朱三太子是真實存在的嗎？依據朱三太子掀起「反清復明」的這股南明勢力來看的話，其實從他本身乃至這個團體來看，是不具備多少實力的，之所以「朱三太子」這個陰影能夠活在清朝三代皇帝（康熙、雍正和乾隆）的噩夢當中，還是要從當時清朝整體的綜合實力和當時的國內環境來看待的！
當年闖王李自成，禎皇帝讓自己的幾個兒子分開逃亡，如能逃出生天別忘復國大業，據說朱慈煥在混亂中，輾轉逃到江南，但是南明政治鬥爭嚴重，讓他知道一旦身份暴露，那麼自己就會引來殺身之禍，於是只得隱姓埋名，好好活著，而另外一種說法是朱慈煥最後被康熙皇帝抓住處死了，但是後來民間卻常有打著「朱三太子」旗號，叛變的事件發生。
這種事情就時刻刺激著清朝統治者的神經，李自成逼死崇禎，名不正言不順，而清軍入關把李自成滅了，但是本質來說他們都是篡位者，雖然說成王敗寇，但是始終還是怕別人說自己不是正統，所以朱三太子的存在，始終像一顆定時彈藥，藏在民間不知道何時會爆炸，折磨著清朝的統治者。大明亡，亡國太子必須亡，新舊政權交替的悲哀其實這個道理著實透徹，縱觀封建朝代兩千年，又有誰曾因心軟而伺機放過亡國之君和亡國皇室宗親呢？
紫禁城在被農民起義軍攻破之前，崇禎帝就已曾安排自己的三位兒子安全逃離出城，以謀求所謂「後來的復興」。其實康熙要實行自己的權謀之術，完善自己的個人形象，做一些工作當然是有必要的，所以「朱三太子」可以殺一次也可以殺無數次，民間可以供出一次也可以供出無數次。本身就不只是簡單殺一個人而已，皇權的殺伐執行是需要有正當理由的。在清政府成立之初，民間還有大批的義士想著反清復明，所以康熙必須要殺朱三太子。
滿清一直屠殺不斷，因為他們重來沒有把漢的族人當成自己的人民，漢的族人只是他們低等的奴僕。包括哪些官員讀書人都是在自稱為奴才。康麻子，狹隘自卑心裡，知道滿清是撿了便宜，時時防範漢的族人反恐，一直用殘酷屠殺統治。 滿清領導們想長期奴役漢的族人，所以把漢的族人精英，知識分子階層，在雍正到乾龍時期用各種手段屠殺差不多了。朱三太子也許是假的，但是另可錯殺三千，不放過一個。