的繼承人，反清復明舉著他的牌子那是準沒錯的，最開始的朱三太子是四皇子朱慈炤。但隨著朱慈韶隱姓埋名，所以朱三太子就成為一面旗幟，僅僅康熙年間，打著朱三太子起事的就有十多起，可見朱三太子這面旗幟有多麼的吸引人。
對康熙來說，「朱三太子」本人並不可怕，但「朱三太子」這面大旗的感召力卻不可輕視。所以，每次爆發以「朱三太子」為名號的起義，都會讓康熙感覺猶如芒刺在背；而每次只抓到偽「朱三太子」，卻讓康熙大失所望、寢食難安。
最終朱三太子在康熙四十七年被抓，全族被殺，當然給的罪名也是冒充朱三太子，所以就讓朱三太子一直在民間活著，在真正的朱三太子死後，還有人打著朱三太子的名義起事，可見清朝走了一步臭棋。正因為如此，朱三太子成為清朝初期一面不倒的旗幟。